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R语言
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宁生信
网易云课堂讲师,生物信息学,基因数据分析和可视化,R原因,Python,C语言,Linux。
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R语言绘图实战:RDA冗余分析
#载入vegan包library(vegan)#读取“样本-物种”文件sp <- read.table(file=file.choose(),sep="\t",header=T,row.names=1)sp#读取“样本-环境因子”文件se <- read.table(file=file.choose(),sep="\t",header=T,row.names=1)se#选择用RDA原创 2017-05-13 10:36:24 · 69719 阅读 · 28 评论 -
RCircos绘制圈图(2)
#导入内建人类染色体数据data(UCSC.HG19.Human.CytoBandIdeogram);head(UCSC.HG19.Human.CytoBandIdeogram); chr.exclude cyto.info tracks.inside tracks.outside #导入上面四个基本参数 RCircos.Set.Core.Co原创 2017-05-24 17:36:03 · 9620 阅读 · 0 评论 -
RCricos绘制圈图(1)
library(RCircos)#导入内建人类染色体数据data(UCSC.HG38.Human.CytoBandIdeogram)cyto.info <- UCSC.HG38.Human.CytoBandIdeogramRCircos.Set.Core.Components(cyto.info, chr.exclude=NULL,tracks.inside=10, tracks.ou原创 2017-05-24 17:33:24 · 3077 阅读 · 1 评论 -
R语言绘制热图——pheatmap
pheatmap: Pretty Heatmaps——Implementation of heatmaps that offers more control over dimensions and appearance.library(pheatmap)#创建数据集test测试矩阵test = matrix(rnorm(200), 20, 10)test[1:10, seq(1, 10,原创 2017-05-26 15:24:35 · 181761 阅读 · 6 评论 -
R语言ggplot2绘图教程——Pathway富集分析气泡图
library(ggplot2)pathway = read.table("C://Users//Desktop//path.richFactor.head20.tsv",header=T,sep="\t")# 画图p = ggplot(pathway,aes(richFactor,Pathway))p=p + geom_point()# 改变点的大小p=p + geom_point(原创 2017-06-01 08:52:41 · 41554 阅读 · 1 评论 -
R语言多重线性回归错误分析:Error in model.frame.default
Error in model.frame.default(Terms, newdata, na.action = na.action, xlev = object$xlevels) : 因子factor(o)里出现了新的层次设置train和test时保证test and train 数据集要有相同的因子水平。简言之,各因子水平要同时存在test and train 里。否则你再怎么查资料,重写原创 2017-05-22 21:44:02 · 22756 阅读 · 9 评论 -
R语言绘制精美PCoA图
什么是PCoA?principal coordinate analysis微生物群落结构受多种因素影响,例如光照、温度、人群性别、年龄等。要了解目的分组是否与某种因素存在联系,我们常常会用到PCA、PCoA等排序方法。PCoA能够将样本之间的相似性距离(虚拟距离),经过投影后,在低维度空间进行欧几里德距离展示,以最大限度地保留原始样本的距离关系,使相似的样本在图形中的距原创 2017-06-01 00:09:51 · 39610 阅读 · 15 评论