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生物信息学
文章平均质量分 62
宁生信
网易云课堂讲师,生物信息学,基因数据分析和可视化,R原因,Python,C语言,Linux。
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微生物群落功能预测工具
微生物群落研究主要有16S/ITS多样性测序、宏基因组测序还有宏转录组测序等研究手段。其中16S/ITS等多样性测序由于价格便宜,性价比高而经常使用。 利用16S/ITS多样性测序,我们可以准确知道群落的物种结构,但越来越多的研究表明,微生物的群落功能组成比物种组成与环境关系更为密切,因此我们需要借助宏基因组等研究手段来获取群落功能信息。现阶段的宏基因组、宏转录组的价格相对较高,在经原创 2017-06-07 23:40:43 · 10354 阅读 · 1 评论 -
Linux下BLAST安装及BLAST使用
1、把BLAST的压缩文件解压,然后将bin目录下的文件拷贝至/usr/local/bin下;2、制作软链接,将解压后的文件中bin目录链接至/home/username下,eg:ln -s /home/username/blast/bin;3、在当前用户目录下,编辑bashrc文件,在文件中加入export PATH=/home/username/bin/=$PATH;原创 2017-06-09 11:22:32 · 30619 阅读 · 0 评论 -
微生物测序分析LEfSe
LEfse分析定义 LEfse分析即LDA Effect Size分析,可以实现多个分组之间的比较,还进行分组比较的内部进行亚组比较分析,从而找到组间在丰度上有显著差异的物种(即biomaker);原创 2017-06-21 11:08:29 · 49834 阅读 · 0 评论 -
宏基因组拼接方法
de novo定义:from the beginning(从头拼接), no reference genome guided(无参考基因组)三类de novo基因拼接的计算方法:1. Greedy algorithm:对于含重复区的序列拼接效果不好Shortest common string (SCS):最短的、包含原序列S中所有的k-mer的序列但是Greedy algo原创 2017-06-14 20:18:19 · 4440 阅读 · 0 评论 -
21款生物信息在线分析工具汇编
1,promoter scan功能:启动子预测网址:https://www-bimas.cit.nih.gov/molbio/proscan/2,ORF finder功能:ORF预测网址:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/orffinder/3,NCBI-BLAST功能:序列比对网址:https://b原创 2017-06-15 19:36:36 · 13391 阅读 · 2 评论 -
GSEA使用(初级)
首先我们先了解一下什么叫做基因富集分析 基因富集分析是分析基因表达信息的一种方法,富集是指将基因按照先验知识,也就是基因组注释信息进行分类。2005年提出了基于基因集(gene set)定义的基因富集分析方法。 首先要定义基因集,也就是基于我们的先验知识(基因组注释信息),将基因富集,可以想象成,用一堆代表基因功能的箱子(bin)把具有相同或相似功能的基因装起来,起到了降维的作用,当然,原创 2017-07-31 11:37:49 · 16638 阅读 · 0 评论