宁生信

生物信息学(网易云课堂,腾讯课堂)

python TypeError: 'module' object is not callable

写入如下代码: import random print(random.random()) 查了下原因是:文件名是random.py。当文件名file name 与模块名 module 相同时会出现如下错误: 另外:Python导入模块的方法有两种 1、import modu...

2017-09-07 19:20:43

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Python小程序:三级菜单

要求: 打印省市县三级菜单 可返回上级 可随时推出 #__author: greg #date: 2017/9/2 8:37 menu={ '北京':{ '朝阳':{ '朝阳门':{ '银河SOHO':{}, ...

2017-09-02 09:22:33

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Ubuntu安装cummeRbund

安装好R语言后,接下来安装cummeRbund biocLite("cummeRbund") 由于系统环境原因,有些文件没安装,如libxml2-dev libcurl-dev,这些都是安装cummeRbund时需要提前配置的。由于错误可能很多,所以我选择先手动安装cumm...

2017-08-24 20:07:03

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Ubuntu安装R语言

在Ubuntu界面下,快捷键Ctrl+Alt+T打开终端。输入命令:sudo -s。回车,输入用户密码,将权限提升为root权限。 入命令:apt-get update。获取最新软件包信息。 使用命令:apt-get install r-base。自动安装R语言。 安装过程中,若...

2017-08-24 19:56:23

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GSEA使用(初级)

首先我们先了解一下什么叫做基因富集分析  基因富集分析是分析基因表达信息的一种方法,富集是指将基因按照先验知识,也就是基因组注释信息进行分类。 2005年提出了基于基因集(gene set)定义的基因富集分析方法。  首先要定义基因集,也就是基于我们的先验知识(基因组注释信息),将基因富集,可...

2017-07-31 11:37:49

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PICRUSt 根据16S 数据推测宏基因组

PICRUSt (根据16S 数据推测metagenome) Phylogenetic Investigation of Communities by Reconstruction of Unobserved States PICRUSt推测metagenome的准确度: 样品中的OTU与已知微...

2017-07-03 23:51:08

阅读数 1219

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anaconda2安装TVTK

推荐Anaconda2 ,然后新建py36环境,默认安装的的库只有几个,不会有冲突 C盘建立文件夹把下面的考进去py36 基础环境搭好,按照提示下载所需的库文件,是Unofficial的,依次安装: VTK-7.1.1-cp36-cp36m-win_amd64.whl numpy-...

2017-06-25 12:24:34

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微生物测序分析LEfSe

LEfse分析定义 LEfse分析即LDA Effect Size分析,可以实现多个分组之间的比较,还进行分组比较的内部进行亚组比较分析,从而找到组间在丰度上有显著差异的物种(即biomaker);

2017-06-21 11:08:29

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21款生物信息在线分析工具汇编

1,promoter scan 功能:启动子预测 网址:https://www-bimas.cit.nih.gov/molbio/proscan/ 2,ORF finder 功能:ORF预测 网址:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/or...

2017-06-15 19:36:36

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宏基因组拼接方法

de novo定义:from the beginning(从头拼接), no reference genome guided(无参考基因组) 三类de novo基因拼接的计算方法: 1. Greedy algorithm:对于含重复区的序列拼接效果不好 Shortest common stri...

2017-06-14 20:18:19

阅读数 2179

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比较基因组学

以全基因组测序为目标的结构基因组学( structural genomics)。 以基因功能鉴定为目标的功能基因组学( functional genomics),又被称为后基因组( postgenome)。 比较基因组学(Comparative Genomics)是基于基因组图谱和测序基础上...

2017-06-13 15:58:51

阅读数 7283

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tophat生成文件之BED文件格式

BED 文件格式提供了一种灵活的方式来定义的数据行,以用来描述注释的信息。BED行有3个必须的列和9个额外可选的列。 每行的数据格式要求一致。 The first three required BED fields are: 1.chrom - The name of the chromo...

2017-06-12 10:56:20

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tophat常见错误

转录组tophat2序列比对时遇到 Tophat Error : Couldn't build bowtie index with err = 1

2017-06-12 09:31:47

阅读数 1926

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Ubuntu安装BWA和samtools

Ubuntu安装BWA和samtools时通常需要提前安装zlib.h而centos并不需要。  安装命令:apt-get install zlib1g-dev BWA下载地址:    https://sourceforge.net/projects/bio-bwa/files/ 解压:tar ...

2017-06-11 18:30:51

阅读数 4083

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bowtie和samtools在tophat中的使用

Bowtie介绍 1 Bowtie和一般的比对工具不一样,他适用于短reads比对到大的基因组上,尽管它也支持小的参考序列像amplicons和长达1024的reads。Bowtie采用基因组索引和reads的数据集作为输入文件并输出比对的列表。Bowtie设计思路是,1)短序列在基因组上至少有...

2017-06-11 10:35:42

阅读数 1509

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基因表达量计算与差异表达分析常见问题

问 1:在没有重复实验的情况下,用 RPKM 要怎么做检验呢? 答:如果要用泊松分布做差异分析模型的话,必须要用 reads count 的。只有 RPKM值的话,可以用 RPKM 的公式反推 reads count 数,再做检验。 问 2:Deseq 是怎么控制 reads 多重比对的? ...

2017-06-10 22:30:19

阅读数 21337

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RNA-seq中的基因表达量计算和表达差异分析

差异分析的步骤: 1)比对; 2) read count计算; 3) read count的归一化; 4)差异表达分析; 背景知识: 1)比对: 普通比对: BWA, SOAP 开大GAP比对: Tophat( Bowtie2); 2) Read count(多重比对的问题): 丢弃 平均分配...

2017-06-10 22:23:08

阅读数 34617

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Linux下BLAST安装及BLAST使用

1、把BLAST的压缩文件解压,然后将bin目录下的文件拷贝至/usr/local/bin下; 2、制作软链接,将解压后的文件中bin目录链接至/home/username下,eg:ln -s /home/username/blast/bin; 3、在当前用户目录下,编辑bashr...

2017-06-09 11:22:32

阅读数 8862

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samtools使用大全

samtools是一个用于操作sam和bam文件(通常是短序列比对工具如bwa,bowtie2,hisat2,tophat2等等产生的,具体格式可以在消息框输入“SAM”查看)的工具合集,包含有许多命令。以下是常用命令的介绍。 1.View view命令的主要功能是:将sam文件与bam文件...

2017-06-08 09:25:15

阅读数 18832

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Python编程

1.经典程序设计问题:找第n个默尼森数。P是素数且M也是素数,并且满足等式M=2**P-1,则称M为默尼森数。例如,P=5,M=2**P-1=31,5和31都是素数,因此31是默尼森数。 输入格式:按提示用input()函数输入 输出格式:int类型 输入样例:4 ...

2017-06-08 09:16:17

阅读数 1303

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