windows 10 samtools安装过程

samtools安装过程

samtools是用于处理序列对比输出sam与bam文件的工具软件，能够实现二进制查看、格式转换、排序及合并等功能，结合sam格式中的flag、tag等信息，还可以完成比对结果的统计汇总。同时利用linux中的grep、awk等操作命令，还可以大大扩展samtools的使用范围与功能。

一.安装适用于Linux的子系统

在Microsoft Store中搜索Ubuntu，选择安装，等待安装成功，设置用户名和密码，完成后重新启动，就可以正常使用，可以直接打开Ubuntu，也可以在cmd窗口输入bash，切换到Linux。

二.安装samtools
分享两种安装方法，一个是直接安装，另一个是利用conda安装。
1.直接安装
(1).使用wget命令，通过地址https://github.com/samtools/samtools/releases/download/1.11/samtools-1.11.tar.bz2获取安装包

下载完成后就可以看到当前目录下多了一个压缩文件samtools-1.11.tar.bz2
(2).解压文件

进入解压后的samtools-1.11，可以看到里面包含了configure文件。

(3).安装
使用命令./configure --prefix=安装路径即可。

等待这一步成功，之后在使用
make
make install
这两个命令就完成安装。这种方法到这一步可能会报错和警告，不同的错误解决方式比较复杂，个人推荐第二种安装方式。

2.利用conda安装
(1).安装conda
百度搜索miniconda 清华

获取你所需要的版本
使用wegt命令下载安装包

用bash运行刚刚下载的.sh文件

根据提示输入enter或者yes，完成安装，重启cmd，就可以正常使用
检查是否安装完成。
(2).添加镜像
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes
(3).输入命令，等待安装完成
完成后重新启动，检查一下