研究：实验选择下细菌有益突变的分布特征

本文摘取自文献 Kassen, R., Bataillon, T. Distribution of fitness effects among beneficial mutations before selection in experimental populations of bacteria. Nat Genet 38, 484–488 (2006). https://doi.org/10.1038/ng1751

实验目的

1. 验证极值理论：有益突变的适应度成指数型分布
2. 突变具有多效性，少量的突变会提高个体在多种环境下的适应度。

实验假设

1. 位点的突变率极低，忽略双突变体的情况。
2. 野生型的适合度在新环境中较高，处在适应度分布的右尾区间。

实验步骤

1. 培养 2016 个单突变菌株群体。假设突变率为 $\mu$，基因组大小为 $L$，繁殖 $N$ 个后代后群体内积累 $M$ 个突变数量的概率为 $P(M)\approx {\mu }^{M}LN$。当积累 1 个突变的概率（$\mu LN$）为 1 时，积累 2 个突变的概率（${\mu }^{2}LN$）是 $\mu$。由于 $\mu$ 极小，所以当 $\mu LN\approx 1$ 时，${\mu }^{2}LN\approx 0$，即群体内仅积累了一个突变。
2. 将 2016 个单突变群体移植到抗生素培养基上培养，有 673 个群体存活。以相同时间下菌落的生长大小作为菌株的适应度，观察并记录各菌株的适应度（图 1a）。
3. 在正常培养基上培育 673 个抗性突变群体与野生型，观察并记录各菌株的适应度（图 1b）。图 1b 中实线为野生型的适应度，虚线为野生型的 95% 置信区间。其中大量的抗性突变相对于野生型是有害的，只有很少量（28，4.2%）的抗性突变是有益突变，适应度高于野生型。

4. 挑选在正常培养基上适应度 top40 的突变株与野生型一起重新测定适应度（重复 8 次），得到更为精确的适应度估计。其中有 18 个（2.7%）突变株的适应度高于野生型。
5. 对 18 个突变株的适应度分布进行拟合，指数函数拟合效果良好（图 2 ，黑点为指数函数的期望值）。

6. 由于器材限制，作者从 673 个抗性突变株中选择了 665 个抗性突变株与野生型培养在 LB 和 glucose、mannitol、sorbitol 分别作为唯一碳源的四种不同营养环境下。
7. 用之前相同的方法找到了总共 95 个有益突变，分别统计了它们在正常培养基中适应度（图 3，a：LB (21)，b：glucose (9)，c：mannitol (15)，d：sorbitol (26)）以及与野生型在 4 种环境下的适应度（图 4，横坐标 Fitness gap 指将适应度排序后 $r_i$ 与 $r_{i-1}$ 的差值。黑色原点：LB，白色原点：sorbitol，黑色三角：glucose，白色三角：mannitol）。作者认为分布也都基本符合指数分布，这说明 无论新旧环境间差异如何，指数分布具有鲁棒性。

PS：个人认为，可能是样本数量不足，上述适应度分布与指数函数的拟合并不是太好。
PS：可惜的是作者没有研究细菌群体在新环境下的突变情况，所有的突变都是基于正常环境下得到的。