不同种属之间 同源基因的批量转换（R语言）

具体代码如下

#安装homologene这个R包
install.packages('homologene')
#加载homologene这个R包
library(homologene)
#我的列表是人类的基因列表
options(stringsAsFactors = F)

#读取代转换基因列表(如下图

genelist1<-read.table("human.txt",header = T,sep = "\t")

 #将上述读入的数据框格式转换为字符串的列表格

genelist2 <- genelist1$symbol

#使用homologene函进行转换
#@genelist2是要转换的基因
#@inTax是输入的基因列表所属的物种号，10090是小鼠
#@outTax是要转换成的物种号，9606是人
convt <- homologene(genelist2, inTax = 9606, outTax = 10090)

 #输出
write.table(convt,file = "convt.csv",sep = ",",row.names = F)

#输出homologene支持的物种号
homologene::taxData
#小鼠转换为human
mouse2human(genelist2)
#人源转换为小鼠
human2mouse(genelist2)

参考：如何快速查找物种间对应的同源基因 - 知乎