如何在PDB数据库快速查找一个目的蛋白的ID(以人的PCSK1为例)
先找去目的蛋白的序列,然后再去PDB数据库查询
- 找目的蛋白序列
- 1.1首先登陆NCBI数据库下protein子数据库,输入PCSK1(基因名),
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1.2可找到上述两条目录,点击任意一条进入,这里我选择第一条,
1.3.进入页面后,修改格式为·FASTA,即可看到该蛋白序列
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1.4 将蛋白序列拷贝下来,至PBD数据库的高级检索栏检索
PDB数据库网址:RCSB PDB: Homepage2. 在PDB数据库页面,进入高级检索栏后如上图,选择sequence栏,将拷贝的蛋白序列粘贴,’display result as‘ 选择‘polymer Entities’,点击搜索按钮
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3.结果如下图
左侧边栏有进一步选择物种,score一般降序,6EQX即为PBD的ID号。本次总共检索出24个,一般建议选择score 分值小的,具体原理还不太清楚。 -
4点击进去可查看该分子详细信息,1.994A即为score值。
5.也可下载后续分子对接分析等