如何快速寻蛋白PBD的ID

最新推荐文章于 2023-08-20 20:26:46 发布
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如何在PDB数据库快速查找一个目的蛋白的ID（以人的PCSK1为例)

先找去目的蛋白的序列，然后再去PDB数据库查询

  •  找目的蛋白序列
  • 1.1首先登陆NCBI数据库下protein子数据库，输入PCSK1（基因名），

  • 1.2可找到上述两条目录，点击任意一条进入，这里我选择第一条，

    1.3.进入页面后，修改格式为·FASTA,即可看到该蛋白序列

  •  

    1.4 将蛋白序列拷贝下来，至PBD数据库的高级检索栏检索

    PDB数据库网址：RCSB PDB: Homepage

      

    2. 在PDB数据库页面，进入高级检索栏后如上图，选择sequence栏，将拷贝的蛋白序列粘贴，’display result as‘ 选择‘polymer Entities’,点击搜索按钮

  •  

    3.结果如下图

    左侧边栏有进一步选择物种，score一般降序，6EQX即为PBD的ID号。本次总共检索出24个，一般建议选择score 分值小的，具体原理还不太清楚。

  •  

    4点击进去可查看该分子详细信息，1.994A即为score值。

    5.也可下载后续分子对接分析等

 

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Nothing
Mystra
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pbd反编译软件超级好用pb
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前几天，我不小心把pb90的pbl删了，里面有好多写的新代码，还有公式，在网站找了一圈后，终于找到可以导出w窗口的软件，可是数据窗口不行，又找了一圈，终于找到导出的软件。很好用。
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