转录组分析工具tophat之完全手册

转载自：第20121105期集结号-转录组分析工具tophat之完全手册

TopHat是将RNA-Seq数据允许gap的回贴回参考基因组上！是转录组分析的必备工具之一！ 此帖的内容涵盖了tophat的介绍，安装、使用、异常处理等，是tophat使用的完全手册! 1,介绍 转录组数据分析之tophat篇 http://seq.cn/1650-79 TopHat是一个快速的寻找可变剪接的回贴工具。http://seq.cn/318-79 适合打印：自己排版整理的PDF版Tophat Manual http://seq.cn/6365-79 2,安装 部署二代测序数据分析流程系列贴（2）-- 安装tophat http://seq.cn/678-79 tophat安装遇到的问题及解决方法 http://seq.cn/5382-26118 扫盲帖：TopHat的安装与使用 http://seq.cn/5857-79 3,使用 tophat 参数r优劣判定方法 http://seq.cn/4169-79 Tophat使用技巧: iteration of tophat http://seq.cn/4899-79 tophat是否会自动扔掉<20bp的reads http://seq.cn/4560-79 RNA-seq 数据经tophat 比对后，怎么计算map 到exon、intron...的reads http://seq.cn/3434-79 TopHat输入Pair-end Reads必须是一一对应吗？http://seq.cn/4438-79 tophat输出结果统计 http://seq.cn/6148-79 4,异常处理 tophat运行失败-- gzip: stdout: Broken pipe http://seq.cn/5733-79 Tophat运行失败---Error retrieving prep_reads info http://seq.cn/5880-79 tophat运行失败，切分输入文件后运行正常 http://seq.cn/6428-79