RNAseq Tophat2 library-type

1，RNAseq library type

RNAseq的文库分为链特异性（strand-specific）和非链特异性（non-strand-specific）两种；其中链特异性又分为去掉cDNA第一条链的建库方法，即保留第二条链，参考tophat2软件命名为fr-secondstrand，以及保留第一条链的fr-firststrand方法。
Note：RNAseq建库过程首先要将mRNA反转为cDNA，将mRNA反转的那条与其互补的cDNA链称为cDNA的第一条链，第一条链反向互补得到的链为cDNA的第二条链。

2，tophat2 library-type 参数设置

fr-unstranded 适用于非链特异性建库，是标准的illumina建库方法；

fr-firststrand 保留第一条链的方法，如dUTP, NSR, NNSR；

fr-secondstrand 保留第二条链的方法，如Ligation, Standard SOLiD；

3，featureCounts library-type 参数设置

-s 参数：
0 (unstranded) 非链特异性
1 (stranded) 对应tophat2中的fr-firststrand
2 (reversely stranded) 对应tophat2中的fr-secondstrand