R语言叠状图

# 绘图包、数据清洗、表格宽转长
library(ggplot2)
library(tidyverse)
library(reshape2)

# 读生一个测试数据宽表格
df=data.frame(
  Phylum=c("Ruminococcaceae","Bacteroidaceae","Eubacteriaceae","Lachnospiraceae","Porphyromonadaceae"),
  GroupA=c(37.7397,31.34317,222.08827,5.08956,3.7393),
  GroupB=c(113.2191,94.02951,66.26481,15.26868,11.2179),
  GroupC=c(113.2191,94.02951,66.26481,15.26868,11.2179)
)
# melt转换为长表格为ggplot2绘图通用格式
# geom_segment添加直线和曲线
#arrange按门水平名称字母降序排列；cumsum先将数值累计，再用mutate取代；现在己有两组间的高度位置，再设置X轴位置1.25, 1.75, 和Y位置
#stat：设置统计方法，有效值是count（默认值） 和 identity，其中，count表示条形的高度是变量的数量，identity表示条形的高度是变量的值；
#position：位置调整，有效值是stack、dodge不堆叠，默认值是stack（堆叠），是指两个条形图堆叠摆放，dodge是指两个条形图并行摆放，fill是指按照比例来堆叠条形图，每个条形图的高度都相等，但是高度表示的数量是不尽相同的。
#width：条形图的宽度，是个比值，默认值是0.9,color：条形图的线条颜色,fill：条形图的填充色
ggplot(melt(df), aes(x=variable, y=value, fill=Phylum)) + 
  geom_bar(stat = "identity", position="stack",width=0.5, col='black')  + 
  geom_segment(data=df %>% arrange(by=desc(Phylum)) %>% 
                 mutate(GroupA=cumsum(GroupA)) %>% mutate(GroupB=cumsum(GroupB)),
               aes(x=1.25, xend=1.75, y=GroupA,yend=GroupB)
               )+
  geom_segment(data=df %>% arrange(by=desc(Phylum)) %>% 
                 mutate(GroupB=cumsum(GroupB)) %>% mutate(GroupC=cumsum(GroupC)),
               aes(x=2.25, xend=2.75, y=GroupB,yend=GroupC))+
                 #去除背景颜色及多余网格线
 theme_bw() + theme(panel.grid=element_blank()
               )
# 添加theme_classic()修改主题样式，这个经典主题我更喜欢
# x和xend分别为起始和终止，1，2组间X值起始分别为1.25和1.75，2，3组间则为2.25和2.75