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利用R语言堆叠图,我们可以将一个项目中所有样品的物种组成展示出来。下面介绍如何利用R语言进行物种组成分析和可视化。过程分为以下几步:
1)模拟丰度矩阵;
2)模拟分组;
3)标准化丰度;
4)调整格式;
5)ggplot2绘制堆叠图、冲积图、分面、分组、堆叠面积图。
1 模拟丰度矩阵
1995)
图1
2 模拟分组
"A",
图2
3 标准化丰度
data_norm=data
for(i in 1:20){
sample_sum=apply(data, 1, sum)
# 统计每个样品的总细菌数量
for(j in 1:10){
data_norm[i,j]=data[i,j]/sample_sum[i]
# 将每个样品的总细菌数量控制为1
}
}
4 调整格式
library(reshape2)