Ovito 操作(一)

最新推荐文章于 2024-08-12 18:42:18 发布
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分类专栏： Ovito 文章标签： 图像处理
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单独挑出某一条链

1. Expression selection

在这里插入图片描述在这里插入图片描述

2. Expand selection

在这里插入图片描述

3.Invert selection

在这里插入图片描述

4. delete selected

在这里插入图片描述

将背景模糊化实现下面的效果图

在这里插入图片描述

step1 选择某个粒子

在这里插入图片描述

step2 扩展选择，按照键连

在这里插入图片描述

step 3 反选

在这里插入图片描述

step 4 计算性质

红色箭头的地方是负责调整模糊程度的地方
在这里插入图片描述

step 5 清除选择

下面就是最后的效果图啦
在这里插入图片描述

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专栏目录
ovito中文手册与总结.pdf
09-28
ovito 意即 the open Visualization tool，可以对分子动力学结果进行显示与分析。它的设 计思想是“修正通道”，从导入的数据出发，经过一个个的“修正”，最终成为想要的显示。 ovito 最重要的功能是显示和分析“单粒子属性”，如单个粒子的位置、速度、应力等，并且能处理任意数目的属性，包括标量属性、矢量属性和矩阵属性。
利用OVITO软件绘制团簇构型 (ICO, BCC, HCP, FCC及SC 多面体)
nmrwxw的博客
05-23 1618
记录一下如何利用OVITO软件画ICO, BCC, HCP, FCC及SC 多面体。以FCC的金属Cu为例，将轨迹文件导入到OVITO软件中。第八步：Delete selected particles。第一步：Common neighbor analysis。第三步：Manual selection。第五步：Expand selection。第七步：Invert selection。调整原子截断半径，结果如下：FCC。第六步：Create bonds。LAMMPS输入文件获取方式，第四步：去除Slice。
ovito 原子及粒子数据可视化分析软件安装-----以Rockylinux8为例
最新发布
mingkun9205的博客
08-12 284
解决办法：sudo yum install xcb-util-cursor xcb-util-cursor-devel，即可；2、解压源程序包：tar-xvf ovito-basic-3.10.6-x86_64.tar.xz。1、首先去ovito官网（www.ovito.org）下载ovito基础班（专业版需要付费）3、运行程序，进入解压好的源程序目录内的bin文件夹 ./ovito 即可运行软件；
[lammps教程]OVITO绘制原子运动轨迹线
weixin_44873868的博客
09-09 540
一区Script Materialia期刊：多主元素合金中的短程有序域扩散一文，研究了CrCoNi合金和MoNbTa合金中原子的扩散过程，文中有出现如下图所示的原子运动轨迹线。7，选择Generate trajectory lines,选择加载的原子轨迹为5000帧，加载完之后在Tracjectory display中修改轨迹的颜色以及线宽，如下。由于所选择的原子并非在原子表面移动，所以，根据实际情况而定，这样就初步得到3个不同颜色的原子轨迹。2、选择该原子模型的某一面，我选择的视角为(left)
ovito手册与总结
04-23
ovito手册与总结PDF版，ovito简单入门 ovito是DXA的升级版
保姆级教程 | ovito背景由黑到白
baguette的博客
07-11 1840
1. 在ovito中打开轨迹文件。4. 即可显示为白色背景。话不多说，直接上步骤。
分子模拟—Ovito渲染案例教程
Rockyoung
03-05 3959
Ovito渲染案例教程，采用Ovito对Lammps的轨迹文件进行处理和渲染。
ovito-basic-3.1.1-win64_lammps_lammps后处理_ovito后处理_ovito后处理_ovito
10-04
OVITO（Open Visualization Tool）是一款强大的分子动力学模拟数据后处理软件，专为科学计算领域设计，特别是针对LAMMPS（Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator）这样的分子动力学模拟程序。...
Ovito可渲染版本（2.9.0 window64）
05-11
此资源提供了Ovito的2.9.0版本，特别强调了其在Windows 64位操作系统上的渲染功能，以及集成的Python界面，使得用户能够更加便捷地进行数据分析和操作。 首先，Ovito的渲染能力是其核心亮点之一。它支持高质量的3D...
Python库 | ovito-3.1.1-cp37-cp37m-manylinux1_x86_64.whl
02-18
OVITO 是一个强大的开源软件，主要用于可视化和分析分子动力学模拟数据。这个资源是一个 Python 包，名为 "ovito-3.1.1-cp37-cp37m-manylinux1_x86_64.whl"，适用于 Python 3.7 平台，并且是针对 x86_64（64位）架构...
Ovito教程：高清大图渲染方法
lammps_jiayou的博客
09-14 4040
ovito一共有两个版本：免费的basic和收费的pro版本，在免费的版本中，仅包含一种图片渲染方法：OpenGL，这种方法导出的图片不是很清晰。
[lammps教程]OVITO绘制原子应力云图
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m0_60787307的博客
04-10 1万+
在我们用分子动力学模拟力学性能时，应力应变云图是我们模拟结果中常常出现的，如下图为分子动力学的铜铅合金拉伸变形特性的研究一文中铜铅合金剪应力云图，本文介绍如何利用OVITO软件绘制原子应力云图。 图参考自：韩浏淼. 基于分子动力学的铜铅合金拉伸变形特性的研究[D].哈尔滨工业大学,2018. 具体步骤 1.导入dump文件 在OVITO软件中导入我们的结果dump文件。 2.Add modification--Atomic strain 3.Add m...
lammps教程：Ovito选择特定晶粒的方法
lammps_jiayou的博客
02-24 1578
在多晶的lammps模拟中，可能会对某一个特定晶粒的变形情况进行分析，此时，需要找到这个晶粒，并进行单独分析。ovito有专用的晶粒识别命令，并把每一个晶粒进行独立编号，通过这个编号，我们就可以找到任意的晶粒。表示选择晶粒编号为1的原子，设置不同的值可选择不同的晶粒。
保姆级教程 | ovito调整原子透明度并介绍导出的三种办法
baguette的博客
08-24 2044
不过效果其实也一般）选中想要导出的视角（ovito里直接点击对应区域即可，边框会变成黄色），点击左上角的照相机，弹出的窗口里我研究明白的功能已经标注了，按照123流程即可，另一个没打框的图标是直接。1. 获得lammps模拟完成后的xyz文件（格式如下），可使用vmd或者ovito软件查看模拟的原子轨迹图像（这里注意每一帧的红框内数值要和后面的原子总数目一一对应，如果有删减原子记得修改）导入模型后，点击右侧“Add modification...”，选择“Select type”选项，在右下方选择框。
lammps教程：Ovito计算RDF方法
lammps_jiayou的博客
05-29 2223
默认情况下，ovito会给出所有原子对的rdf，如果仅需要个别原子的rdf，可以先使用“select type”命令选择特定原子，然后再选择“coordination analysis”如下图仅计算了1-1的rdf。ovito计算rdf比较方便，但也有个缺点，只能输出某一帧的rdf值，无法对一定步数内rdf值进行平均（pro版本可以），如需平均值，可选择之前介绍的计算方法。Number of histogram bins：计算rdf时分的块数为100上图中的参数和下面的lammps命令是等效的。
ovito怎么导出图片
07-09
### 回答1： 要将OVITO中的场景导出为图片，可以按照以下步骤操作： 1. 首先，在场景中设置好想要导出的相机视角，并调整好所需要的显示效果和材质参数。 2. 然后，点击OVITO主界面上方的“渲染”选项卡，并选择“渲染设置”。 3. 在弹出的渲染设置对话框中，可以设置输出图像的相关参数。例如，可以指定输出图像的大小和分辨率，设置渲染帧数等。 4. 在渲染设置对话框的右侧，有一个名为“目标文件”（Target file）的选项。在该选项中，可以选择导出图像的文件格式和保存路径。OVITO支持多种常用的图片格式，如PNG、JPEG等。 5. 确定好渲染设置后，点击对话框底部的“渲染”按钮，开始渲染过程。OVITO将根据设置生成对应的图像。 6. 渲染完成后，可以在渲染设置对话框中点击“打开目标文件”按钮，或者手动在保存路径中找到渲染生成的图片。 通过以上步骤，我们可以轻松地在OVITO中导出场景为图片，以便进一步使用和分享。 ### 回答2： 在使用Ovito导出图片之前，首先需要确保已经安装了Ovito软件并成功加载了你要处理的数据。 以下是导出图片的步骤： 1. 打开Ovito软件并加载要处理的数据。你可以通过拖放文件到Ovito窗口，或者通过点击"File"菜单中的"Load File"选项来加载数据。 2. 导入数据后，你可以在Ovito的窗口中对数据进行可视化和操作。你可以调整视角、添加表示符号、颜色映射等等。 3. 在调整好可视化效果后，你可以点击菜单栏中的"File"选项，然后选择"Save Snapshot"来导出当前视图为图片。你也可以使用快捷键Ctrl+S来完成相同操作。 4. 在弹出的对话框中，你可以选择保存图片的格式和保存路径。通常可以选择保存为常见的图片格式，如PNG、JPEG等。 5. 点击"Save"按钮后，Ovito会将当前的视图保存为一张图片，你可以在指定的路径下找到它。 希望以上步骤对你有帮助！ ### 回答3： 使用Ovito导出图片非常简单。首先，确保你已经安装并打开了Ovito软件。然后，按照以下步骤进行操作： 1. 在Ovito软件界面的左上角，找到并点击“导出视图”按钮。它的图标是一个笔画和相机的组合。 2. 在弹出的导出对话框中，你可以选择导出的文件类型。常见的选项包括JPEG、PNG和TIFF格式。选择你偏好的文件类型。 3. 确定导出文件的输出路径和文件名。你可以点击“浏览”按钮来选择一个特定的文件夹作为输出路径，并为图片命名。 4. 调整导出图片的分辨率和其他参数。你可以更改图片的大小、缩放比例等。这些选项位于对话框的底部。 5. 点击“导出”按钮开始导出。Ovito会在指定的输出路径下生成你选择的文件类型的图片。 请注意，你可以在导出对话框中预览导出图片的效果。如果需要调整图片的外观，可返回软件界面进行进一步的编辑和设置。 希望以上信息能帮助你成功导出Ovito图片！
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