GATK安装及java环境配置

gatk检测SNPs的工作大多数都是重复性的命令，众所周知，重测序数据少则几百个，多的参考人类基因组。将gatk pipeline嵌套入循环脚本中进行工作无疑是最高效的做法（但过程一旦出错就得各种debug）。一开始为了方便，我是直接使用conda的安装方法，但是在脚本内反复切换环境常会出错（大多数都是我的操作不当），为了解决这一麻烦，不得不自己安装编译版……

1 更新jdk

1.1 下载

通过gatk的github主页了解其所需环境，以我们的服务器为例，只有java jdk的版本较低，以此环境运行gatk的部分功能就会报错，特别是picard.jar模块的功能。

直接点击github主页提供的链接地址，获得下载链接：

下载完成后将其上传至服务器并解压，之后就会获得jdk-17.0.7+10名字类似的文件夹。

1.2 配置环境

解压完之后查看java版本还是会显示旧版的信息，这是因为主机系统配置默认的java还是旧版的。通过配置用户的全局变量即可更改默认java。
编辑用户主目录下的.bashrc：

vi .bashrc

在自定义变量区域加入以下内容：

export JAVA_HOME=~/jdk-17.0.7+10   #注意此目录需与jdk解压位置一致
export JRE_HOME=${JAVA_HOME}/jre
export CLASSPATH=:${JAVA_HOME}/lib:${JRE_HOME}/lib
export PATH=${JAVA_HOME}/bin:$PATH

至此，jdk的安装配置正式完成，查看其版本发现其已更改：
PS:因为我的jdk是之前装好的，所以是0.6版

2 安装gatk

后面安装gatk就是按部就班的参照github主页的引导来：
首先，将gatk的库克隆到自己目录下：

git clone https://github.com/broadinstitute/gatk.git

然后进入目录编译就可以了：

cd gatk
./gradlew bundle

完成后，将安装路径添加到全局变量，即可使用命令调出tools list:

gatk --list

此时便安装成功了。

END！