记录自己在编译安装samtools时犯下的低级错误

最近在进行基因组SNPs的检测工作，在进行完一个read group的检测工作后，为了了解操作是否正确，想使用samtools tview查看去重复后的比对情况。因为之前吃过环境污染的亏，所以习惯性的使用conda工具进行软件的安装和对应软件工作环境的管理，但是部分软件包由于其特殊性，conda环境下可能某些功能无法实现，比如samtools……

1 conda版的samtools

最初我根据软件说明直接在samtools的环境下查看比对情况：

conda activate samtools
samtools tview SRR098401.dup.bam reference/human_g1k_v37.fasta

发现结果仅是短短一行的非交互式的！！！
网上找了一圈得到的结果是：

通过conda安装的samtools无法实现tview的交互式功能

2 安装samtools时犯病

找到samtools的官网：

下载源码压缩包：

wget https://github.com/samtools/samtools/releases/download/1.17/samtools-1.17.tar.bz2

解压：

tar -jxvf samtools-1.17.tar.bz2 

配置环境：

cd samtools-1.17
./configure --prefix=/where/to/install##记住此路径，它是万恶之源！！！！！！！！

编译，安装……

make
make install

就在我傻乎乎的照搬官网的manual的时候，

错误发生了

一开始看见Permission denied字样，下意识的以为自己账号权限不够，
至此，已经不再想看比对的情况了，conda版也挺好的，哈哈哈哈……
就在我百无聊赖的看着台历发呆时，无意间瞥见了终端上

报错的信息：

原来是自己在进行环境配置时没有创建和指定安装路径。

3 源码编译正确的打开方式

清楚错误发生的原因后，重新开始安装samtools。

3.1 创建安装目录

mkdir -p ~/samtools/bin

3.2 配置环境

全局变量

重新激活全局变量：

source ./.bashrc

配置编译安装环境

#此路径需要绝对路径，对应安装路径
./configure --prefix=/{your_dir}/samtools

3.3 编译安装

make
make install

再次运行tview命令

samtools tview SRR098401.dup.bam reference/human_g1k_v37.fasta

可看到交互式的比对内容：

Ending!!!

PS:

samtools的manuel里面已经明确表明/where/to/install字样，报错完全是因为没仔细看说明。