SIMCA的OPLS-DA相关

转自阿趣代谢微信公众号

1. 去除离群值后新做的PCA分析还有很多样本离群，这种情况正常吗？

正常，因为样本本身并不是独立的关系，存在组间差异和组内差异。

2.OPLS-DA中score图t旁边的数字说是权重，是什么的权重？有什么含义？

t[1]是针对预测主成分（横坐标）的回归系数权重大小；t[2]是针对正交主成分（纵坐标）的回归系数权重大小。

3.做三组之间的OPLS-DA时，3D图有的数据拟合出来的坐标是t1,t2,t3，有的拟合出来是t1,t2,t0(1),纵坐标不同有什么影响吗？

t1,t2,t3分别表示第一预测主成分（X/横坐标），第二预测主成分（Y/纵坐标）和第三预测主成分（Z坐标）；t1,t2,t0(1)分别表示第一预测主成分（X/横坐标），第二预测主成分（Y/纵坐标）和第一正交主成分。

4.关于OPLS-DA代谢组分析模型验证的问题。文献上一般附有R2X、R2Y、Q2值加交互验证图。是不是R2X和R2Y 大于Q2，Q2大于0.5？然后验证图是选择K空白的数据分析吧？怎么看呢？

5.OPLS-DA为什么不能分析多组的数据？

OPLS-DA可以进行多组的数据分析，但是要找寻组间物质的差异一般建议用两组分析。

6.OPLS-DA模型是必须以PLS-DA为模型的基础验证么？很多文献都有这样一句话，出现PLS-DA模型验证不成立，OPLS-DA又可以用的情况是什么原因？

不是，用一个就可以了，两者是平行的。PLS-DA容易过拟合，所以发展了OPLS-DA。

7.SIMCA做出来的OPLS-DA的Q2值是负值，这代表什么？

说明差异并不太显著，可以尝试对数转换或者调整scaling方法看看，不过一般效果都差不多。Q2是负值的情况说明数据间差异程度本身并不太大。

8.OPLS和OPLS-DA都可以做置换检验吗？（SIMCA软件说明中说OPLS-DA不适合做置换检验）

都可以。实际上OPLS-DA是属于OPLS的一种情况，当Y变量是分类变量（0或1）而非连续变量的时候，OPLS与OPLS-DA模型的分析结果是一样的。

9.OPLS、 O2PLS、 OnPLS的区别在于它们有几个block，那么，什么算是一个block？这个block与Y变量有什么关系，与Y变量的数量有关吗？

block可以理解为独立不同类型模块的数据。这样一来，针对单一类型数据（比如代谢组学）采用OPLS，针对两个不同类型数据（比如代谢组学&蛋白质组学）采用O2PLS，针对三个或三个以上不同类型数据（比如代谢组学&蛋白质组学&转录组学&临床数据指标）采用OnPLS。

10.用SIMCA提取出模型和正常的Vip 值，想进一步提取出p<0.05差异物，用spss的t检验来分析，但是不知道用独立样本t检验还是单样本t检验，两者在文献上都有看到。

我们一般用独立样本t检验。