OPLS-DA

最新推荐文章于 2024-06-04 08:00:00 发布
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分类专栏： 机器学习
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OPLS-DA的S-plot图可视化
weixin_47634487的博客
09-27 5389
【代码】R语言OPLS-DA的S-plot图可视化。
OPLS-DA分析，组间差异 图形详解
生信小博士的博客
07-03 5581
OPLS-DA分析，全称正交偏最小二乘法判别分析（OrthogonalPartialLeast Squares-DiscriminantAnalysis），它结合了正交信号矫正（OSC）和PLS-DA方法，能够将X矩阵分解成与Y相关和不相关的两类信息，通过去除不相关的差异来筛选差异变量。
正交偏最小二乘判别分析（Orthogonal Partial Least Squares Discriminant Analysis, OPLS-DA）
最新发布
weixin_43156294的博客
06-04 1880
正交偏最小二乘判别分析（Orthogonal Partial Least Squares Discriminant Analysis, OPLS-DA）是一种多变量统计分析方法，主要用于分类和特征选择，尤其在代谢组学和组学数据分析中非常有用。OPLS-DA结合了偏最小二乘回归（PLSR）和正交信号校正（OSC）两种技术，旨在区分不同组别的样本，并识别影响组别分类的关键变量。
R实战 | OPLS-DA（正交偏最小二乘判别分析)筛选差异变量(VIP)及其可视化
weixin_45822007的博客
10-29 2万+
主成分分析（PCA）是一种无监督降维方法，能够有效对高维数据进行处理。但PCA对相关性较小的变量不敏感，而PLS-DA（偏最小二乘判别分析）能够有效解决这个问题。而OPLS-DA（正交偏最...
metabolomics_data_using_OPLS-DA
04-26
emuch.net]Analysing_NMR_metabolomics_data_using_OPLS-DA.pdf
OPLS-DA分析
生信小博士的博客
06-07 3749
ropls包可以实现PCAPLS（-DA）和OPLS（-DA）方法，包括R2和Q2质量指标，VIP值的计算，检测异常值的分数和正交距离，以及许多图形（分数、加载、预测、诊断、异常值等）。
生信学习笔记1：学习如何用OPLS-DA分析代谢组数据（从入门到掌握）
wxw060709的专栏
01-31 2700
正交偏最小二乘法是PLS的一个变体，它增加了一个正交滤波器，用于去除预测变量和响应变量之间不相关的变异。OPLS的关键优势在于它能够区分预测变量中与响应变量相关和不相关的变异。通过这种分离，OPLS可以提供更清晰的模型，使解释和分析结果变得更加简单。
opls-da代谢组学 图形详解 Q2Y R2Y
生信小博士的博客
07-10 8845
而模型的两个得分值，R2Y代表了模型的可解释性，也就是说模型中有百分之多少的信息能解释我们事先知道的分类变量Y，R2Y约接近1，说明能解释两组分类的信息越多，也就是我们说的两组之间的差异越大。OPLS-DA作为一个有监督的模型，意味着模型使用了两组分类信息作为分类的Y变量，也就是说模型事先知道哪些样品是哪组的，然后开始建模，其第一主成分（也叫预测主成分）呈现的是两组之间的差异信息。在很多的实际的项目中，尤其是临床样品的检测项目，能满足两条斜线的斜率为正，且Q2Y的截距不超过0.05就很好了。
代谢组学分析 PCA PLS-DA OPLS-DA 在R语言中的实现
生信小博士的博客
07-03 5589
主成分分析（Principal Component Analysis，PCA）是一种无监督降维方法，能够有效对高维数据进行处理。但PCA对相关性较小的变量不敏感，而PLS-DA（Partial Least Squares-Discriminant Analysis，偏最小二乘判别分析）能够有效解决这个问题。而OPLS-DA（正交偏最小二乘判别分析）结合了正交信号和PLS-DA来筛选差异变量。
PCA-OPLS
02-14
PCA / OPLS-DA 用于使用auto-py-to-exe制作可执行程序的Python代码。 可以使用GUI执行过滤，PCA和OPLS-DA。 概述 使用rpy2包在python上运行基于R的代码。 R中使用的ropls软件包执行PCA和OPLS-DA 使用tkinter为...
SIMCA教程2 韩晓春.docx
03-12
本教程主要介绍了SIMCA在数据分析中的应用，特别是通过PCA（主成分分析）和OPLS-DA（部分最小二乘判别分析）来探索和识别样本之间的差异。 1. **PCA（主成分分析）**： PCA是一种降维技术，用于将高维数据转换为...
Python探索之pLSA实现代码
01-21
pLSA(probabilistic Latent Semantic Analysis)，概率潜在语义分析模型，是1999年Hoffman提出的一个被称为第一个能解决一词多义问题的模型，通过在文档与单词之间建立一层主题（Topic），将文档与单词的直接关联转化为文档与主题的关联以及主题与单词的关联。这里采用EM算法进行估计，可能存在差错，望积极批评指正。 # -*- coding: utf-8 -*- import math import random import jieba import codecs import datetime class pLSA_lph(): def __i
R语言数据挖掘-模型评估篇
06-10
在IT行业中，数据挖掘是一项关键技能，特别是在大数据和云计算领域。R语言因其强大的统计分析能力和丰富的数据可视化库，成为数据挖掘者首选的工具之一。本课程聚焦于"R语言数据挖掘-模型评估篇"，旨在深入讲解如何...
偏最小二乘和判别分析：使用 PLS 进行判别分析的教程和工具。-matlab开发
06-01
空间最小二乘法 (PLS) 是在各个领域中广泛使用的技术。 该包提供了使用非线性迭代偏最小二乘 (NIPALS) 算法执行 PLS 回归的函数。 它包含一个教程函数，用于解释 NIPALS 算法和使用 PLS 函数执行判别分析的方法。...
在线作图丨数据降维方法③——正交偏最小二乘方判别分析（OPLS-DA）
weifanbio的博客
07-19 9244
​Question1：什么是PLS-DA？ 与PCA不同，PLS是“有监督”模式的偏最小二乘法分析，也就是在分析数据时，已知样本的分组关系，这样可以更好的选择区分各组的特征变量，确定样本之间的关系。DA是判别分析，PLS-DA用偏最小二乘回归的方法，在对数据“降维”的同时，建立了回归模型，并对回归结果进行判别分析。 OPLS-DA是在PLS-DA的基础上，进行了正交变换的矫正，可以滤除与分类信息无关的噪音，提高了模型的解析能力和有效性。 Question2：什么是OPLS-DA？ OPLS是一种多因变量对多
使用python求PLS-DA的方差贡献率
ThePaK的博客
03-09 1570
以鸢尾花数据集为例，实现PLS-DA降维，画出降维后数据的散点图并求其方差贡献率。
R语言统计分析：置换检验
Mrrunsen的博客
09-20 831
实际使用时，当样本量较小时我们可以直接使用这种方法计算确切的P值，此时被称为“Exact”，当样本量较大时，由于组合数过大精确计算不太现实，所以实际上置换检验的一般是从所有个组合中随机抽取若干个组合，然后用这若干个组合计算出的t值组成一个集合近似估计P值。如果学过统计计算这门课，我们知道计算机生成的随机数其实并不真的随机，它是一列循环周期很长的数列，而实际上真正的随机数是不能被预测也不能被复现的。t检验结果显示P=0.047，而下面的置换检验的P=0.07，更有把握认为两组均值有差别。
代谢组学研究的十大误区——误区十
Biotree2012的博客
09-01 2524
而模型的两个得分值，R2Y代表了模型的可解释性，也就是说模型中有百分之多少的信息能解释我们事先知道的分类变量Y，R2Y约接近1，说明能解释两组分类的信息越多，也就是我们说的两组之间的差异越大。OPLS-DA作为一个有监督的模型，意味着模型使用了两组分类信息作为分类的Y变量，也就是说模型事先知道哪些样品是哪组的，然后开始建模，其第一主成分（也叫预测主成分）呈现的是两组之间的差异信息。在很多的实际的项目中，尤其是临床样品的检测项目，能满足两条斜线的斜率为正，且Q2Y的截距不超过0.05就很好了。...
代谢组学精华汇总
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FanJin的博客
10-01 5万+
代谢组学的介绍 代谢组学那些事儿   代谢组数据处理 代谢组学数据分析的统计学方法综述 典型机器学习算法在代谢组学数据分析中的应用和比较 代谢组学数据处理 非靶向代谢组学数据处理的基本流程 代谢组学生物信息分析的那些事儿 一文看懂主成分分析 运用ROC曲线筛选生物标志物的策略   关于筛选标记物 筛选差异代谢产物通常基于OPLS-DA模型，因为它更易于进行模型解释，所有跟...
R语言OPLS-DA
08-23
R语言的OPLS-DA是一种用于多变量数据分析的方法，它可以用来识别和解释不同组之间的差异。OPLS-DA使用主成分分析（PCA）和偏最小二乘判别分析（PLS-DA）的组合来构建预测模型。在OPLS-DA模型中，主要目标是解释X（预测矩阵）和Y（响应矩阵）之间的相关性，并根据这些相关性将样本分组。 具体来说，在R中使用ropls软件包来执行OPLS-DA分析。首先，需要加载ropls包和数据集。然后，可以使用opls函数来构建OPLS-DA模型。在构建模型时，可以指定预测变量（X）和响应变量（Y），并选择适当的正交组分数目。可以使用交叉验证来评估模型的质量，并计算相关的统计指标，如R2X、R2Y和Q2。 OPLS-DA模型的目标是找到最佳的预测模型，并解释预测变量和响应变量之间的相关性。模型的质量可以通过R2X、R2Y和Q2来评估。其中，R2X表示X的方差解释比例，R2Y表示Y的方差解释比例，Q2表示交叉验证的预测能力。通常，较高的R2X、R2Y和Q2值表示模型的质量较好。 总之，R语言的OPLS-DA是一种用于多变量数据分析的方法，可以用于解释和预测不同组之间的差异。通过构建OPLS-DA模型，并评估模型的质量指标，我们可以了解预测变量和响应变量之间的相关性，并进行样本分组。<span class="em">1</span><span class="em">2</span><span class="em">3</span> #### 引用[.reference_title] - *1* [PCA-OPLS](https://download.csdn.net/download/weixin_42168230/15258558)[target="_blank" data-report-click={"spm":"1018.2226.3001.9630","extra":{"utm_source":"vip_chatgpt_common_search_pc_result","utm_medium":"distribute.pc_search_result.none-task-cask-2~all~insert_cask~default-1-null.142^v93^chatsearchT3_1"}}] [.reference_item style="max-width: 50%"] - *2* *3* [R实战 | OPLS-DA（正交偏最小二乘判别分析)筛选差异变量(VIP)及其可视化](https://blog.csdn.net/weixin_45822007/article/details/121045882)[target="_blank" data-report-click={"spm":"1018.2226.3001.9630","extra":{"utm_source":"vip_chatgpt_common_search_pc_result","utm_medium":"distribute.pc_search_result.none-task-cask-2~all~insert_cask~default-1-null.142^v93^chatsearchT3_1"}}] [.reference_item style="max-width: 50%"] [ .reference_list ]

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