R语言基础
swuteresa
这个作者很懒,什么都没留下…
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table函数
对factor分类属性统计其frequency distribution 计算列联表table:uses the cross-classifying factors to build a contingency table of the counts at each combination of factor levels统计每对factor水平组合出现的次数。 table(x原创 2013-02-01 22:39:52 · 23696 阅读 · 0 评论 -
判断两个变量/向量/集合的相等性质
identical(x,y): 测试x和y中所有对应位置上的元素是否相等。 sum(!is.element(x,y))sum(!is.element(y,x))如果这两个表达式结果均为0,意味着x和y来自同一个样本集(即:元素相同,排列可以不同)原创 2013-03-12 10:53:38 · 3283 阅读 · 0 评论 -
R中的PCA
函数:prcompprincomp原创 2013-03-27 08:27:43 · 1029 阅读 · 0 评论 -
集合操作
union(x, y):集合“并“intersect(x, y):集合“交”setdiff(x, y):集合"差" x-ysetequal(x, y): 集合是否相等 x=y? True/Falseis.element(el, set):判断元素el是否属于集合set? True/Falseis.element(x,y):对于集合x中的每一个元素,判断其原创 2013-03-11 14:52:02 · 1029 阅读 · 0 评论 -
factor因子
factor不仅包括分类变量本身,还包括变量不同的可能水平,即使他们不在数据中出现。创建一个因子:factor(x=character(),levels=sort(unique(x),na.last=TRUE),labels=levels,exclude=NA,ordered=is.ordered(x))与之相关的有:ordered(x, ...)is.factor(x)i原创 2013-02-02 20:48:55 · 2392 阅读 · 0 评论 -
Synbreed与rrBLUP
Synbreed中的RRBLUP模型(用函数gpMod实现)与rrBLUP包中的kin.blup:若使用同一个数据集,同一个relationship矩阵,则得出的结果相近。区别:1.gpMod中使用的kin矩阵为kin.blup中kin矩阵的一半。2.kin.blup结果中的Vg为gpMod结果中fit的分量sigma的第一个值kinTS的1000倍。Vg:遗传方差Ve:剩余方原创 2013-05-01 17:19:34 · 3393 阅读 · 0 评论 -
安装Bioconductor中的包
1. R GUI:在“程序包”——“选择软件库”,选取“bioC software”,之后再“安装程序包”,选择需要安装的包。2. 先在console中运行命令,setRepositories(addURLs =c(CRANxtras = "http://www.bioconductor.org")),之后再“安装程序包”,选择需要安装的包。原创 2013-05-04 10:43:37 · 3500 阅读 · 0 评论 -
稀疏矩阵——创建和可视化
m1 m2 m ss plot(ss,pch = 22)原创 2013-06-01 17:09:52 · 1704 阅读 · 0 评论 -
R脚本并行运行
执行mpirun时,指定hosts可以用选项-H或-host(逗号分割的hosts列表),或者用选项-hostfile指定一个host file。可以使用-n或-np选项指定在这些节点(即hosts)上运行的脚本的副本数量。若-n或-np为1,指定只运行脚本的一个副本,在运行startMPIcluster时,doMPI会使用Rmpi的mpi.comm.spawn函数为你启动多个workers。原创 2013-07-22 14:55:13 · 3741 阅读 · 0 评论 -
R并行程序框架
library(doMPI)cl registerDoMPI(cl)… use of foreach and %dopar% …closeCluster(cl)mpi.quit()原创 2013-07-22 14:54:26 · 1050 阅读 · 0 评论 -
正则表达式30分钟入门教程
文章来源:http://deerchao.net/tutorials/regex/regex.htm目录跳过目录本文目标如何使用本教程正则表达式到底是什么东西?入门测试正则表达式元字符字符转义重复字符类分枝条件反义分组后向引用零宽断言负向零宽断言注释贪婪与懒惰处理选项平衡组/递归匹配还有些什么东西没提到联系作者网上的资源及本文参考文献更新纪录本文目标转载 2013-08-29 14:05:58 · 657 阅读 · 0 评论 -
包affy,arrayQualityMetrics和RankProd的安装
source("http://bioconductor.org/biocLite.R")biocLite("affy")biocLite("arrayQualityMetrics")biocLite("RankProd")install Cairo in R should run these two commands first:sudo apt-get insta原创 2014-01-17 11:08:22 · 4933 阅读 · 1 评论 -
R并行开发准备
1. 安装openMPI2. 安装R Packages:install.packages("Rmpi")install.packages("doMPI",dependencies=TRUE) 将自动安装doMPI的依赖包foreach和iterators原创 2013-07-22 10:15:13 · 1470 阅读 · 0 评论 -
win 7 home版R package打包、发布、安装
首先,当然需要安装好R(假设安装目录为C:\Program Files\R\R-3.0.2)和Rtools(假设安装目录为C:\Rtools)1、在命令行模式下,修改环境变量,增加RTools和R在你的电脑上的安装目录下的bin子目录set path=C:\Program Files\R\R-3.0.2\bin;C:\Rtools\bin;%path%由于这一修改不是永久性的,原创 2013-11-18 16:43:50 · 1895 阅读 · 0 评论 -
Ubuntu下编译安装R全记录
Posted in 四月 3, 2011 ¬ 00:27h.lijian13条评论 » 7,305 views Ubuntu下安装R很方便,可以在软件管理中心搜索r-base直接安装,也可以将CRAN的相关目录添加到源,然后通过apt-get安装:1sudo apt-get install r-base转载 2014-05-15 10:08:24 · 1912 阅读 · 0 评论 -
RStudio中有用的快捷键
Ctrl+Enter:逐行执行script中的命令Ctrl+l:清除屏幕上的内容Esc:强制结束当前命令的执行(控制台工作区上方红色的"stop"按钮也可以)Ctrl+2:移动光标到控制台以下内容为转发:控制台功能Windows & LinuxMac移动鼠标到控制台Ctrl+2Ctr原创 2013-03-08 09:10:13 · 16327 阅读 · 0 评论 -
数据预处理(第一天)
将excel文件另存为csv格式(不支持多个sheet,每个sheet保存为独立的csv文件)4个csv文件:1.基因型:genotype.csv,375行105列,每行为一个line(第一列为line编号)。编码方式:纯合体用1位数1~n(n种不同等位基因型,n最大为7)表示,杂合体用2位数xy(x,y:1~n)表示,未测定的用-9表示(原文件中line 332, RM10376,闪闪标原创 2013-04-03 11:13:24 · 1232 阅读 · 0 评论 -
list, data frame与S4对象
一个S4对象的槽slot访问:对象名@槽名一个data.frame对象的变量variables访问:数据框$变量名在data.frame中,行表示subjects/observations,列表示variables/characteristics 执行attach(dataframeX),将attaching dataframeX to the R search path,此后,“原创 2013-02-02 12:59:39 · 3200 阅读 · 0 评论 -
R调用matlab
#安装R.matlab包install.packages("R.matlab") #载入R.matlab包library(R.matlab) #设置matlab文件的路径path #读取matlab文件mat #对读取内容(存放在mat变量中)进行操作(mat变量)sfieldscat("Field names:",paste(fiel原创 2013-02-02 17:25:36 · 8691 阅读 · 0 评论 -
编写R包(1)
用help.start()查看R帮助的开始页,其中Writing R Extensions章节详细介绍。1.1.1小节和1.1.3小节:R包的结构1.6小节:命名空间5节:底层语言的使用 下载Rtools工具和LaTex程序查看R的安装路径:(1)R.home("bin")(2)R.home("library")需要设置PATH R包的结构:pkg(原创 2013-02-02 21:09:12 · 1554 阅读 · 0 评论 -
编写R包(2)
简单过程在R Gui中:(1)创建数据,定义函数(2)package.skeleton(name="anRpackage",list,environment=.GlobalEnv,path=".",force=FALSE,namespace=FALSE,code_files=character())将会在path下面生成一个名为anRpackage的文件夹,里面包含了list中的对原创 2013-02-02 21:25:29 · 815 阅读 · 0 评论 -
R中的各种apply函数
lapply:可用于一个列表对象,并且返回一个列表对象sapply:更灵活,可接受向量或者矩阵作为主要参数,返回形式更为有好的结果,常常是表格形式。 lapply(x,FUN,...)sapply(x,FUN,...,simplify=TRUE,USE.NAMES=TRUE)vapply(x,FUN,FUN.VALUE,...,USE.NAMES=TRUE)replicat原创 2013-02-01 21:41:19 · 9551 阅读 · 0 评论 -
R语言的流程控制
ifelse(X,Y,Z)若X成立,则执行Y,否则执行Z if(cond) exprif(cond) cons.expr else alt.exprfor(var in seq) exprwhile(cond) exprrepeat expr在三种循环中可以用break和next for(i in 1:length(x)) 循环有时可避免使用循环,方法:原创 2013-02-01 21:13:35 · 8206 阅读 · 0 评论 -
anova
anova{stats}Anova Tablescompute analysis of variance or deviance tables for one or more fitted model objects anova(object,...)其中:object:包含一个模型的拟合函数(lmer或lm,glm)的结果对象...:其他的同类对象 anova原创 2013-02-02 16:06:12 · 1003 阅读 · 0 评论 -
R命令(4)
log(x):求x的自然对数 log10(x):求x的对数(以10为底) t(x):求x的转置x` 求n!:factorial(n),prod(1:n),gamma(n+1) quantile(x):求x向量的0%、25%、50%、75%、100%等5个分位数值 summary(x):求x(变量,data.frame或是cbind的结果)的Min(最小值)、原创 2013-02-01 13:11:40 · 1876 阅读 · 0 评论 -
匹配:match与%in%操作符
match{base}returns a vector of the positions of (first) matches of its first argument in its second. %in%is a more intuitive interface as a binary operator, which returns a logical vector indi原创 2013-02-02 11:46:25 · 4397 阅读 · 0 评论 -
R命令(1)
getwd():查看当前工作路径setwd(str):设置工作路径为strlibrary():查看当前可用包library(x):载入包xcitation(x):查看包x的引用信息search():查看已载入的包detach(package:x):取消包x的载入remove.package("x"):取消包x的安装(卸载包x)ls():查看workplace中的所有原创 2013-02-01 11:35:44 · 710 阅读 · 0 评论 -
R命令(3):内存管理与垃圾清理
memory.limit():查看内存大小memory.limit(n):申请内存大小memory.size(NA):查看内存大小memory.size(T):查看已分配的内存memory.size(F):查看已使用的内存 在Windows开始菜单运行:Rgui -max-mem-size 2GB与在R GUI中执行:memory.limit(2000)都能申请2G原创 2013-02-01 12:51:18 · 13350 阅读 · 1 评论 -
How to install packages in Bioconductor
source("http://bioconductor.org/biocLite.R")biocLite(packageName1,packageName2,...)原创 2013-03-04 14:07:04 · 567 阅读 · 0 评论 -
xtable
xtable {xtable}Create Export TablesDescription: Function converting an R object to an xtable object, which can then be printed as a LaTeX or HTML table.原创 2013-03-05 16:30:16 · 2232 阅读 · 0 评论 -
R命令(2)
?:访问帮助文件#:添加注释system.time(operations):查看操作消耗的时间system.file(package=str):查看包str所在的文件路径 example(methodX):显示函数methodX的使用例子methods(methodX):查看函数methodX在默认包中所有可利用的函数(OOP)getAnywhere(methodX):原创 2013-02-01 11:58:21 · 995 阅读 · 0 评论 -
The R-help Archives
The R-help Archives原创 2013-04-01 15:52:22 · 602 阅读 · 0 评论 -
Linux下使用多个不同版本的R
On Linux, RStudio uses the version of R pointed to by the output of the following command:which RThe which command performs a search for the R executable using the system PATH. RStudio will there原创 2014-05-15 10:05:08 · 9755 阅读 · 0 评论