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昨天的Division Seminar座无虚席，讲完后讨论近半小时，Ye几乎回答了所有的提问。认识了一位女专家：Professor Susan McCouch, Cornell Universityhttp://plbrgen.cals.cornell.edu/people/faculty.cfm?netId=srm4以及PBGB的热心教授Professor Hei Lia
2013-05-16 10:04:43
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原创 relationship and differences between Bayesian methods
Shrinkage parameter estimation:(1) Ridge regression: grid search, or a mixed model approach (with the "emma" R package)(2) Bayesian ridge regression: a Bayesian hierarchical model(1) and (2) ass
2013-05-16 09:37:47
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原创 Breeding Value与Genotypic Value
支持和实现GWAS和GS的R Package中，只有Synbreed适合做植物育种，其他的Package都是针对动物，动物（特别是人类）数据的分析，有个重要的预处理：分析群体的HW平衡性。植物群体因为存在人为选择的问题，不可能满足HW平衡。在GWAS和GS之前，育种领域已有大量成熟的研究与应用，是基于表型分析的。育种值BV（Breeding Value），特指加性基因效应的部分。如果能
2013-05-12 14:08:37
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原创 BLUE和BLUP
BLUE：将基因型当作fixed effects。估计出表型值的BLUE，用以修正田间实验误差（要考虑不同的实验设计），得到的结果（表型值的BLUE）作为其他后续方法training时的表型值使用。BLUP：将基因型当作random effects。估计出方差组分（可由此计算出遗传率，用于计算Bayesian方法中的先验参数等），得到表型值的BLUP作为其他后续方法用于评估预测准确度时的TBV
2013-05-07 08:50:31
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原创 安装Bioconductor中的包
1. R GUI：在“程序包”——“选择软件库”，选取“bioC software”，之后再“安装程序包”，选择需要安装的包。2. 先在console中运行命令，setRepositories(addURLs =c(CRANxtras = "http://www.bioconductor.org"))，之后再“安装程序包”，选择需要安装的包。
2013-05-04 10:43:37
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原创 Synbreed与rrBLUP
Synbreed中的RRBLUP模型（用函数gpMod实现）与rrBLUP包中的kin.blup：若使用同一个数据集，同一个relationship矩阵，则得出的结果相近。区别：1.gpMod中使用的kin矩阵为kin.blup中kin矩阵的一半。2.kin.blup结果中的Vg为gpMod结果中fit的分量sigma的第一个值kinTS的1000倍。Vg：遗传方差Ve：剩余方
2013-05-01 17:19:34
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空空如也
空空如也
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