Windows系统下生成位置特异性得分矩阵（PSSM矩阵）

之前发过一次Linux系统下生成PSSM矩阵的过程，有很多小伙伴问我如何在windows系统下生成PSSM矩阵，然后我就自己在电脑上试了一下，总结了以下几个步骤，供大家参考，如有不对的地方，还请大家批评指正。

1.blast的下载与安装

(1)进入这个链接，下载适合自己版本的blast，Windows版本下，请下载Windows版本的压缩包。

(2)安装流程：下载完毕后，可解压放在D:\Blast，解压后会生成bin和doc两个子目录。

(3)环境变量设置：右键点击“我的电脑”-属性，然后“高级系统设置”选项-“环境变量”，在用户变量下方点击“新建”-变量名：BLASTDB，变量值：D:\Blast\db(即数据库路径)。在系统变量下方“Path”添加变量值：D:\Blast\bin

 

(4)查看版本信息:点击window的"开始"菜单，在运行中输入cmd，调出DOS命令行，转到blast安装目录，输入命令“ psiblast -version"查看版本信息，若能查询到，则为安装成功。

   2.blast本地数据库的构建

  (1)下载数据库

 a.在ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/这个网址下载数据库，nr库或者是swissprot库(以下是以swissprot库为例）下载完后进行解压。

 

 b.将下载的数据进行格式化

例如:以1.fasta作为查询序列，以swissprot作为数据库文件。首先将swissprot放到D:\Blast\db文件夹下，然后用DOS命令行，转到D:\Blast\db文件夹下运行格式化的命令:

D:\Blast\db>makeblastdb -in swissprot -dbtype prot -title "swissprot" -out sp

完成后，本地数据库就建立完成。

3.使用方法

   例如：以1.fasta作为查询序列，以swissprot作为数据库文件。

    输入命令：

    D:\Blast\bin> psiblast -query D:\Blast\db\1.fasta -db D:\Blast\db\sp -evalue 0.001 -num_iterations 3 -out_ascii_pssm D:\Blast\output\1.pssm 

理想结果下，会输出一个1.pssm的文件。