R语言安装包,安装Github包的三种方法

以安装Github上的Achilles包为例进行安装说明。

描述

1.安装包路径:https://github.com/OHDSI/Achilles#getting-started

2.该包功能:进行临床表征分析

R语言包安装过程总结:

第一步:环境准备

前提条件

1.安装jdk环境变量

2.配置R语言环境变量

install.packages("devtools")
install.packages("rJava")
library(rJava)
library(devtools)
library(usethis)
library(rJava)###java环境变量配置

参考资料网站:https://blog.csdn.net/tandelin/article/details/94580789

第二步:安装R语言包

【注意】进行第二步的前提条件是第一步的环境准备都已经完成了。

方法一:网络在线安装github包

(1)加载安装包

install.packages("devtools")
install.packages("rJava")
library(rJava)
library(devtools)
library(usethis)
library(rJava)###java环境变量配置
devtools::install_github("OHDSI/Achilles")

如果下面的library命令能加载执行,则说明包安装成功。

library(Achilles)
library(DatabaseConnector)
方法二:从github上下载zip包后离线手动安装
install.packages("devtools")
install.packages("rJava")
library(rJava)
library(devtools)
library(usethis)
devtools::install_local("C://Users//TD//Desktop//Achilles-master.zip")  #镜像选择all-- 1

离线包安装参考资料为:https://blog.csdn.net/tandelin/article/details/88768770
zip包下载路径:https://github.com/OHDSI/Achilles#getting-started

方法三:将其它电脑环境中安装好的library,包含这个包的library进行压缩zip,再将压缩好的zip进行相应的替换(替换时需要关闭R和Rstudio),就可使用。替换前还是要先执行下面的命令。
install.packages("devtools")
install.packages("rJava")
library(rJava)
library(devtools)
library(usethis)
方法四:本地离线下载安装

在这里插入图片描述

微信:realtimedata

R软件的介绍 R是一个开放的统计编程环境,是一种语言,R语言是从S语言演变而来的。S语言是二十世纪70年代诞生于贝尔实验室,由Rick Becker, John Chambers, Allan Wilks开发。基于S语言开发的商业软件Splus,可以方便的编写函数、建立模型,具有良好的扩展性,取得了巨大成功。1995年由新西兰Auckland大学统计系的Robert Gentleman和Ross Ihaka,编写了一种能执行S语言的软件,并将该软件的源代码全部公开,这就是R软件,其命令统称为R语言。R是开源软件,代码全部公开,对所有人免费。R可在多种操作系统下运行,如Windows, Li~和UNIX等。R需要输入命令,可以编写函数和脚本进行批处理运算,语法简单灵活。目前在R网站上约有两千多个程序,涵盖了基础统计学、社会学、经济学、生态学、地理学、医学统计学、生物信息学等诸多方面。 R的获取与安装 R诞生于the University of Auckland的统计系。The Comprehensive R Archive Network简称CRAM,提供下载安装程序和相应软件。 R主页http://www.r-project.org/a下载:CRAM,选择镜像(如:http://cran.cnr.berkeley.edu/ ),选择操作系统(Linux,Windows或MacOS)。 以下简述R FOR WINDOWS的安装和使用: 在R主页下可以找到R的各个版本的安装程序和源代码。点击进入:Windows (95and later),再点击:base,下载SetupR.exe,约18兆,此便是R FOR WINDOWS的安装程序。双击SetupR.exe,按照提示一步步安装即可。 安装完成后,程序会创建R程序组并在桌面上创建R主程序的快捷方式(也可以在安装过程中选择不要创建)。通过快捷方式运行R,便可调出R的主窗口。 类似于许多以编程方式为主要工作方式的软件,R的界面简单而朴素,只有不多的几个菜单和快捷按钮。快捷按钮下面的窗口便是命令输入窗口,它也是部分运算结果的输出窗口,有些运算结果则会输出在新建的窗口中。 主窗口上方的一些文字是刚运行R时出现的一些说明和指引。 文字下的:>符号便是R的命令提示符,在其后可输出命令;>后的矩形是光标。R一般是采用交互方式工作的,在命令提示符后输入命令,回车后便会输出结果。 在R朴素的界面下,是丰富而复杂的运算功能。 附加安装 install. packages(package name, dependencies=TRUE) Windows下可以用菜单Packages--} Install package(s)安装 版本的更新 主程序:Windows下面只能卸载再安装 程序:update.packages() RStudio R语言可以独立运行,但是Rstudio作为R附加的GUI,有效的划分功能区,使输入和输出更为方便。 RStudio是可以在Mac OS X, Linux和Windows上运行在R编程语言中的生产力和灵活的用户界面。是一个自由和开源编程语言和环境,提供了大量的图形和统计方法统计计算和图形。从中可以快速方便地访问各种生产力工具的面向用户的界面。RStudio是一个非常实用的R语言的IDE,是一个免费的软件,特别是其服务器软件,可以将其构建在Linux服务器上,然后通过远程网页登陆访问,使得R语言的使用获得了极大的方便,也可以说是一个小小的云服务。
<think>好的,用户想知道如何从GitHub手动安装R。首先,我需要回忆一下R安装的几种常见方式。通常,用户会用install.packages()从CRAN安装,或者用devtools::install_github()直接从GitHub安装。但这里用户提到的是“手动安装”,所以可能需要直接从源代码安装,而不是通过devtools这样的工具。 接下来,手动安装的步骤应该括下载源代码、解压、然后本地安装。用户需要从GitHub下载的压缩文件,通常是ZIP或tar.gz格式。然后使用R的install.packages()函数,指定repos=NULL,并指向本地文件路径。可能还需要处理依赖问题,手动安装依赖。 还要考虑用户可能遇到的常见问题,比如依赖项缺失、编译工具是否需要(比如Rtools在Windows或Xcode在macOS),以及权限问题。此外,用户可能需要先安装一些开发工具或者系统库,特别是如果含编译代码的话。 引用部分中,引用[2]提到GitHub CLI的使用,但用户的问题是关于手动安装,可能不需要CLI工具,不过可以提到克隆仓库的方法作为另一种选项。引用[3]提到Nix的下载方式,但可能和R安装关系不大,不过可以忽略,除非用户的环境涉及Nix。 需要分步骤说明,确保用户能按照步骤操作。同时,生成相关问题,比如如何解决依赖、如何从其他平台安装等。还要检查是否需要管理员权限,以及如何设置工作目录等细节。 最后,确保所有代码示例正确,比如使用install.packages("路径", repos=NULL, type="source"),并提醒注意文件路径的正确性。可能还需要提到使用devtools的方法作为对比,但用户明确问的是手动安装,所以主要集中在此方法。</think>### 从GitHub手动安装R的步骤指南 #### 1. **下载源代码** - 访问GitHub仓库页面(例如:`https://github.com/用户名/仓库名`) - 点击绿色按钮 **"Code"**,选择 **"Download ZIP"** 获取压缩 - 解压文件到本地目录(如:`~/Downloads/名-master`) #### 2. **通过R命令安装** ```R # 设置工作目录到解压后的文件夹路径 setwd("~/Downloads/名-master") # 手动安装(需要管理员权限) install.packages( pkgs = ".", # 当前目录 repos = NULL, # 禁用CRAN仓库 type = "source", # 从源代码编译 dependencies = TRUE # 自动安装依赖 ) ``` #### 3. **处理依赖问题** - 若提示缺少依赖,需先通过CRAN安装: ```R install.packages("缺失的名") ``` - 若依赖同样来自GitHub,需重复上述手动安装步骤 #### 4. **验证安装** ```R library(名) # 无报错即表示安装成功 ``` ### 关键注意事项 1. **编译工具需求**: - Windows需安装[Rtools](https://cran.r-project.org/bin/windows/Rtools/)[^1] - macOS需安装Xcode命令行工具(通过`xcode-select --install`) - Linux安装开发工具链(如`build-essential`) 2. **权限问题**: - Linux/macOS用户可能需要使用`sudo R`启动会话 - 或通过`.libPaths()`检查写入权限 3. **版本控制建议**: ```R # 查看已安装版本 packageVersion("名") ```
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