R安装 github上的包

All_Will_Be_Fine噻

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分类专栏： R bioinfo 文章标签： r语言

于 2023-05-05 14:47:31 首次发布

本文链接：https://blog.csdn.net/jiangshandaiyou/article/details/130506360

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文章提供了在R环境中遇到401错误安装包的三种方法，包括使用remotes和devtools包，以及离线安装。同时，详细阐述了解决401验证失败的问题，通过创建GitHub个人访问令牌。此外，还指导了如何安装Rtools和检查make、g++编译器，以及当正确安装Rtools后找不到g++的环境路径设置方法。

摘要由CSDN通过智能技术生成

方法一

install.packages("remotes")                          # 首先安装 remote 包
remotes::install_github("GuangchuangYu/nCov2019")    # 尝试安装

方法二

install.packages("devtools")                         # 首先安装 devtools 包
devtools::install_github("GuangchuangYu/nCov2019")    # 再次尝试安装

方法三

# 离线安装
wget  https://github.com/mojaveazure/seurat-disk/archive/refs/heads/master.zip
devtools::install_local("master.zip")

devtools 遇到401错误

这里你可能会遇到如下错误：401错误，验证没通过的问题
在这里插入图片描述
解决办法如下：

install.packages("usethis")
usethis::create_github_token() # 这里如果报错的话会给一个链接，直接黏贴复制去网页打开

进入链接后出现如下页面：
在Note处填写个理由，最下面点击生成令牌token
ghp开头字符就是本次生成的令牌，复制到粘贴板上

usethis::edit_r_environ() # 会打开配置文件，我的编辑器是 vim，直接填写/修改 令牌就行了

在这里插入图片描述

保存好配置文件，就可以愉快的安装包了

你可能找不到Rtools 或者 make 或者 g++

 install.packages('installr') # 第一步安装installr
 library(installr) 
 install.Rtools() #然后安装Rtools

# 然后检查编译器 make 和g++
 system('make -v')
 system('g++ -v')
# 这些会爆出来一长串信息，最后会给一个[0] 表示状态良好

# 如果正确安装了rtools却找不到该如何设置？
# 修改 .Renviron文件，添加如下一句话（这个目录下有 g++）
PATH="${RTOOLS40_HOME}\mingw64\bin;${PATH}"
# 然后重启