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文章平均质量分 82
Lwang2018
这个作者很懒,什么都没留下…
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[MICCAI2022 Challenge: AMOS 2022] Abdominal multi-organ segmentation
MICCAI2022的比赛陆续出炉,挑一个我感兴趣的比赛介绍一下。AMOS2022 比赛官网:https://amos22.grand-challenge.org/AMOS 2022是个腹部多器官,多模态,多中心分割竞赛,跟去年的 FLARE2021 的比赛会有些相似。FLARE2021是单一模态的分割,有兴趣的还可以去关注一下FLARE2022的比赛,这个比赛更关注 “Fast and Low-resource semi-supervised”。言归正传,看一看AMOS2022的简单情况:Task原创 2022-04-26 22:06:27 · 3095 阅读 · 6 评论 -
.nii格式的图像转化numpy格式
主要使用nibabelimport nibabel as nibimport osimport numpy as npimg_path = '/home/lei/train/img/'seg_path = '/home/lei/train/seg/'saveimg_path = '/home/lei/train/npy_img/'saveseg_path = '/home/lei/...原创 2019-01-27 15:23:23 · 8186 阅读 · 6 评论 -
多个dicom文件转化为3D nii文件
这里使用python中的一个库 dicom2nifti首先安装 dicom2nifti, 在终端使用pip安装pip install dicom2nifti然后两行代码即可搞定:import dicom2niftidicom2nifti.dicom_series_to_nifti(original_dicom_directory, output_file, reorient_nif...原创 2019-12-30 21:04:17 · 6001 阅读 · 29 评论 -
提取三维图像mask最大面
处理乳腺三维图像时,想要提取三维图像中肿瘤标记最大的那个slice, 就是opencv里的一个函数就解决了.import cv2cv2.countNonZero(mask)就是计算mask上的非0像素数量,之后找到最大值所在的slice就好了....原创 2019-06-25 20:15:26 · 526 阅读 · 0 评论 -
python读取hdr格式的医学图片
最近参加iSeg2019的比赛,拿到的数据是hdr格式的,每组数据组包含2个文件,一个为数据文件,其扩展名为.img,包含二进制的图像资料;另外一个为头文件,扩展名为.hdr,包含图像的元数据。使用nibabel 读取,然后用simpleitk保存为nii文件import nibabel as nibimport SimpleITK as itkimg_path = ...save_pa...原创 2019-08-15 11:47:48 · 3474 阅读 · 16 评论 -
医学图像分割中常用的loss函数
loss函数的选择是个很大的命题,最近在做3D医学图像分割,我这里只是记录一下我用过的loss函数。Binary Cross Entropy Loss交叉熵损失比较常用,代码实现:from keras import backend as Kdef binary_crossentropy(y_true, y_pred): return K.mean(K.binary_cross...原创 2019-08-11 16:59:16 · 3594 阅读 · 0 评论