多个dicom文件转化为3D nii文件

这里使用python中的一个库 dicom2nifti
首先安装 dicom2nifti, 在终端使用pip安装

pip install dicom2nifti

然后两行代码即可搞定:

import dicom2nifti

dicom2nifti.dicom_series_to_nifti(original_dicom_directory, output_file, reorient_nifti=True)

相关的一些医学图像数据格式处理的博客:

SimpleITK 和 Nibabel 读取 nii 数据
https://blog.csdn.net/thunder_k/article/details/86667239

python读取hdr格式的医学图片
https://blog.csdn.net/thunder_k/article/details/99626852

.nii格式的图像转化numpy格式
https://blog.csdn.net/thunder_k/article/details/86666418

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将多帧DICOM文件换为多个单帧DICOM文件需要使用pydicom库进行操作。下面是将多帧DICOM文件换为多个单帧DICOM文件的示例代码: ```python import pydicom # 加载多帧DICOM文件 ds = pydicom.dcmread('multi_frame_dicom.dcm') # 获取像素数组 pixels = ds.pixel_array # 获取每一帧的像素数据,并创建单帧DICOM文件 for i in range(ds.NumberOfFrames): # 获取当前帧的像素数据 frame = pixels[i] # 创建新的单帧DICOM文件 new_ds = pydicom.Dataset() # 复制必要的元数据 new_ds.PatientName = ds.PatientName new_ds.PatientID = ds.PatientID new_ds.Modality = ds.Modality new_ds.SOPClassUID = ds.SOPClassUID new_ds.SOPInstanceUID = ds.SOPInstanceUID new_ds.BitsAllocated = ds.BitsAllocated new_ds.BitsStored = ds.BitsStored new_ds.HighBit = ds.HighBit new_ds.PixelRepresentation = ds.PixelRepresentation new_ds.Rows = ds.Rows new_ds.Columns = ds.Columns # 设置像素数据 new_ds.PixelData = frame.tobytes() # 保存新的单帧DICOM文件 pydicom.filewriter.dcmwrite(f'single_frame_dicom_{i}.dcm', new_ds) ``` 在代码中,我们首先加载多帧DICOM文件,然后获取像素数组。接下来,我们遍历每一帧的像素数据,并使用这些数据创建一个新的单帧DICOM文件。最后,我们将像素数据设置到新的DICOM文件中,并将其保存到磁盘上。在这个例子中,我们为每一帧创建一个单帧DICOM文件,并将文件命名为“single_frame_dicom_0.dcm”、“single_frame_dicom_1.dcm”等。
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