R语言 | gset的数据结构

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experimentData

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gset[["GSE18864_series_matrix.txt.gz"]]

=

gset[[1]]

experimentData

这里的信息都是描述性的信息 

实验描述性信息，用experimentData函数提取。

edata <- experimentData(gset[[1]])

assayData

是表达数据，我们可以提取出来。

#两种方法提取表达矩阵
exprSet <- exprs(gset[[1]]0  #exprs函数法
exprSet <- gset[[1]]@assayData$exprs  列提取法
#明显函数法更方便

phenoData

是表型数据，也就是临床数据。

phenodata信息很多，但用得上的很少。

#两种方法提取表型数据
pdata <- pData(gset[[1]])  #pData函数法
pdata <- gset[[1]]@phenoData@data  #列提取法
#明显函数法更方便

featureData

里面是注释信息，用于探针注释，id转换。

fd <- gset[[1]]@featureData@data

rotocolData

是实验protocol的信息。

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参考文章：GEO数据库表达数据的提取以及limma包进行差异分析 - 腾讯云开发者社区-腾讯云 (tencent.com)