affy包常用函数

affy

常用函数

1 AffyRNAdeg

功能：计算RNA降解相关的统计数据并用图形展示。

返回值：RNA降解相关的统计数据及图形展示。

项目	描述
sample.names	样品名称
means.by.number	average intensity by probe position
ses	standard errors for probe position averages
slope	from linear regression of means.by.number
pvalue	from linear regression of means.by.number

AffyRNAdeg(abatch,log.it=TRUE)

summaryAffyRNAdeg(rna.deg.obj,signif.digits=3)

plotAffyRNAdeg(rna.deg.obj, transform = "shift.scale", cols = NULL, ...)

参数	注释
abatch	AffyBatch-class文件
log.it	默认为TRUE。若为TRUE则对探针数据进行log2转换。
rna.deg.obj	AffyRNAdeg的返回值
signif.digits	显示的有效数字。

2 expresso

功能：将原始探针强度转化为ExpressionSet。

返回值：ExpressionSet。

expresso(
afbatch,
# background correction
bg.correct = TRUE,
bgcorrect.method = NULL,
bgcorrect.param = list(),
# normalize
normalize = TRUE,
normalize.method = NULL,
normalize.param = list(),
# pm correction
pmcorrect.method = NULL,
pmcorrect.param = list(),
# expression values
summary.method = NULL,
summa