芯片数据分析步骤2 读取数据-affy

本文详细介绍了Affymetrix表达谱芯片数据的读取方法,包括使用affy、oligo和simpleaffy R包的不同函数。针对HGU95/HGU133芯片,可使用affy包的justRMA和read.affybatch,而oligo包的read.celfiles适用于Whole Transcriptome、NimbleGen及SNP芯片。对于简单应用,simpleaffy包的read.affy需要配合covdec文件。每个函数的使用都涉及到CEL文件的选择和处理,以及读取路径的设定。
摘要由CSDN通过智能技术生成

读取affy表达谱芯片数据的方法

Affymetrix表达谱芯片数据读取的方法分3种:

1、使用affy包读取。(HGU95/HGU133芯片)

2、使用oligo包读取。(Whole Transcriptome 芯片/ NimbleGen 芯片/ SNP芯片等)

3、使用simpleaffy包读取。(HGU95/HGU133芯片)

说明

1 使用 affy 包读取

1 justRMA

just.rmajustRMA两种函数可供使用。justRMA整合了读取数据和rma算法处理两个步骤,可以直接读取数据生成ExpressionSet,不产生AffyBatch。代码如下:

just.rma(filenames)

justRMA(filenames, widget = F)

just.rma必须给出要读取的CEL文件的文件名(可以为list),justRMA在不输入任何参数的时候表示读取工作目录下所有的CEL文件。若输入justRMA(widget=T),则表示手动选择要读取的CEL文件。推荐输入包含路径的文件名(list.celfiles(full.name = T)的返回值)。

2 read.affybatch

read.affyb

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