本文详细介绍了Affymetrix表达谱芯片数据的读取方法，包括使用affy、oligo和simpleaffy R包的不同函数。针对HGU95/HGU133芯片，可使用affy包的justRMA和read.affybatch，而oligo包的read.celfiles适用于Whole Transcriptome、NimbleGen及SNP芯片。对于简单应用，simpleaffy包的read.affy需要配合covdec文件。每个函数的使用都涉及到CEL文件的选择和处理，以及读取路径的设定。
读取affy表达谱芯片数据的方法
Affymetrix表达谱芯片数据读取的方法分3种：
1、使用affy包读取。（HGU95/HGU133芯片）
2、使用oligo包读取。（Whole Transcriptome 芯片/ NimbleGen 芯片/ SNP芯片等）
3、使用simpleaffy包读取。（HGU95/HGU133芯片）
说明
1 使用 affy 包读取
1 justRMA
有just.rma和justRMA两种函数可供使用。justRMA整合了读取数据和rma算法处理两个步骤，可以直接读取数据生成ExpressionSet，不产生AffyBatch。代码如下：
just.rma(filenames)
justRMA(filenames, widget = F)
just.rma必须给出要读取的CEL文件的文件名（可以为list），justRMA在不输入任何参数的时候表示读取工作目录下所有的CEL文件。若输入justRMA(widget=T)，则表示手动选择要读取的CEL文件。推荐输入包含路径的文件名（list.celfiles(full.name = T)的返回值）。
2 read.affybatch
有read.affyb
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