gcrma
常用函数
1 compute.affinities
功能:计算探针亲和数据。
返回值:返回一个包含有PM和MM探针亲和数据的AffyBatch。
compute.affinities(cdfname,verbose=TRUE)
compute.affinities2(cdfname,verbose=TRUE)
参数 | 注释 |
---|---|
cdfname | 对应的AffyBatch的cdf名称。 |
注意:当没有MM探针的时候使用compute.affinities2
。
使用示范:
affinity.info.hgu95av2 <- compute.affinities(cdfName(Dilution))
save(affinity.info.hgu95av2,file = "affinity.hgu95av2.RData")
library(gcrma)
data(Dilution)
load("affinity.hgu95av2.RData")
Dil.expr7 <- gcrma(Dilution,affinity.info=affinity.info.hgu95av2)
2 gcrma
功能:使用gcrma算法将AffyBatch转换为ExpressionSet。
返回值:ExpressionSet。
gcrma(object,affinity.info=NULL,
affinity.sou