gcrma包常用函数

gcrma

常用函数

1 compute.affinities

功能:计算探针亲和数据。

返回值：返回一个包含有PM和MM探针亲和数据的AffyBatch。

compute.affinities(cdfname,verbose=TRUE)
compute.affinities2(cdfname,verbose=TRUE)

参数	注释
cdfname	对应的AffyBatch的cdf名称。

注意：当没有MM探针的时候使用compute.affinities2。
使用示范：

affinity.info.hgu95av2 <- compute.affinities(cdfName(Dilution))
save(affinity.info.hgu95av2,file = "affinity.hgu95av2.RData")
library(gcrma)
data(Dilution)
load("affinity.hgu95av2.RData")
Dil.expr7 <- gcrma(Dilution,affinity.info=affinity.info.hgu95av2)

2 gcrma

功能：使用gcrma算法将AffyBatch转换为ExpressionSet。

返回值：ExpressionSet。

gcrma(object,affinity.info=NULL,
affinity.sou