simplyaffy包常用函数

simplyaffy

常用函数

1 call.exprs

功能：使用MAS5,GCRMA或RMA算法生成表达矩阵。

返回值：ExpressionSet。

call.exprs(x, algorithm = "rma", do.log = TRUE, sc = 100, method = NA)

参数	注释
x	AffyBatch对象。
algorithm	可选”rma”,”rma-R”,”gcrma”，”mas5”或”mas5-R”。默认为”rma”。
do.log	是否返回logged数据。默认为TRUE。

注意：call.exprs(x, algorithm = “rma”)等价于rma(x);call.exprs(x, algorithm = “gcrma”)等价于gcrma(x);call.exprs(x, algorithm = “mas5”, do.log = F)等价于mas5(x)。mas5算法的返回值未进行log变换。

2 detection.p.val

功能：计算MAS5探测p值和PMA calls。

返回值:一个包含pval和call的list。

|-|
|pval|包含探测p值的矩阵。|
|call|包含PMA calls的矩阵。|

dete