使用ccle下载细胞系IC50数据

ccle数据下载

  1. 进入ccle网站

  2. 点击data,然后选择自己需要的数据类型然后选择下载,这里我选择了counts数据

    下载得到的数据:

    image-20200421133856945

    下载的数据的第一行(版本信息)和第二行(基因数和样本数)记得去掉后才能读入到R中

  3. 往下拉下载药物信息,用来对应细胞系的药物响应信息

    image-20200419175907143

下载的数据:

image-20200507155746379

ccle网站默认IC50值是8以下的为不耐药,为8的认为是耐药。

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