生信数据库或网站

最新推荐文章于 2023-11-28 01:40:25 发布
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分类专栏： 生信相关资源
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数据库or网站名称数据库作用网址
GDSC药物数据库https://www.cancerrxgene.org/
cancer today世界卫生组织下的癌症病例统计网站https://gco.iarc.fr/
Biostars生信相关问题论坛https://www.biostars.org/
Rosalind类似leecode，生信方向http://rosalind.info/problems/locations/
一条兔子
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生信技能33 - gnomAD数据库hg19/hg38 VCF文件批量下载脚本
LittleComputerRobot的博客
01-06 618
gnomAD v2.1.1数据集包含来自125，748个外显子组和15，708个全基因组的数据，所有这些数据都映射到GRCh 37/hg 19和GRCh 38/hg 38 两个版本的参考序列。
生信蛋白分析数据库与ID转换
aiia18的博客
09-01 2656
蛋白质常用数据库提供了蛋白分析的许多极为重要的参数，也有助于药物的开发。
BGI-College生信入门系列——3、数据库
bgicollege的博客
01-29 1515
一、为什么需要生物数据库 上期在介绍GenBank格式时举了新冠病毒基因组的例子，仅一个S基因就长达3822 nt（nucleotide，这里指核苷酸数），基因组全长接近3万个碱基。 LOCUS NC_045512 29903 bp ss-RNA linear VRL 18-JUL-2020 ... gene 21563..25384 /gene="S"
生信数据库
weixin_43872379的博客
10-19 4200
TIGR 是NCBI 基因组资源的有力补充，因为它不仅拥有已完成测序的基因组，还有那些测序中的基因组信息。2002 年，Swiss-Prot 和 TrEMBL 的数据库管理组与 PIR 的数据库管理组成立联合蛋白质 数据库协作组，管理联合蛋白质序列数据库，也就是 UniProt 数据库。数据库，也叫参考序列数据库，是通过自动及人工精选出的非冗余数据库，包括基因组序列、转录序列和蛋白质序列。微生物宏基因组数据库是非常有用的一级核酸数据库资源。数据库，也就是表达序列标签数据库，存储的是不同物种的表达序列标签。
生信的各种数据库
白雪
04-30 2899
欢迎关注"生信修炼手册" annnovar filter-based annotaton用于分析哪些变异位点是数据库中的已知位点，在判断时，除了染色体位置之外，allel也必须相同。region-based annotation 在分析时只考虑基因组位置，只要是存在overlap关系就会输出结果，而filter-based annotation会更加严格，首先要求基因组上的起始和终止位置必须完全一致，其次变异位点的allel也必须完全相同才行。 简而言之，...
【生信MOOC】生信数据库1
weixin_40695088的博客
03-01 4756
1、认识生物数据库装载的内容 2、生物数据库的分类 3、文献数据库——PubMed 4、一级核酸数据库——NCBI的Genbank数据库 4.1——大肠杆菌dUTPas（脱氧尿苷焦磷酸酶）X01714的DNA序列 4.2——编码人dUTPase的成熟mRNA序列U90223 4.3——编码人dUTPase的dut基因序列。序列AF018430 5、一级核酸数据库——基因组数据库Ensemble 6、一级核酸数据库——微生物宏基因组数据库JCVI 7、二级核酸数据库
【生信MOOC】生信数据库2
weixin_40695088的博客
03-03 3647
1、一级蛋白质序列数据库：UniProt 数据库 2、一级蛋白质结构数据库：PDB数据库 3、二级蛋白质结构数据库：结构域家族数据库Pfam 4、二级蛋白质结构数据库：结构分类数据库CATH 5、二级蛋白质结构数据库：结构分类数据库SCOP2 6、专项数据库：京都基因与基因组百科全书KEGG
生信数据库标准规范.pdf
01-18
生信数据库标准规范.pdf
生信分析、数据库网站集合
qq_46014571的博客
02-05 647
生信笔记本
生信数据库ID大总结-想踏入生信大门的你值得拥有
热门推荐
Yujia's Blog
10-16 2万+
xiangyujia 花了差不多一周写了这个总结，推送在： https://mp.weixin.qq.com/s/LlR2mMqUXxvRSbJBGkuXJA 希望对一些小伙伴有帮助 目录 各大生信资源的使用流行程度 生信数据库的霸主-NCBI以及Entrez检索系统 Gene查找好帮手-Entrez Gene数据库 人类基因命名委员会-HGNC Ensembl计划 NCBI非冗余序列数据库...
生物信息常用网站(数据库)
志成的博客
11-02 4543
生物信息常用网站 核酸数据库 NCBI（国家生物技术信息中心：National Center for Biotechnology Information）：NCBI设置有与生物技术和生物医学相关的一系列数据库，是生物信息学工具和服务的重要资源。 主要数据库包括DNA序列GenBank，和生物医学文献书目数据库PubMed。 其他数据库包括NCBI表观基因组数据库。这个网站无论是下数据还是查文献都很方便。 数据库：GenBank 官网：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ EMBL（欧
miRNA测序数据生信分析——第二讲，数据库下载整理
weixin_44616693的博客
10-10 1972
一个非编码RNA的整合数据库，可用来识别鉴定各种类型的ncRNA。提供的是ncRNA在基因组上的基因序列，而非转录成熟ncRNA的序列。最新版：2022-11-02Rfam数据库中ncRNA类型分三大类：Cis-reg和Gene和Intron。这三大类又有子类。一个提供包括miRNA序列数据、注释、预测基因靶标等信息的全方位数据库，是存储miRNA信息最主要的公共数据库之一。最新版：2018-12-01。
全网最全！2021最新常用肿瘤生信数据库收藏级汇总！
leroylee7的博客
01-27 1066
今天小编为大家分享的是全网最全的肿瘤生信分析的数据库合集！ 小编为大家爆肝整理了近百个数据库！共分10大类。今天小编先为大家分享前5类。 在整理的过程中，小编发现一些虽然是以前经常被大家推荐使用的数据库，但却已不再维护了，早已不能正常使用了，这种数据库小编也已经贴心的帮大家过滤掉了。那就快来看看有没有你需要的吧！ 数据库分类 综合性肿瘤数据库 肿瘤转录组数据库 基因组数据库 遗传变异数据库 DNA甲基化数据库 ...
生信分析平台搭建（二十）：常见问题
xxxie_的博客
07-04 784
手把手教你生物信息分析平台搭建系列专栏到这里就全部结束了，可能一次很难照着文章完成所有的操作，这很正常，需要多操作几次。由于每个人的情况都不同，可能会出现各种各样的问题，不过不要害怕，每解决一个问题，技能就提升一步。 二十五：基本配置 1、virtualbox无法安装成功 这个一般计算机设备不会有太大问题，首先要确保系统版本为64位，其次，CPU开启虚拟化，这样基本上就可以了。 2、共享文件夹设置...
2021最新常用肿瘤生信数据库收藏级汇总！
leroylee7的博客
02-02 2045
今天小编为大家分享的是全网最全的肿瘤生信分析的数据库合集！ 小编为大家爆肝整理了近百个数据库！共分10大类。今天小编先为大家分享前5类。 在整理的过程中，小编发现一些虽然是以前经常被大家推荐使用的数据库，但却已不再维护了，早已不能正常使用了，这种数据库小编也已经贴心的帮大家过滤掉了。那就快来看看有没有你需要的吧！ 数据库分类 综合性肿瘤数据库 肿瘤转录组数据库 基因组数据库 遗传变异数据库 DNA甲基化数据库 蛋白组数据库 肿..
从EBI中ENA数据库下载原始数据accession的详细信息以及序列
hac_kill_you的博客
02-12 7724
文章目录1. ENA 数据库的检索功能1. 简单搜索2. 复杂搜索2. ENA 数据库中的accession的详细信息下载3. ENA 数据库中的accession的序列下载 学生物的大概都会用到EBI数据库，而其中的ENA数据库更是包含着丰度的序列信息，那么怎么获取他们呢？ 1. ENA 数据库的检索功能 ENA数据库网址：https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/home 在下载信息之前首先是检索信息： 1. 简单搜索 如下图，直接搜多sediment的信息，就会有很多相关的序
使用Aspera下载NCBI和ENA数据库中的数据
weixin_44616693的博客
11-24 5141
NCBI储存的数据有nt/nr/swissprot/blast等，EBI储存的数据有pfam等 #安装asprera（https://www.ibm.com/products/aspera/downloads） #下载并上传（安装包ibm-aspera-connect-3.11.1.58-linux-g2.12-64.tar.gz） tar -zxvf ./ibm-aspera-connect-3.11.1.58-linux-g2.12-64.tar.gz ./ibm-aspera-connect-3.11
【生物信息学学习】第一天：生物数据库使用
weixin_45685859的博客
09-08 3310
PubMed是拥有超过两百四十万的生物医学文献。它们来源于MEDLINE（生物医学文献数据库）、生命科学领域数据杂志以及在线的专业书籍。PubMed链接:在PubMed中进行搜索：关于PubMed搜索的相关内容，通过WoS的知识进行理解。（后续会更新WoS搜索相关文章）
测序数据下载工具——aspera或prefetch从SRA或ENA数据库下载NGS测序原始数据的方法
最新发布
m0_69574256的博客
11-28 3874
我想我应该在这里添加一个评论，因为我相信这是一个更普遍的问题，仍然可能以其他方式发生，而不是上面解决的。这将转换SRR6232298.sra文件为两个FASTQ格式文件，即SRR6232298_1.fastq和SRR6232298_2.fastq。的模式，可以使用通配符来批量下载。这将压缩两个FASTQ文件为SRR6232298_1.fastq.gz和SRR6232298_2.fastq.gz。这将将SRR6232298.sra文件转换为三个FASTQ文件，并将它们保存到~/Seq目录中。
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