Linux读取下机数据.fq.gz文件

最新推荐文章于 2023-03-14 06:28:07 发布
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分类专栏： Linux 文章标签： linux 生物信息学
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#读取压缩文件
$ zcat R1.fq.gz
会唰唰唰全部读取，按Ctrl + C终止

#只查看部分
$ less R1.fq.gz
按↓键可往下翻页，按q退出

twocanis
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python使用nibabel和sitk读取保存nii.gz文件实例
12-17
在Python中，处理医学图像数据时，经常遇到的文件格式是`.nii.gz`，这是一种用于存储MRI或CT等3D图像数据的压缩格式。在本文中，我们将深入探讨如何使用`nibabel`和`SimpleITK`(简称`sitk`)这两个库来读取和保存这种...
生信（八）zlib库操作fq-gz文件
生信了
11-20 5345
关键词：fq; gz; zlib 近期感谢yongzhe同学的需求，让我有机会能够用c来实操fq.gz的处理。 具体需求很简单： 输入一个index，将fq1和fq2（两个都是gz文件）中能够匹配该index的reads输出。输出文件也要是gz格式。 假设输入的index是ACCGAATG，那么下图中红色框中的字符串需要与输入index匹配才会将那条reads输出。 其实对fq.gz文件的处理，...
如何Linux服务器上打开fq.gz文件：
weixin_53682198的博客
03-14 1893
将fq.gz文件解压缩到当前目录中：tar -zxvf fq.gz。
Linux tar命令以及如何对目录进行压缩
cunjiu9486的博客
10-13 6285
Old days of Unix to make backups into tape archives tar utility was used. The days past and Linux become popular in UNIX world. But the popularity of tar is never ended. tar is used compress and extra...
如何应用R语言读取gz, bgz文件
weixin_66130850的博客
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应用R语言读取gz, bgz
fasta与fastaq的区别以及格式转换
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最新版linux logstash-7.17.0-linux-x86_64.tar.gz
02-07
这个最新版的 logstash-7.17.0-linux-x86_64.tar.gz 压缩包是为64位 Linux 系统设计的，包含了所有必要的文件和库，方便用户在Linux环境下部署和运行。 1. **Logstash 架构**：Logstash 分为输入（Inputs）、过滤...
读取nii或nii.gz文件中的信息即输出图像操作
01-19
读取nii或者nii.gz文件中的信息，并且输出图像。 import matplotlib from matplotlib import pylab as plt import nibabel as nib from nibabel.viewers import OrthoSlicer3D file = '' #你的nii或者nii.gz文件...
最新版linux logstash-7.15.0-linux-x86_64.tar.gz
09-23
例如，你可以配置Logstash从syslog服务器接收日志，从网络端口读取TCP或UDP数据，或者从文件系统监控日志文件的变化。 2. 过滤插件（Filters Plugins）：在数据进入Logstash后，过滤器用于清洗、解析、转换和增强...
FASTQ格式命令行工具Fqutils.zip
07-18
Fqutils提供了一套基本的生物信息学序列数据FASTQ格式与命令行工具。格雷格·汉农的优良Fastx工具包套件的补充。的是，它正确地处理FASTQ格式发布的标准，该标准明确允许多行序列和质量得分记录信息每所描述的特征之一，Fqutils。 fqutils旨在作为早期部分postsequencing管道和质量评估进程的一部分，是有用的。 Fqutils provides a basic set of bioinformatics commandline tools for working with sequence data in FASTQ format. It complements Greg Hannon's fine Fastx Toolkit suite. One characteristic of Fqutils is that it correctly handles the full FASTQ format as described by the published standard, which specifically allows multiline sequence and quality score information per record. Fqutils is intended to be useful as part of the early portions of postsequencing pipelines and quality assessment processes. 标签：Fqutils
最新版linux logstash-7.9.3.tar.gz
10-26
Linux Logstash是一款强大的数据收集、处理和转发工具，广泛应用于日志管理和实时数据分析场景。它作为Elastic Stack（以前称为ELK Stack）的一部分，与Elasticsearch和Kibana一起，构建了一个完整的日志分析解决...
可以直接cat 多个fq.gz压缩文件
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linux 虚拟内存 mmap,linux – 使用mmap和大页面随机读取大文件
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命令行以下spafind . -type f -size +1000000k命令行Linux系统下查找大文件或目录的技巧orm当硬盘空间不够时，咱们就很关心哪些目录或文件比较大，看看可否干掉一些了，怎么才能知道呢？it#已易读的格式显示指定目录或文件的大小，-s选项指定对于目录不详细显示每一个子目录或文件的大小ftpdu -sh [dirname|filename]file如：技巧当前目录的大小...
linux fastQC 操作命令,[Bio-Info]fq文件解析统计工具：FastQC在linux下初应用
weixin_42104947的博客
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通过ps、grep和kill批量杀死进程
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01-03 4792
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linux 取随机数方法的五种方法
weixin_33894992的博客
04-24 402
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linux gunzip 抽取部分文件,Linux中的Gunzip命令使用方法:用gunzip解压缩文件及列出压缩文件内容...
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05-02 296
本文介绍在Linux操作系统中的Gunzip命令使用方法：用gunzip解压缩文件及列出压缩文件内容。Gunzip是一个用于解压缩Gzip文件的命令行工具，Gzip是最流行的压缩算法之一，它可以减小文件的大小并保留原始文件模式、所有权和时间戳。按照惯例，使用Gzip压缩的文件将被赋予.gz或.z扩展名。在本文中，我们将解释如何使用gunzip命令。用gunzip解压缩文件gunzip命令的一般语法...
trinity可以读取.fq.gz文件吗
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06-13
是的，Trinity 可以读取 .fq.gz 格式的文件。在运行 Trinity 的时候，只需要将 .fq.gz 文件的路径和名称作为参数传递给 Trinity 即可。例如，在运行 Trinity 进行 RNA-seq 数据拼接时，可以使用以下命令： ``` Trinity --seqType fq --single /path/to/file.fq.gz --max_memory 10G ``` 其中，--seqType 参数指定了输入序列的类型为 fq（即 fastq），--single 参数指定了输入文件的路径和名称，--max_memory 参数指定了 Trinity 软件使用的最大内存大小为 10G。在这个命令中，/path/to/file.fq.gz 是待处理的 .fq.gz 文件的路径和名称。在运行 Trinity 时，Trinity 会自动解压缩 .fq.gz 文件并将其读取到内存中进行处理。
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