多部位样本联合代谢组学共有与特有代谢产物组合热图

写在前面

拿到了瘤胃液、血液、牛奶的代谢组学结果，想找出这几种体液之间差异代谢物的关联，偶然在师妹那里看到了下面这个图，描述的是两组间差异脂质类代谢物在三种体液内的分布与代谢组鉴定强度，用这样一种组合热图的方式展现，包含了每种体液包含差异代谢物的种类、差异代谢物在组间的鉴定强度、差异代谢物的分类，以及能看出共有、特有以及流向分布等信息，不只是代谢组学，同理可运用到其他多组织部位的联合组学。下面用我自己的数据描述复刻过程。

数据描述

我现在是两个组，RE组和CON组，送了瘤胃液、血清和牛奶三种体液的代谢组学，在这三种体液中之前已经分析出两两之间的共有差异代谢物，总共是（13+6+2+1=22种，详见 代谢组学结果在线分析：不同组差异代谢物高级韦恩图Venn的绘制——UpSet图）。现在需要对这22种差异代谢物进行如前描述的绘图。

数据准备

找出目标代谢物

• 这个我前面已经描述过了不赘述，直接用excel找重复值或者if函数都可以，找到要用来作图的目标代谢物

图：公司返还数据表格

对代谢物进行分类

• 这里直接把公司原始表格中名称、分类这两列跳出来，摘出目标代谢物用分类列排个序就可以了

在不同体液中的鉴定强度数据

• 这里重点安利一下XLOOKUP这个函数，在excel中好像要新一点的版本才能用，我自己是在wps中用的，巨好用！！！简单来说就是VLOOKUP函数的迭代进化版（强烈推荐十分好用），可以直接筛选查找整个表格（保持前面分类后的顺序，方便后面画图）。具体的用法自行查找。#如果报错溢出，第一个参数别全选一列，选一个单元格

图：用VLOOKUP筛选找到的数据

数据标准化

用上面的方法找到三种体液中的目标代谢物表格后，因为这些代谢物在不同体液中鉴定强度肯定是不一样的，比如A物质在血清里是0.1，在牛奶里可能是10000，这样没法比较做出来的热图肯定不能看，所以要先对这几组数据进行标准化。这里推荐 联川生物云平台 里的数据处理功能。

• NA值归零：因为前一步用XLOOKUP函数会筛选出很多#N/A值，先在网站上进行归零批量处理（也可以选择直接查找替换）

• 标准化处理：比较的前提，同样注意下面的红框部分

• 保存上面标准化后得到的数据表格，把里头无法计算的符号换成0值

热图绘制

这里推荐 ChiPlot-在线绘图网站，可以保存图片绘制完成后的属性文件.json，方便下一次修改

• 导入数据后效果如下

• 修改参数：修改色柱（换个喜欢的颜色）、调整色柱区间（我这里改成-3到3）、去掉横坐标（方便拼图，后面几组数据纵坐标也可以去掉）、x轴和y轴移除轴线和刻度线，还有一些其他细节可以自行摸索，然后保存文件

• 三个热图都绘制完成后的基本雏形

AI拼图

• 上面画出的三个热图导入AI，根据前面的分类表加上代谢物分类，已经分组和部位来源信息，加工后如下

• 也可以再拼个FC的图，任君发挥