单端测序(Single-read)与双端测序(Paired-End)
一图看区别:
总的来讲就是单端测序只从一侧读,而双端测序是两头同时读然后拼接
- 单端测序(Single-read)
Single-Read测序(Single-read)首先将DNA样本进行片段化处理形成200-500bp的片段,引物序列连接到DNA片段的一端,然后末端加上接头,将片段固定在flow cell上生成DNA簇,上机测序单端读取序列。该方式建库简单,操作步骤少,常用于小基因组、转录组、宏基因组测序。
测序的质量会随着测序的进行而下降,所以 reads 约往后面越不准确,单端测序下游质量会很差,所以就引入了双端测序可以大大提高测序的准确率。
- 双端测序(Paired-End)
通过构建Paired-end文库制备,指在构建待测DNA文库时在两端的接头上都加上测序引物结合位点,在第一轮测序完成后,去除第一轮测序的模板链,用对读测序模块(Paired-End Module)引导互补链在原位置再生和扩增,以达到第二轮测序所用的模板量,进行第二轮互补链的合成测序。
文库结构示例:
1. 为了两个方向上分别进行测序,就需要有两个不同方向的测序引物(下图 Rd1 SP 和 Rd2 SP);
2. 为了区分两个方向的 reads,其中一个测序引物前面要添加一小段 index 序列进行标记。
双端测序流程示例:
双端测序利用fastp一行命令出质控报告详见Linux下fastp的使用