生信学习笔记：单端测序(Single-read)与双端测序(Paired-End)

单端测序(Single-read)与双端测序(Paired-End)

一图看区别：

总的来讲就是单端测序只从一侧读，而双端测序是两头同时读然后拼接

• 单端测序(Single-read)

Single-Read测序(Single-read)首先将DNA样本进行片段化处理形成200-500bp的片段，引物序列连接到DNA片段的一端，然后末端加上接头，将片段固定在flow cell上生成DNA簇，上机测序单端读取序列。该方式建库简单，操作步骤少，常用于小基因组、转录组、宏基因组测序。

测序的质量会随着测序的进行而下降，所以 reads 约往后面越不准确，单端测序下游质量会很差，所以就引入了双端测序可以大大提高测序的准确率。

• 双端测序(Paired-End)

通过构建Paired-end文库制备，指在构建待测DNA文库时在两端的接头上都加上测序引物结合位点，在第一轮测序完成后，去除第一轮测序的模板链，用对读测序模块(Paired-End Module)引导互补链在原位置再生和扩增，以达到第二轮测序所用的模板量，进行第二轮互补链的合成测序。

文库结构示例：

1. 为了两个方向上分别进行测序，就需要有两个不同方向的测序引物（下图 Rd1 SP 和 Rd2 SP）；

2. 为了区分两个方向的 reads，其中一个测序引物前面要添加一小段 index 序列进行标记。

双端测序流程示例：

双端测序利用fastp一行命令出质控报告详见Linux下fastp的使用