稀土掘金-DNA序列编辑距离

DNA序列编辑距离

问题描述

小R正在研究DNA序列，他需要一个函数来计算将一个受损DNA序列（dna1）转换成一个未受损序列（dna2）所需的最少编辑步骤。编辑步骤包括：增加一个碱基、删除一个碱基或替换一个碱基。

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测试样例

样例1：

输入：dna1 = "AGT",dna2 = "AGCT"
输出：1

样例2：

输入：dna1 = "AACCGGTT",dna2 = "AACCTTGG"
输出：4

样例3：

输入：dna1 = "ACGT",dna2 = "TGC"
输出：3

样例4：

输入：dna1 = "A",dna2 = "T"
输出：1

样例5：

输入：dna1 = "GGGG",dna2 = "TTTT"
输出：4

public class Main {
    public static int solution(String dna1, String dna2) {
        int m = dna1.length();
        int n = dna2.length();
        
        // 初始化dp数组，大小为 (m+1) x (n+1)
        int[][] dp = new int[m + 1][n + 1];
        
        // 初始化边界条件
        for (int i = 0; i <= m; i++) {
            dp[i][0] = i; // 从dna1的前i个字符到空串的编辑距离
        }
        for (int j = 0; j <= n; j++) {
            dp[0][j] = j; // 从空串到dna2的前j个字符的编辑距离
        }
        
        // 填充dp数组
        for (int i = 1; i <= m; i++) {
            for (int j = 1; j <= n; j++) {
                if (dna1.charAt(i - 1) == dna2.charAt(j - 1)) {
                    dp[i][j] = dp[i - 1][j - 1]; // 如果当前字符相等，不需要额外操作
                } else {
                    // 否则，我们选择插入、删除或替换操作的最小值加1
                    dp[i][j] = Math.min(Math.min(dp[i - 1][j], dp[i][j - 1]), dp[i - 1][j - 1]) + 1;
                }
            }
        }
        
        // 返回最终结果，即从dna1到dna2的最小编辑距离
        return dp[m][n];
    }

    public static void main(String[] args) {
        // 测试样例1
        System.out.println(solution("AGCTTAGC", "AGCTAGCT") == 2);
        // 测试样例2
        System.out.println(solution("AGCCGAGC", "GCTAGCT") == 4);
        // 其他测试样例
        System.out.println(solution("AGT", "AGCT") == 1);
        System.out.println(solution("AACCGGTT", "AACCTTGG") == 4);
        System.out.println(solution("ACGT", "TGC") == 3);
        System.out.println(solution("A", "T") == 1);
        System.out.println(solution("GGGG", "TTTT") == 4);
    }
}