seq 10 | sed -e 's/.*/export var&=ZZZZZZZZZZZZZZ/'

最新推荐文章于 2022-11-04 16:59:03 发布
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分类专栏： 2015年5月 linux shell 文章标签： linux shell

下面是（https://ideone.com/oyxG88）上的一个例子：


另外引用（http://bbs.chinaunix.net/thread-1275618-1-1.html）中的一个问题：

问题描述：


解答为：


注：

（1）、上面子所以说最后执行是因为命令还包含在eval ” “这个形式中，所以最后是要执行上面列出的语句，而第一个例子只会在标准输出上输出上面的内容，而不会执行。

（2）、第二个例子的详细内容参见abs-guide.pdf的36页。

参考：

http://www.cnblogs.com/edwardlost/archive/2010/09/17/1829145.html

http://man.linuxde.net/sed

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转自http://ju.outofmemory.cn/entry/66928 $ seq 1000 #起始默认是 1，间隔默认也是1 $ seq 2 1000 #间隔默认是1 $ seq 1 3 10 #从1到10，间隔为3，结果是：1 4 7 10 #!/bin/bash for i in `seq 1 10` do echo eth$i does not have
检查并解释代码：#!/bin/bash #bwa ID=$(cat ID_list.txt) sample=$(cat sample_list.txt) for /date/lizichen/software/bwa-0.7.17/bwa mem -t 4 -R "@RG\tID:${ID}\tPL:ILLUMINA\tSM:${sample}" /date/lizichen/RAD-Seq/bwaout.file/GDDH13_1-1_formatted.fasta /date/lizichen/RAD-Seq/${sample}-I.1.fq.gz /date/lizichen/RAD-Seq/${sample}-I.2.fq.gz > /date/lizichen/RAD-Seq/bwaout.file/sam/${sample}.sam in $ID $sample do echo $ /date/lizichen/software/bwa-0.7.17/bwa mem -t 4 -R "@RG\tID:${ID}\tPL:ILLUMINA\tSM:${sample}" /date/lizichen/RAD-Seq/bwaout.file/GDDH13_1-1_formatted.fasta /date/lizichen/RAD-Seq/${sample}-I.1.fq.gz /date/lizichen/RAD-Seq/${sample}-I.2.fq.gz > /date/lizichen/RAD-Seq/bwaout.file/sam/${sample}.sam done
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这是一个 Bash 脚本，用于运行 BWA 软件进行测序数据比对。下面是代码的解释和修正： ``` #!/bin/bash # 读取 ID 和样品名列表 ID=$(cat ID_list.txt) sample=$(cat sample_list.txt) # 循环运行 BWA 进行比对 for ID_sample in "${ID[@]} ${sample[@]}"; do # 运行 BWA，将比对结果存储为 SAM 文件 /date/lizichen/software/bwa-0.7.17/bwa mem -t 4 -R "@RG\tID:${ID_sample}\tPL:ILLUMINA\tSM:${sample}" /date/lizichen/RAD-Seq/bwaout.file/GDDH13_1-1_formatted.fasta /date/lizichen/RAD-Seq/${sample}-I.1.fq.gz /date/lizichen/RAD-Seq/${sample}-I.2.fq.gz > /date/lizichen/RAD-Seq/bwaout.file/sam/${sample}.sam # 输出 BWA 命令 echo "/date/lizichen/software/bwa-0.7.17/bwa mem -t 4 -R \"@RG\tID:${ID_sample}\tPL:ILLUMINA\tSM:${sample}\" /date/lizichen/RAD-Seq/bwaout.file/GDDH13_1-1_formatted.fasta /date/lizichen/RAD-Seq/${sample}-I.1.fq.gz /date/lizichen/RAD-Seq/${sample}-I.2.fq.gz > /date/lizichen/RAD-Seq/bwaout.file/sam/${sample}.sam" done ``` 修正后的代码中，`ID` 和 `sample` 分别改为数组类型，循环变量 `ID_sample` 用于遍历两个数组。在循环中，运行 BWA 进行比对，将比对结果存储为 SAM 文件。同时，输出 BWA 命令，方便调试和排错。
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