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RSS订阅原创 使用Cytoscape-BiNGO 对非模式生物做go富集
与模式生物不同的是，分析非模式生物时需要自己创建annotation 信息， 可以用blast2GO 或者 InterProSan得到。最终输入到BiNGO的表格格式如下：(species=Custom_species)(type=Biological Process)(curator=GO)gene1=0001000gene2=0000222gene3=1234567gene4=7654321tips: 第一行不能省，不然会报错。 没有GO:, 直接是7位go i...
2021-09-21 18:23:17
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原创 R package issues and solutions
recently, I meat a lot of errors when I install R packages on Rstudio (iMic). Here note down related information for further using:Install R package GenomicFeatures: error: there is no r package called "XML" solution: install.packages...
2020-08-11 16:52:41
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原创 yanailab- CEL-Seq2 pipeline
Installcelseq2git clonehttps://github.com/yanailab/celseq2.gitcd celseq2pip install ./在安装过程中总是会有报错，应该是依赖的软件版本问题。。。Step-1: Specify Global Configuration of Workflow第一步就是构建一个config file，内容包括参考基因组的索引路径，GFF3路径， barcodes 表的路径，bowtie2的路径，，，，ne..
2020-06-23 12:45:53
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原创 MIniconda
##MIniconda#install我使用的的 tinaroo 服务器。先下载Miniconda3从官网。```bashwget https://...bash Miniconda3-lastest-Linux-x86_64.sh```然后一直按enter 并且输入yes.安装成的标志是显示：```bashThank you for insyalling Mi...
2020-05-06 11:48:49
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原创 20/4/2020__ 简洁
翻看了一下之前的博客，记录杂乱繁琐，，，我需要更简洁重点地记录知识了，这样自己也会比较有条理。。。记录不是粘贴复制，我一直都省略了最重要的一步： 自己揉碎再整理的过程。。。加油吧~ 要做就做好~...
2020-04-20 08:38:02
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转载 SFTP_ related information
FTP (File Transfer Protocol) 就是文件传输协议。用于互联网双向传输，控制文件下载空间在服务器复制文件从本地计算机或本地上传文件复制到服务器上的空间.如何通过FTP链接到空间需要FTP工具的帮助。目前常用的FTP工具有FileZilla、FLASHFTP、LEAPFTP、CuteFTP、8UFTP等。sftp (Secure File Transfer...
2020-04-20 08:30:21
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转载 05/02/2020_ NGS_What is contigN50?
N50是衡量基因组装配完整性的一个指标。转自：https://www.molecularecologist.com/2017/03/whats-n50/Imagine that you line up all the contigs in your assembly in the order of their sequence lengths (Fig. 1a). You have th...
2020-02-05 08:59:55
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原创 13/11/2019—— FoxO shutting
FoxO 重要参与的活动是 insulin 介导的。 FoxO是胰岛素敏感的转录因子， 具有一系列下游靶基因和相互作用因子。insulin介导的抑制FoxO是一个穿梭机制， 通过调节FoxO 定位于细胞质内来抑制FoxO的转录功能。影响FoxO穿梭的功能域: 1， 磷酸化位点，phosphorylation sites. 但是FoxO6的穿梭机制和其他FoxO转录因子是不一样的。Fox...
2019-11-15 09:26:31
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转载 14/11/2019 试剂的配置方法
来自百度文库，下载不了，自己打下来的。1：物质的量浓度溶液的配制和计算：（1）， 溶质是固体物质：C X V X M/1000 =m C 为需要配置物质的量浓度 V：需要配置的体积 M： 溶质的摩尔质量（相对分子质量）例如：需要配置0.5mol/L Na2CO2 500mL 计算： 0.5 ...
2019-11-14 07:27:33
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原创 08/11/2019— 一年
一年多了，今天突然想写点什么。。。这一年，最重要的事情：过了confirmation。。。 这也是我在年初对自己许下的愿望。。。其实这一年还算是顺利的，老师很好，同学也还可以。。。这一年，我入门了R/bioinformatics, 感谢老板把我拉入门。。。这一年，我是初尝孤独吧，连续几天不说话也是正常的。。。。。 。但是这样让我的内心更欢脱了。。。哈哈哈。。。我没有其他地方去，offi...
2019-11-08 11:04:55
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原创 7/11/2019——Great idea- 微生物的adaptive immunity
现已知原核生物具有CRISPR-cas 的适应性免疫系统，用来抵抗病毒和质粒的入侵。 这一系统存在于40%的细菌和几乎所有的古细菌中。 根据基因共同性和核糖蛋白效应复合物的组分，CRISPR-Cas分为1、2类，进一步细分为3种亚型，1类有I、III、IV型，2类有II、V、VI型 。CRISPR-Cas免疫系统包含3个步骤：从病毒和质粒基因组中获得新的间隔序列；生成效应复合物-产生CRISPR...
2019-11-07 07:29:15
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原创 31/10/2019 idea ---微生物组
相同种属的细菌在小鼠肠道内有竞争作用。一种杆菌已经定植，另一种却无法定植。。。“饱和微环境（niche）假说” 这一假说认为通过让一种特异的生态环境达到饱和，生物体将有效地排除相同的物种来占据这一微环境。但它不会阻止其他密切相关的物种来寄居肠道，因为这些物种有着自己特殊的微环境。遗传筛查揭示了一组从前未确定特征的基因，研究人员将它们命名为共生定居因子（commensal colonization...
2019-10-31 07:28:55
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原创 16/10/2019 一步步学会分析ATAC-seq
https://zhuanlan.zhihu.com/p/20702684 关于illumina 测序的原理so, 我的测序结果是paired-end sequencing 并且是在不同的lanes上测序的。原始名称为：larvae1_S1_L001_R1_001.fastq.gz,larvae1_S1_L001_R2_001.fastq.gz,larvae1_S1_L002...
2019-10-29 07:46:06
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原创 24/10/2019 ATAC-seq 样品准备
转载于ATAC-seq 需要注意的小事：http://www.360doc.com/content/19/0115/18/52645714_809070820.shtml我的样品是sponge larvae， 我估计是要直接裂解幼虫，然后送样品。 但是一个幼虫大概有多少细胞，我是不知道的。因为ATAC-seq 至少500细胞，但是太少或太多都会影响实验结果。 所以我要用多少幼虫去裂解，，要收集...
2019-10-24 08:05:50
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原创 18/10/2019 今日新获得的科研前沿知识--癌细胞和脂肪细胞的关系
来自文献：Adipocytes as Anticancer Drug Delivery Depot 发表于2019/9/25通过改造脂肪细胞来攻击癌细胞。
2019-10-18 06:36:31
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转载 17/10/2019 细胞死亡的十一种方式--转自解螺旋公众号
本文总结于解螺旋公众号《一文参透细胞死亡的11种姿势》。原文有图片，更清晰，感兴趣的可以去搜索学习。细胞死亡的分类： 基于功能方面的差异， 细胞死亡可以分为：意外细胞死亡（ACD） 和调节性细胞死亡（RCD）。前者是不受控制的细胞死亡过程，后者涉及效应分子参与的信号级联反应。RCD类型：1. 细胞凋亡（apoptosis）指机体在生理或病理条件下，为了维持自身内环境稳态，通...
2019-10-17 06:18:11
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原创 2019/0904_chip-seq在识别组蛋白修饰位点中的作用
#组蛋白：（histone）是真核生物体细胞染色质与原核细胞中的碱性蛋白质，和DNA共同组成核小体结构。它们是染色质的主要蛋白质组分，作为DNA缠绕的线轴，并在基因调控中发挥作用. 所以组蛋白是在所有真核生物的细胞核中，与DNA 结合组成的碱性蛋白质的总称。组蛋白的基因非常保守。亲缘关系较远的种属中，四种组蛋白（H2A、H2B、H3、H4）氨基酸序列都非常相似。存在五个主要的组织蛋白家族：H1/...
2019-09-05 19:43:06
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原创 20190904_chip-seq/ ATAC-seq/DAP-seq 原理理解
染色质免疫共沉淀Chromatin Immunoprecipitation,ChIP 技术是指：在保持组蛋白和DNA联合的同时，通过运用对应于一个特定组蛋白标记的生物抗体，染色质被切成很小的片断，并沉淀下来。该技术是目前唯一研究体内DNA与蛋白质相互作用的方法。它的基本原理是在活细胞状态下固定蛋白质－DNA复合物，并将其随机切断为一定长度范围内的染色质小片段，然后通过免疫学方法沉淀此复合体，特...
2019-09-04 13:15:52
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原创 2019/0901_motifs
motif是在许多蛋白质分子中，由几个具有二级结构的肽段在空间上相互接近、相互作用，所形成的折叠模样称为超二级结构，又称为模体。锌指结构是一种常见的模体。motif在生物学中是一个基于数据的数学统计模型，典型的是一段sequence也可以是一个结构，是特定的group的序列预测，例如一个DNA sequence可以定义为转录因子结合位点，也就是序列倾向于被这种factor结合。对蛋白质来说...
2019-09-01 12:50:56
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原创 2019/08/16_FoxO_AMP
starvation can increase the antibacterial activity in the hemolymph of B. mori larvae.hemolymph 血淋巴是指：血淋巴(Haemolymphe)是无脊椎动物血腔内流动的血样液体，无色，兼具血液和淋巴样组织液的特性，内含血细胞，间质液和血浆，可占动物体中的30-40%。主要起营养物质运输，温度调节和创伤愈...
2019-08-16 12:56:39
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转载 2019/08/14_用于新基因的生物信息学分析 (转载)
用于新基因的生物信息学分析 核酸序列的基本分析运用DNAMAN软件分析核酸序列的分子质量、碱基组成和碱基分布。同时运用BioEdit（版本7.0.5.3）软件对基因做酶切谱分析。 碱基同源性分析运用NCBI信息库的BLAST程序对基因进行碱基同源性分析(...
2019-08-14 08:40:21
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原创 2019/0801_course_python_6_for/while 循环
#循环要实现“重复、自动地执行代码”，有两种循环语句可供我们选择使用：一种是for...in...循环语句，另一种是while循环语句。##for...in...循环语句格式：for循环的3个要点即是:1.空房间；2.一群等着办业务的人；3.业务流程###for循环：空房间空房间的学名叫【元素】（item），你可以把它当成是一个变量。那么首先，我们需要给房间取...
2019-08-03 11:05:18
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原创 2019/07/31_course_python_5_字典和列表以及互相嵌套
目前，我们已经掌握了3种数据类型：整数、浮点数、字符串。这一关我们就要学习两种新的数据类型：列表、字典。前三种类型每次赋值只能保存一条数据。如果我们需要使用很多数据的时候，就会很不方便。 而列表和字典就是可以帮我们存储大量数据，让计算机去读取和操作。计算机和数据的关系:第一种：直接使用数据，比如print()语句，可以直接把我们提供的数据打印出来，通常所见即所得。第二...
2019-07-31 10:08:06
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原创 2019/07/31_English writing skills_1
#noun.only proper nouns are capitalized English. For example name, places, times(Wednesday) , occasions( the Australian Open), publications( Cell, Science, Nature), etc. when discussing 一个无生命的 nou...
2019-07-31 08:44:51
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原创 2019/07/30_course_python_4_input()函数 / 人机互相沟通
#input函数沟通的关键：有来有往##input函数的使用：input是一个输入函数，所以当你把问题输入后，终端就等着你回答。我们可以把input()函数当作一扇链接现实世界与代码世界的门。##input()函数结果的赋值name = input('请输入你的名字：')#函数赋值虽然看上去像是给input()函数赋值，但实际上，我们是将input()函数的执行...
2019-07-30 13:30:59
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原创 2019/07/30_course_python_3_if逻辑及嵌套写法
#逻辑：##单向判断：if对于Python而言，冒号和缩进是一种语法。它会帮助Python区分代码之间的层次，理解条件执行的逻辑及先后顺序。【注：缩进是四个空格或一个Tab键】。在if条件语言中，缩进不需要我们手动按空格键。当你用英文输入法打:后按回车，我们的开发工具（用来编写Python代码的程序）为了方便大家编程，会自动实现下一行代码，向右缩进的功能。被缩进的内容（print(...
2019-07-30 12:04:20
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原创 2019/07/29_course_python_2_数据类型及相关函数
#镜像世界的数据##数据类型：Python里，最常用的数据类型有三种——字符串(str)、整数(int)和浮点数(float)。###字符串字符串英文string，简写str 字符串的识别方式非常简单——有层名为【引号】的皮，只要是被【单/双/三引号】这层皮括起来的内容，不论那个内容是中文、英文、数字甚至火星文。只要是被括起来的，就表示是字符串类型。###整数...
2019-07-29 19:40:22
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原创 2019/07/29_course_python_1_print函数及转义符的使用
A new start: python!!! 本系列内容来自于所报的风变编程 python 基础课。 禁止转载！#本节知识点：#chapter0: 千寻的名字 basic informationQ1：what is python？python应用领域广泛，例如：爬虫，数据分析，科学计算，自动化办公，自动化运维，网站开发，多媒体处理，机器学习，深度学习等。下...
2019-07-29 08:01:03
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原创 2019/07/26_OTUs/phylosymbiotic _名词解释
可执行的分类操作单位，主要是按照16sDNA测序结果计算遗传距离，人为规定遗传距离，然后依此距离区别微生物类群的分类单位，为了形象直观，并有说服力，往往会和已知菌一起做聚类，从而完成微生物的种属归属鉴定。Anoperational taxonomic unit(OTU) is an operational definition used to classify groups of clos...
2019-07-26 11:20:10
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翻译 2019/07/26_paper/sponge_bacteria_network(2019)
title：Modularity and predicted functions of the global sponge-microbiome network宿主内微生物的多样性可能主要是由两个原因导致的：(i) which species arrive, and (ii) whether those that arrive manage to stay.The ability of ...
2019-07-26 11:18:36
268
原创 2019/07/16_ATAC-Seq_2
https://tobiasrausch.com/courses/atac/ ATAC-Seq tutorialhttps://www.zhihu.com/question/263776928 基础理解https://cloud.tencent.com/developer/article/1346044
2019-07-26 08:05:40
190
原创 2019/07/22_paper_Fox_innate immune（2014）果蝇和FoxO FoxA
title：Forkhead, a new cross regulator of metabolism and innate immunity downstream of TOR in DrosophilaAMP抗菌肽是一种阳离子肽，既作为宿主免疫系统的防御分子，又作为共生微生物群的调节因子。AMPS的表达是通过Tall和IMD途径引起的。在非感染条件下，转录因子dFOXO在营养素有限时直接...
2019-07-22 08:07:55
406
原创 2019/07/21_后生动物转录因子的早期进化 Early evolution of metazoan transcription factors_(lab paper)
title:Early evolution of metazoan transcription factors1. 发现大多数转录因子(Tf)家族起源于动物王国的黎明，是在当代动物谱系分化之前，在生物发育过程中表达的家族。A large majority of the signaling pathway components andtranscription factors (T...
2019-07-21 14:05:13
233
原创 2019/07/17_ATAC_Seq_1_FASTQ
今天开始ATAC-Seq 边学边分析总结。首先说一下fastq 和fasta格式的不同和转换：转换用seqtk ,用conda 安装seqtk, 然后转换：seqtk seq -A larvae1_S1_L001_R1_001.fastq > larvae1_S1_L001_R1_001.fastafasqa 不适合储存并且没有质量信息，所以我们无需转换，在这里直接用...
2019-07-18 14:34:29
352
翻译 2019/07/16_NGS-Data-Analysis-Course_8_RNA-Seq实验设计
Learning Objectives:Describe the importance of replicates for RNA-seq differential expression experiments Explain the relationship between the number of biological replicates, sequencing depth and ...
2019-07-16 13:24:19
340
转载 2019/0715_生物信息学R语言教程——book
目录前言 第一章 R/Bioconductor入门 第二章: 基因芯片分析 第三章 RNA-seq数据分析 第四章 ChIP-seq数据分析 第五章 ATAC-seq数据分析 第六章 scRNA-seq数据分析 第七章 下游分析 第八章 上游分析 第九章 代码背后 Appendix cBioPortal 全书网址：http://qiubio.c...
2019-07-15 13:39:37
1684
翻译 2019/0715_NGS Data Analysis Course (Harvard Chan Bioinformatics Core)_7_shell permission
Learning ObjectivesHow to grant or restrict access to files on a multi-user UNIX system What is an “Environment Variable” in a shell. What is $PATH, and why I should care.更多permission 标志 https://...
2019-07-15 08:39:55
173
原创 2019/07/14_NGS Data Analysis Course (Harvard Chan Bioinformatics Core)_6_shell
#Shell scriptsShell scripts are text files that contain commands we want to run.As with any file, you can give a shell script any name and usually have the extension .sh.用vim 创建一个新的文件：$ v...
2019-07-14 14:01:32
166
原创 2019/07/14_NGS Data Analysis Course (Harvard Chan Bioinformatics Core)_5_vim初级
text editor: 可以分为：graphical user interface (GUI) text editors and command-line editors.GUI: such as TextWrangler, Sublime, and Notepad++, which allow you to write and edit plain text documents.vim...
2019-07-14 12:09:24
243
原创 2019/0712_ATAC-Seq
#定义： Assay for Transposase-Accessible Chromatin with highthroughput sequencing（ATAC-Seq）即利用转座酶探究可接近性染色质高通量测序技术。通俗来说就是利用转座酶来获取开放性染色质，再通过高通量测序及生物信息学分析来挖掘相关基因信息，以此探究生物学相关问题。#什么是开放染色质？染色质分为常染色质和异染色质，...
2019-07-12 12:49:35
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