Linux
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白墨石
生物信息学在读博士,主要研究生信软件开发及数据库搭建,涉及机器学习,组学流程自动化,序列分析。
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查看并关闭占用端口
查看占用端口sudo lsof -i:8888关闭占用端口sudo kill -9 2558243原创 2021-10-24 12:02:17 · 338 阅读 · 0 评论 -
linux 命令 argument list too long 错误解决
解决ls | xargs -n 100 gunzip -fxargs 命令会将文件以每 100 个为一组来使用 gunzip 解压,同理 cp,mv,rm 等命令同样适用原因使用以下命令解压了超过三十万个压缩文件:gunzip -f ./*.gz命令后的文件夹数量太多,导致命令行过长就会报该错...原创 2021-07-29 10:28:17 · 1147 阅读 · 0 评论 -
Linux 查看并关闭端口
netstat -ap | grep 8002 # 8002端口号显示关闭kill -9 659044 # PID号原创 2021-06-10 22:17:53 · 1966 阅读 · 0 评论 -
Linux 远程复制文件和目录
一、命令格式:scp 文件/目录路径名 root@ip地址:文件/目录路径名1、从远程服务器复制文件到本地scp root@183.175.59.73:/home/data ./data/2、从本地文件复制到远程服务器scp ./data/ root@183.175.59.73:/home/data3、从远程服务器复制目录到本地scp -r root@183.175.59.73:/home/data ./data/4、从本地目录复制到远程服务器scp -r ./data/ root@原创 2020-11-24 10:29:18 · 2831 阅读 · 1 评论 -
玩转 Windows 自带的 Linux 子系统 WSL(图文指南)
学计算机离不开 Linux 系统,当然,更离不开Windows。但是,二者从操作到核心的不同,貌似让鱼和熊掌不可兼得。但是!微软已经拿出了一款让鱼和熊掌兼得的方案 WSL (Windows Subsystem for Linux),也就是 Windows 系统中自带 Linux 子系统。这比其他方案的优势在于:不会产生传统虚拟机或双启动设置开销实现 Windows 系统与 Linux 系统磁盘资源的共享相对其他 Bash,更接近原生 Linux 系统网络设置等配置与 Windows 系统保持原创 2020-09-23 19:33:04 · 8197 阅读 · 1 评论 -
Linux 查看文件,目录,磁盘空间占用容量
文章目录文件大小目录大小磁盘占用文件大小列出当前目录所有文件的大小ls -alh过滤当前目录下大于10M的文件find ./ -type f -size +10M -print0 | xargs -0 ls -lh | sort -nr目录大小当前目录的大小du -sh当前目录下各目录大小du -sh *递归查询当前目录所有文件夹大小du -ah磁盘占用df -lh...原创 2020-09-21 09:17:15 · 1421 阅读 · 0 评论 -
生信自动化分析流程 nf-core 的离线运行(图文详解)
Nextflow 支持自动获取在网络上的所有流程,包括流程代码,软件,参考基因组,甚至远程数据源如果需要在离线的系统运行你的分析。需要几个额外的步骤即可在本地获取到一个完整的流程Nextflow在系统安装好 Nextflow下载最新版:https://github.com/nextflow-io/nextflow/releaseschmod +x nextflow-20.04.1-all./nextflow-20.04.1安装好后,修改配置文件禁止Nextflow自动更新vim ~/.ba原创 2020-07-15 21:04:16 · 4462 阅读 · 1 评论 -
高速下载 EBI NCBI 测序数据(SRA,Fastq等)
文章目录一、测试环境及工具二、Aspera 下载三、安装及配置1. 解压2. 安装3. 配置许可4. 配置程序环境变量5. 配置秘钥四、测试1. 一个例子2. 常用参数介绍3. 下载地址的构建4. EBI查询整个项目的资源文件6. 查看下载链接五、为什么这里要建议选EBI,而不用NCBI?一、测试环境及工具Linux(Ubuntu 18.04.1)Aspera (Aspera Connect version 3.9.9.177872)Aspera 适用于所有的 Linux 版本,可以按步骤测试在原创 2020-07-07 21:15:33 · 9875 阅读 · 0 评论 -
Ubuntu 更新软件镜像源
文章目录1.打开设置2.打开后粘贴最新镜像源3.最后更新本地源1.打开设置cd /etc/apt/cp sources.list sources.list.bakvi /etc/apt/sources.list2.打开后粘贴最新镜像源比如,清华的镜像,最新版:https://mirror.tuna.tsinghua.edu.cn/help/ubuntu/选择自己的 Ubuntu 版本,复制下面的代码到 sources.list# 默认注释了源码镜像以提高 apt update 速度,原创 2020-07-06 11:03:38 · 2267 阅读 · 2 评论 -
详解Linux 下 Aspera 获取 SRA 数据
1. 下载官网下载:http://downloads.asperasoft.com/en/downloads/8?listcsdn下载:https://download.csdn.net/download/u011262253/104022592. 安装$ tar -zxvf aspera-connect-3.7.4.147727-linux-64.tar.gz$ ./aspera-...原创 2019-01-07 20:00:22 · 3591 阅读 · 6 评论 -
Windows 与 Linux 安装 sqlite3 数据库(图文详解)
文章目录Windows1.下载2.解压3.设置环境变量4.验证安装是否成功LinuxWindows1.下载https://www.sqlite.org/download.html2.解压3.设置环境变量右键此电脑 -> 属性新建环境变量4.验证安装是否成功打开命令行,win+R输入sqlite3安装完成Linuxwget http://www.sqlite.org/sqlite-3.7.1.tar.gztar -xzvf sqli原创 2020-05-17 16:16:59 · 878 阅读 · 0 评论 -
Linux 查看文件,文件夹,磁盘空间大小
查看文件列出当前目录所有文件的大小ls -alh过滤当前目录下大于10M的文件find ./ -type f -size +10M -print0 | xargs -0 ls -lh | sort -nr查看文件夹当前目录的大小du -sh当前目录的子目录大小du -sh *递归查询当前目录所有文件夹大小du -ah磁盘占用df -lh...原创 2020-04-18 10:51:30 · 834 阅读 · 0 评论 -
version `ZLIB_1.2.3.3' not found 解决
错误version `ZLIB_1.2.3.3’ not found解决下载 zlib-1.2.8.tar.gz链接:https://pan.baidu.com/s/1SNP_BDvEi2cLs17Jx3Cl6w提取码:w2kt编译,安装,重写软链tar zxf zlib-1.2.8.tar.gzcd zlib-1.2.8./configuremake && m...原创 2019-08-10 14:46:57 · 3128 阅读 · 1 评论 -
version `GLIBC_2.14' not found 问题解决
错误/lib64/libc.so.6: version `GLIBC_2.14’ not found解决使用命令查看是否存在GLIBC_2.14strings /lib64/libc.so.6 | grep GLIBC如果没有运行以下命令wget http://ftp.gnu.org/gnu/glibc/glibc-2.17.tar.gztar -xf glibc-2.17.tar....原创 2019-08-10 14:41:41 · 21082 阅读 · 5 评论 -
宝塔中部署 ThinkPHP5(tp5)
文章目录添加站点:站点设置:设置运行目录:设置伪静态规则:测试:其他检测项:添加站点:站点设置:设置运行目录:设置伪静态规则:填写规则如下(也可以点击左上角的下拉框选thinkphp):location / { if (!-e $request_filename){ rewrite ^(.*)$ /index.php?s=$1 last; break; }}...原创 2019-07-12 11:56:02 · 11454 阅读 · 9 评论 -
NCBI生物分类数据库(Taxonomy)
文章目录介绍查询某个物种的全部核酸序列和蛋白序列查看某个物种的其他信息(蛋白结构,基因,测序数据,相关文献等)Taxonomy 的相关数据下载**gi_taxid 标识的数据****taxcat 标识的数据**以尼安德特人(taxid:63221)为例介绍Taxonomy : NCBI公共序列数据库中所有生物的策划分类和命名法。目前包含地球上大概10%的物种。 我们现在查询到底包含有有多少物种...原创 2019-07-10 09:08:51 · 29333 阅读 · 0 评论 -
Linux学习笔记,Linux文件系统,文件管理,目录管理
一. Linux文件系统:/boot: 系统启动相关文件,包括kernel,initrd,grub(bootloader)/dev: 设备文件块设备:随机访问字符设备:线性访问。按字符为单位设备号:主设备(major),次设备号(minor)/home: 用户家目录。每一个用户的家目录通常默认为/home/USERNAME/root: 管理员的家目录原创 2015-07-16 22:20:40 · 694 阅读 · 0 评论 -
Linux系统启动,命令,文件详解(更新)
Linux系统的启动 常用命令 文件系统 文件类型 文件属性 常见的文件扩展名Linux系统的启动引导我们在打开电源后,计算机会寻找在ROM芯片(保存计算机最基本的输入输出以及开机自检,自启动程序的芯片)上的程序BIOS(Basic Input Output System ),它从CMOS芯片(保存计算机基本信息,比如日期,时间,启动设置等等)中读取信息。BIOS 将MBR(M...原创 2015-06-30 16:42:04 · 1155 阅读 · 0 评论 -
Linux 让进程在关闭终端后继续执行
关键命令 : # nohup python test.pyCtrl +Z# jobs# fg %1关闭终端进程继续执行或者# nohup python test.py &注意,将nohup后的进程放到后台执行是关键一步原因:后台进程退出是由于登陆shell收到了SIGHUP信号后在退出前将SIGHUP转发给所有的作业(jobs原创 2016-05-03 08:46:54 · 1208 阅读 · 0 评论 -
Linux下导入与导出SQL文件
一、导入数据库1、建空数据库格式:mysql>create database 数据库名;举例:mysql>create database database_name;2、导入数据库2.1 方法一:终端命令行直接导入(常用): 格式:mysql -u用户名 -p 数据库名 < 数据库名.sql举例:mysql -uuser_name -p da...原创 2016-06-03 16:21:22 · 13303 阅读 · 0 评论 -
Linux find exec 记录
find参数exec使用注意:exec后跟command终止时需要用 ; 来标识对于不同系统需要用转义 \;例子:find ./ -name "hello_*.txt" -exec python test.py input output \;原创 2016-06-04 10:04:08 · 507 阅读 · 0 评论 -
Linux 归档压缩命令详解
归档压缩# tar -zcvf filename.tar.gz file1 file2 folder解压解档,释放到当前目录# tar -zxvf filename.tar.gz解压解档,释放到指定目录# tar -xf filename.tar.gz -C /out只列出目录,不解压# tar -ztvf filename.tar.gz原创 2016-07-29 10:54:52 · 757 阅读 · 0 评论 -
CentOS 6.5 图形界面安装及后续补充:
自己学习用的是字符界面,抱着学习的态度对它做了一次手术:1. 初始版本为mini版,默认没有联网,对network进行配置:# vi /etc/sysconfig/network-scripts/ifcfg-eth0修改ONBOOT值为yes保存退出# service network restart# pingwww.baidu.com测试可行,进行下一步原创 2017-01-13 21:14:06 · 4319 阅读 · 0 评论 -
修复:XAMPP与VMware端口443占用问题“Port 443 in use by ...”
问题:Port 443 in use by ""F:\Program Files (x86)\VMware\VMware Workstation\vmware-hostd.exe"原因:XAMPP与VMware同时占用443端口解决:修改VMware占用443端口为其他端口原创 2017-04-23 11:34:35 · 9363 阅读 · 3 评论 -
网站搭建,远程操作,文件上传,问题汇总
一、系统安装:http://jingyan.baidu.com/article/a3761b2b66fe141577f9aa51.html二、安装xampp:1. 下载xampp:https://www.apachefriends.org/download.html2. 赋权限:sudo chmod 777xampp-linux-x64-7.0.15-原创 2017-04-27 20:34:12 · 1257 阅读 · 0 评论 -
Ubuntu下安装Java
检测是否安装Java未安装Java 已经安装Java 安装Java原创 2017-11-06 15:55:25 · 397 阅读 · 0 评论 -
Windows,Linux指定端口查看及关闭
Windows查看所有> netstat -ano查看指定> netstat -ano|findstr "8080" 列表表头依次为:协议,本地地址,外部地址,状态,PID查找对应进程,输入对应的PID> tasklist|findstr "8968"关闭进程> tastkill /f /t /im java.exe原创 2018-01-18 16:18:35 · 546 阅读 · 0 评论 -
Linux 挂载2TB以上硬盘
Linux 挂载大硬盘1. 先做引导和分区 2TB以上的使用 parted 命令# parted /dev/sda(parted) mklabel gptWarning: The existing disk label on /dev/sda will be destroyed and all data on this diskwill be lost. Do yo...原创 2018-08-30 19:02:36 · 3306 阅读 · 0 评论 -
Linux 归档,压缩,解压命令速查
文章目录example.tar 类型文件打包增加到包替换包中文件列出所有文件解压文件example.tar.gz / example.tgz 类型文件example.tar.bz2 类型文件example.tar.Z 类型文件example.gz 类型文件example.bz2 类型文件example.zip 类型文件example.tar 类型文件打包-c 表示创建包 ,-f指定包的文件...原创 2018-11-06 16:44:09 · 514 阅读 · 0 评论 -
Linux 添加环境变量的五种方法
只对当前shell生效(shell脚本中常用)方法一:$PATH=&quot;$PATH&quot;:YOUR_PATH方法二:export PATH=&quot;$PATH:YOUR_PATH&quot;对所有用户所有shell都生效, 需要root权限(管理员常用)方法一(修改environment文件):打开environment文件vim /etc/environment修改PATH变量,在变量字...原创 2019-01-08 16:40:45 · 31381 阅读 · 2 评论 -
Linux fedora flash player安装
1.打开终端2. 32位:rpm -ivh http://linuxdownload.adobe.com/adobe-release/adobe-release-i386-1.0-1.noarch.rpm rpm --import /etc/pki/rpm-gpg/RPM-GPG-KEY-adobe-linux原创 2015-06-02 12:49:39 · 769 阅读 · 0 评论