生信流程
生信流程
白墨石
生物信息学在读博士,主要研究生信软件开发及数据库搭建,涉及机器学习,组学流程自动化,序列分析。
联系方式在左栏,欢迎学习交流,咨询提问 ^.^
展开
-
Pycharm 免费激活专业版(图文详解)
使用这个教程可以激活包括 Pycharm 在内的所有 JetBrain 系列软件,如 PHPStrom,IDEA 等材料教育邮箱:带 edu 后缀的email激活1.打开主页:https://www.jetbrains.com/2.注册账号:3.点击 Sign Up 后,返回如下页面4.回到你填写的教育邮箱地址,收到一封信:5.注册账号:6.设置权限,点击PyCharm下载软件7.进入PyCharm,点击右上方的 Help -> Register:8.查看权限:一般原创 2020-08-14 15:07:43 · 25508 阅读 · 20 评论 -
生信自动化流程搭建 07 | 配置文件
配置文件启动管道脚本时,Nextflow将在当前目录和脚本基本目录(如果与当前目录不同)中查找一个名为nextflow.config的文件。最后,它检查文件 $HOME/.nextflow/config。当存在多个文件时,它们将被合并,因此第一个文件中的设置将覆盖第二个文件中可能出现的相同设置,依此类推。如果要忽略任何默认配置文件,而仅使用自定义文件,请使用命令行选项 。-C <config file>值得注意的是,通过这样做,文件nextflow.config和$HOME/.next原创 2020-08-10 18:51:14 · 2705 阅读 · 0 评论 -
生信自动化流程搭建 06 | 指令
使用指令声明块,可以提供将影响当前进程执行的可选设置。他们必须在过程的顶部进入人体,在任何其他声明块(即input,output等),并具有以下语法:name value [, value2 [,..]]一些指令通常可用于所有进程,另一些则取决于当前定义的执行器。指令是:acceleratorse该accelerator指令允许指定任务执行的硬件加速器要求,例如GPU处理器。例如:process foo { accelerator 4, type: 'nvidia-tesla-k80原创 2020-08-10 18:49:08 · 1526 阅读 · 0 评论 -
生信自动化流程搭建 05 | 通道 Channels
Nextflow基于数据流编程模型,其中流程通过通道进行通信。通道具有两个主要属性:发送消息是一个异步操作,无需等待接收过程即可立即完成。接收数据是一项阻止操作,它将停止接收过程,直到消息到达为止。通道类型Nextflow区分两种不同的通道:队列通道和值通道(queue channels and value channels )。queue channels队列通道是连接两个 processes 或 operators 非阻挡单向FIFO队列。通常使用工厂方法(如from,fromPa原创 2020-08-10 18:48:00 · 1210 阅读 · 0 评论 -
生信自动化流程搭建 04 | 输出 output
输出输出声明块允许定义所使用的过程中发出所产生的结果的信道。最多可以定义一个输出块,并且可以包含一个或多个输出声明。输出块遵循以下语法:output: <output qualifier> <output name> [into <target channel>[,channel,..]] [attribute [,..]]输出定义以输出限定符和输出名称开头,后跟关键字into和一个或多个通过其发送输出的通道。最后,可以指定一些可选属性。注意,当输出名称与原创 2020-08-10 18:47:01 · 732 阅读 · 0 评论 -
生信自动化流程搭建 03 | 输入 input
Nextflow 进程 (process) 彼此隔离。输入项 (input) 定义从哪个通道 (channels) 接收输入数据。一次只能定义一个输入项,并且它必须包含一个或多个输入。输入项遵循以下语法:input: <input qualifier> <input name> [from <source channel>] [attributes]定义以输入限定符和输入名称开头,关键字from和接收输入的实际通道。指定一些输入可选属性。当输原创 2020-08-10 18:45:44 · 954 阅读 · 0 评论 -
生信自动化流程搭建 02 | 脚本
脚本脚本是字符串声明,它定义了由过程执行到执行任务的命令。一个进程仅包含一个脚本块,并且当该进程包含输入和输出声明时,它必须是最后一个语句。输入的字符串在主机系统中作为Bash脚本执行。它可以是通常在终端 shell 程序或通用Bash脚本中使用的任何命令,脚本或它们的组合。可以在脚本语句中使用的命令的唯一限制是目标执行系统中这些程序的可用性。脚本可以是简单字符串或多行字符串,例如:process doMoreThings { """ blastp -db $db -query que原创 2020-08-10 18:42:45 · 1764 阅读 · 0 评论 -
生信自动化流程搭建 01 | Nextflow的介绍与安装
一、介绍生信流程搭建一般有 Shell,Python,Galaxy等流派,为了去尽可能的了解生信流程的搭建过程及压榨计算机性能。我这里使用 Nextflow 作为流程搭建工具,它有着很多强大的功能:简化数据密集型pipelines的编写胶水特性:只要可以在Linux系统中运行的程序或不同的编程语言脚本,都可以放在流程中支持并行计算环境支持集群可重用性高二、安装使用conda 安装安装 conda 环境:https://blog.csdn.net/u011262253/article/原创 2020-08-10 18:40:50 · 8868 阅读 · 2 评论