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测序技术
文章平均质量分 94
测序技术
白墨石
生物信息学在读博士,主要研究生信软件开发及数据库搭建,涉及机器学习,组学流程自动化,序列分析。
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一代测序原理 (Sanger法测序)
Frederick Sanger 是一位1918年出生于美国的生物化学家,曾经两度获得诺贝尔化学奖 。上世纪70年代末,他提出快速测定脱氧核糖核酸(DNA)序列的技术“双脱氧终止法”,也被称作“Sanger法”。早在2001年完成的人类基因组框图,采用的就是该方法。而且因准确率高,直到今天还在广泛使用,也被称为基因检测的金标准。下面我们来看看Sanger法是怎样测得基因序列的。Sanger ...原创 2020-03-08 17:50:32 · 29500 阅读 · 1 评论 -
二代测序原理(Illumina)
虽然三代测序现在已经商用,但是目前的主流还是二代测序,尤其是Illumina公司的测序方式更是大行其道。那么,下面我们从四个方面来说说illumina家的二代测序是怎么得到的生物数据。0、 基本原理基于可逆终止的,荧光标记dNTP,做边合成边测序分为三步:样本准备 Sample Prep成簇 Cluster Generation测序 Sequencing数据分析 Data Anal...原创 2019-10-12 18:31:42 · 74220 阅读 · 7 评论 -
图解三代测序(SMRT Sequencing)
文章目录一、基本原理二、构建文库三、测序芯片四、上机测序五、测序模型1、Circular Consensus Sequencing (CCS)2、Continuous Long Read (CLR) Sequencing六、其他影响因素1、GC bias 影响2、读长的限制因素3、测序通量目前主流三代测序平台除了Oxford 家的 Nanopore,还有 Pacific Biosciences(简称 PacBio)公司的 Single Molecule Real-Time(SMRT)Sequencing。原创 2021-03-03 19:57:37 · 15651 阅读 · 2 评论 -
图解三代测序(Nanopore)
一、测序原理先介绍 Nanopore 测序中的几位主角:Reader :在自然界中,有一种可以嵌入到细胞膜中作为离子或分子通道的跨膜蛋白,具有天然的蛋白纳米孔。经过人为基因工程修饰后,得到的就是 Nanopore 测序所需的 Reader 蛋白。Membrane:Reader 蛋白会被嵌入到高电阻率的 Membrane (人工合成的多聚物膜),膜两侧是离子溶液,在两侧加不同的电位,离子就会在孔中流动,形成电流。Motor:在 Nanopore 文库构建时,需要在接头上连接一种动力蛋白,用于将DN原创 2021-02-03 19:31:37 · 32008 阅读 · 2 评论 -
一文读懂 ChIPseq
一、介绍ChIP-seq,测序方法ChIP 指染色质免疫共沉淀技术(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP),seq 指的是二代测序方法作用:识别蛋白质与DNA互相作用情况原理:染色质免疫共沉淀 + 二代测序应用:常用于转录因子结合位点和组蛋白修饰位点的研究二、测序原理1、使用甲醛将目标蛋白与染色质交联固定起来2、从细胞裂解液分离基因组DNA,通过超声打断DNA为一定长度的小片段3、添加与目标蛋白质特异的抗体,该抗体与目标蛋白形成免疫沉淀免疫结原创 2020-11-22 16:39:35 · 12578 阅读 · 3 评论 -
一文读懂DNA甲基化及BS-seq
一、什么是DNA甲基化DNA甲基化是一个生物过程,它会在在DNA分子中引入甲基化基团,但是甲基化并不会改变序列本身,而会改变DNA片段的活性。在哺乳动物中,DNA甲基化对于正常发育必不可少,而且与很多生物学现象有密切联系,包括基因组印迹,X染色体失活,转座因子招募,衰老和致癌作用。胞嘧啶甲基化是在真核生物和原核生物普遍存在的,而且甲基化的速率在物种之间有很大的差异。最常见的是在胞嘧啶的5号碳位置,在酶和底物的作用下,引入一个甲基基团,变成了5甲基胞嘧啶(5mC),从而改变了它的活性。腺嘌呤甲基化原创 2020-09-10 10:36:23 · 10380 阅读 · 2 评论 -
一文读懂三维基因组
文章目录一、细胞核 *Nucleus*二、染色质疆域 *Chromosome Territory,CT*三、染色质区室 *A/B compartments*四、拓扑结构域 *Topologically associating Domains,TAD*五、层关联域 *Lamina Associating Domains,LAD*六、核仁关联域 *Nucleolar Associating Domains,NAD*七、染色质环 *Chromatin loops*每个人体内都有着两米长的DNA,它是如何紧密折叠原创 2020-12-25 16:56:37 · 7953 阅读 · 0 评论 -
Hi-C 测序技术(图解详解)
文章目录一、介绍二、原理及步骤三、三维基因组检测技术比较1、C技术3C(一对一)4C(一对多)5C(多对多)Hi-C(全部互作)2、基于免疫沉淀技术ChIP-loopChIA-PET四、总结一、介绍Hi-C 技术源于基因组捕获技术(Chromosome conformation capture,3C),用于分析染色质三维空间结构的一种测序方法。1关于什么是三维基因组,可以参考:一文读懂三维基因组用途:量化在三维空间中基因组的染色质间交联(cross-linked chromatin)解析全基因原创 2021-02-06 14:33:32 · 23838 阅读 · 1 评论 -
图解表观遗传学 | 组蛋白修饰
一、组蛋白结构在了解组蛋白修饰前,先复习一下幼儿园学过的组蛋白结构。我们都知道在细胞核中的染色体是高度压缩的,而折叠时DNA缠绕的就是组蛋白。将组蛋白区域放大,我们就会看到这样一串念珠,组蛋白被一根DNA序列串起来。为了方便研究,我们将一个组蛋白和其附近 147bp DNA片段,叫一个核小体。也就是说,核小体 = 组蛋白 + DNA(147bp)把组蛋白拆开来,它其实有八个部分来构成:组蛋白八聚体 = 2个H2B + 2个H2A + 2个H3 + 2个H4下面是检测到的组蛋白三维结构原创 2020-11-22 16:41:26 · 17879 阅读 · 3 评论