可视化技术
文章平均质量分 86
使用 R,Python,JavaScript 实现本地与在线可视化方法
白墨石
生物信息学在读博士,主要研究生信软件开发及数据库搭建,涉及机器学习,组学流程自动化,序列分析。
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详解 R 语言的PCA与TSNE的降维聚类
为了查看降维聚类的可视化效果,我们先用相似样本降维聚类,然后使用具有差异的样本查看聚类效果。同时使用 PCA 与 TSNE 来观察两种不同方法的聚类效果。文章目录一、相似样本的降维聚类1、载入所需的包2、构建两个相似样本数据集3、绘制热图4、绘制PCA5、绘制TSNE二、差异样本的降维聚类1、构建第三个具有差异的数据集2、绘制热图3、绘制PCA4、绘制TSNE全部代码一、相似样本的降维聚类1、载入所需的包rm(list=ls())library(pheatmap)library(Rtsne)原创 2021-04-22 10:49:45 · 5060 阅读 · 0 评论 -
最新最全 VSCODE 插件推荐(2024版)
文章目录一、主题及图标GitHub ThemeMaterial ThemeMaterial Icon Themevscode-icons二、功能强化settings syncwakatimePolacodeChinese (Simplified) Language Pack for Visual Studio Code三、Git 集成插件GitHub Pull requestsGit GraphCodeStream: GitHub, GitLab, Bitbucket PRs and Code Review原创 2021-02-20 11:38:07 · 396719 阅读 · 90 评论 -
R 数据可视化 03 | 圈图
文章目录一、环境需求R 及 Rstudio 的安装配置RCircos安装二、绘制圈图0.载入包1.绘制人染色体圈图2.绘制基因5.绘制折线图6.绘制网络图7.添加和弦图三、导出PDF成品预览:一、环境需求R 及 Rstudio 的安装配置一步一步安装及配置R及Rstudio(详细图文)RCircos安装options()$BioC_mirroroptions(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")options()$BioC_mir原创 2020-07-19 16:33:10 · 3844 阅读 · 2 评论 -
G2 基础教程
G2 图表组成简介为了更好得使用 G2 进行数据可视化,我们需要了解 G2 图表的组成以及相关概念。完整的 G2 图表组成如下图所示:坐标轴 AXES每个图表通常包含两个坐标轴,在直角坐标系(笛卡尔坐标系)下,分别为 x 轴和 y 轴,在极坐标轴下,则分别由角度和半径 2 个维度构成。每个坐标轴由坐标轴线(line)、刻度线(tickLine)、刻度文本(label)、标题(title)以及网格线(grid)组成。查看 Axis 教程获取更多信息。图例 LEGEND图例作为图表的辅助元素转载 2020-07-15 21:15:36 · 7529 阅读 · 1 评论 -
生命可以用更少的氨基酸编码蛋白质吗?
蛋白质是生命活动的主要承担者,生命进化最终都会体现在蛋白质的功能的多样化上。蛋白质是由20种氨基酸编码的,相比于ATGC的DNA遗传编码信息,氨基酸字母表显示出极大地复杂性和多样性。这就产生了一系列非常有趣的问题:生命为什么会选择20种氨基酸作为标准字母表?更少的氨基酸能否组成或满足一个蛋白质执行功能的基本组成单元?我们能否用更少的氨基酸创造出摆脱当前遗传法则,设计更为独特的生命?一、氨基酸约化理论上,具有相似性质、原子排列或频率分布的天然氨基酸可以被合并,并用更小数量的约化字母表来表示编码的氨基酸,原创 2020-06-17 21:42:39 · 1785 阅读 · 3 评论 -
一步一步安装及配置 Node.js 与 NPM
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如何绘制全球新冠病毒疫情动态分布图
目前新型冠状病毒疫情已经蔓延到全球,截止北京时间8日上午9时,全球确诊140万人,其中美国确诊人数超40万人,正如局座所说这次疫情不亚于第三次世界大战。大家除了注意全球疫情动态,更要注重个人防护,避免给国家添乱。利用数据的时序性分析对于疫情分布和控制具有指导意义,也可以使大家直观的看到疫情的发展趋势。下面是从2020年1月22日起到2020年4月8日的世界各国疫情数据绘制的确诊,治愈,死亡人数动...原创 2020-04-09 12:12:59 · 7551 阅读 · 8 评论 -
Pycharm 中安装及使用 Jupyter (图文详解)
在 Pycharm 中安装及使用 Jupyter (图文详解)文章目录在 Pycharm 中安装及使用 Jupyter (图文详解)一、材料二、安装 Jupyter三、配置 Jupyter四、使用 Jupyter1. 使用 Cell2. 使用 jupyter MarkdownPycharm 更新了对 Jupyter 的功能支持,结合 IntelliJ 的自动补全代码,自动格式化代码,执行调试...原创 2020-03-28 09:15:35 · 59793 阅读 · 22 评论 -
R 数据可视化 02 | 火山图
R 数据可视化 02 | 火山图文章目录R 数据可视化 02 | 火山图一. 示例数据准备二. 环境需求三. 绘制火山图1. 火山图2. 标记基因的火山图四. 保存为图片五. 详细参数设置说明1. 设置工作目录2. 载入数据3. 设置阈值4.设置标记基因一. 示例数据准备下载:链接:https://pan.baidu.com/s/1tKR943efKOn7-TW_892KLg提取码:wbk...原创 2019-09-17 09:15:13 · 5632 阅读 · 8 评论 -
R 数据可视化 01 | 聚类热图
文章目录示例数据运行环境绘制聚类热图常规聚类热图绘制无分类信息热图无聚类热图分割聚类树热图多分组聚类热图分组调色显示文本去除描边字体相关调整聚类树高聚类方法选择保存为图片详细参数设置说明设置工作目录载入数据获取数据子集样本分类数据示例数据下载:链接:https://pan.baidu.com/s/1_b8swSkWDqIHZi6UwKaspA提取码:pll7文件说明示例数据,其中数据...原创 2019-09-08 20:49:54 · 21838 阅读 · 6 评论