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Python
文章平均质量分 61
Python
白墨石
生物信息学在读博士,主要研究生信软件开发及数据库搭建,涉及机器学习,组学流程自动化,序列分析。
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Python 中变量的多种复制方法(常规拷贝,浅拷贝,深拷贝)
常规拷贝大家常用的变量复制方法,用“=”就行。但是!但是!但是!在我们复制字典和列表时会和我们预想的不一致接下来,做个小实验常规拷贝在原始变量 x 的改变后,因为共用同一个内存地址,因此会直接放到被复制的变量 y 上,导致“不知情”的情况下导致 y 变量在没有操作的情况下改变。浅拷贝解决办法就是使用浅拷贝浅拷贝会将两个变量分别放在不同的内存地址,解决了常规拷贝的缺点。深拷贝但是,对于字典或列表中有嵌套的情况,浅拷贝同样不会生效。这时候就需要用的深拷贝。可以看到,深拷贝可以解决原创 2022-03-10 12:13:44 · 14191 阅读 · 6 评论 -
pip 报错:Can‘t connect to HTTPS URL because the SSL module is not available
windows:将 D:\Python\anaconda3\Library\bin 加入环境变量重启shellLinux:https://stackoverflow.com/questions/41328451/ssl-module-in-python-is-not-available-when-installing-package-with-pip3原创 2021-02-17 12:02:20 · 576 阅读 · 0 评论 -
Python 自动化提取基因的 CDS
文章目录一、环境准备及背景介绍二、Python 实现三、使用示例数据介绍1、提取单个基因CDS2、提取多个基因CDS2、提取全部基因CDS一、环境准备及背景介绍Python 开发环境:搭建 Python 高效开发环境: Pycharm + AnacondaBiopython 序列处理:生物信息中的 Python 02 | 用biopython解析序列示例 Genbank 数据:下载链接Genbank 数据介绍:生物信息中的Python 05 | 从 Genbank 文件中提取 CDS 等其他特征序原创 2020-12-21 09:59:27 · 4008 阅读 · 5 评论 -
Django 使用 ORM 操作数据库详解
ORM 是个啥?在python中的一个默认的编写规范是一切皆对象,这样做使得代码简洁,结构清晰,便于维护和重用代码,同时极大的提升开发效率。同样在操作数据库时,一般我们用SQL语句来实现操作,但是放在Python中是一串冗长的字符串,不利于调试和修改,更不符合上面提到的规范。所以,有大佬就提出ORM来替代原生的SQL语句,说白了ORM 就是要给缩写,代表着 对象-关系-映射简写全称中文OObject对象RRelational关系MMapping映射原创 2020-07-27 10:06:11 · 3698 阅读 · 0 评论 -
生命可以用更少的氨基酸编码蛋白质吗?
蛋白质是生命活动的主要承担者,生命进化最终都会体现在蛋白质的功能的多样化上。蛋白质是由20种氨基酸编码的,相比于ATGC的DNA遗传编码信息,氨基酸字母表显示出极大地复杂性和多样性。这就产生了一系列非常有趣的问题:生命为什么会选择20种氨基酸作为标准字母表?更少的氨基酸能否组成或满足一个蛋白质执行功能的基本组成单元?我们能否用更少的氨基酸创造出摆脱当前遗传法则,设计更为独特的生命?一、氨基酸约化理论上,具有相似性质、原子排列或频率分布的天然氨基酸可以被合并,并用更小数量的约化字母表来表示编码的氨基酸,原创 2020-06-17 21:42:39 · 1768 阅读 · 3 评论 -
在 Pycharm 中玩转 GitHub(图文详解)
文章目录一、Git 的诞生二、GitHub 的出生三、GitHub和Git 对我们来说有什么用?四、安装 Git五、本地 Git 关联 GitHub 远程仓库六、推送本地仓库到 GitHub七、将 GitHub 仓库克隆到本地八、参与 GitHub 项目一、Git 的诞生在1991年,大佬 Linus 构建了开源操作系统,并命名为 Linux,随后带领全世界计算机爱好者逐渐完善系统 。这个系统可能有人陌生,有人熟系。Linux 几乎渗透到我们生活的方方面面,比如是大部分网站应用数据与服务的载体。包括手原创 2020-06-03 22:01:58 · 5918 阅读 · 5 评论 -
Django REST框架 | 封装 Respose 类
文章目录一、封装二、调用三、测试接口一、封装可以发现在给客户端返回数据都有固定的格式,比如 json。我们为了减少重复代码,重写Response 类utils/response.pyfrom rest_framework.response import Responseclass APIResponse(Response): def __init__(self, data_status=0, data_msg='ok', results=None, http_status=None,原创 2020-05-23 18:05:35 · 954 阅读 · 0 评论 -
Django REST 框架详解 10 | 频率认证组件
文章目录一、频率组件二、自定义频率类1. 代码实现2. 接口测试一、频率组件通过分析源码了解频率认证组件的方法调用过程APIView 的 dispatch 中使用 initial 方法实现初始化并进行三大认证,第三步进行权限组件调用rest_framework/views.pyclass APIView(View): # ... # 定义默认频率类 throttle_classes = api_settings.DEFAULT_THROTTLE_CLASSES de原创 2020-05-21 19:35:28 · 460 阅读 · 0 评论 -
Django REST 框架详解 09 | 权限组件
文章目录一、权限组件1. 分析源码2. 全局配置权限3. 局部配置权限4. 接口测试二、自定义权限类1. 代码实现2. 测试接口一、权限组件1. 分析源码通过分析源码了解权限组件的方法调用过程APIView 的 dispatch 中使用 initial 方法实现初始化并进行三大认证,第二步进行权限组件调用rest_framework/views.pyclass APIView(View): # ... # 定义默认权限类 permission_classes = api_原创 2020-05-21 19:34:45 · 1055 阅读 · 0 评论 -
Django REST 框架详解 08 | 认证组件
文章目录一、认证组件1. 分析源码2. 全局配置认证二、自定义认证类1. 代码实现2. 接口测试一、认证组件1. 分析源码通过分析源码了解认证组件的方法调用过程APIView 的 dispatch 中使用 initial 方法实现初始化并进行三大认证,第一步就是认证组件rest_framework/views.pyclass APIView(View): # ... def initial(self, request, *args, **kwargs): # ..原创 2020-05-21 19:34:01 · 991 阅读 · 0 评论 -
Django REST 框架详解 07 | 三大认证与权限六表
文章目录一、三大认证1. 认证组件:校验用户2. 权限组件:校验用户权限3. 频率组件:限制视图接口被访问次数4. 分析源码二、权限六表1. RBAC 认证2. 权限三表3. 权限五表4. 权限六表三、六表间访问1. 分析源码2. 六表间访问方法3. 代码实现4. 脚本化启动查看表一、三大认证1. 认证组件:校验用户游客:无认证信息,校验通过,直接进入下一步权限认证校验合法用户:带正确认证信息,校验通过,将用户存储在 request.user 中,再下一步权限认证校验非法用户:带错误认证信息,校原创 2020-05-21 19:33:11 · 1006 阅读 · 2 评论 -
Django REST 框架详解 06 | 视图家族 Generics 与 Viewsets
文章目录一、Generics:工具视图1.群查与单增:ListCreateAPIView查看源码代码实现测试接口2.添加其他接口代码实现接口测试![mark](https://imgconvert.csdnimg.cn/aHR0cDovL2JhaW1vYy56aXB0b3AudG9wL2Jsb2cvMjAyMDA1MTkvZ0EwTld0eEthUGI1LnBuZw?x-oss-process=image/format,png)3.后续问题二、Viewsets:视图集1.简单使用查看源码![mark](ht原创 2020-05-19 19:22:27 · 885 阅读 · 0 评论 -
Django REST 框架详解 05 | 视图家族 Mixins
文章目录零、视图家族一、GenericAPIView:视图家族的基类二、Mixins:视图工具集1.群查查看源码代码实现测试接口2.单查查看源码代码实现测试接口3.单增查看源码代码实现测试接口4.单改查看源码代码实现测试接口零、视图家族Django REST framework 为了方便视图类的操作,构建了包括以下几种视图类和工具集:views:API视图generics:工具视图mixins:视图工具集viewsets:视图集一、GenericAPIView:视图家族的基原创 2020-05-19 19:20:36 · 827 阅读 · 0 评论 -
Django REST 框架的 FBV 与 CBV 选择
一、什么是 FBV与CBVFBV: function base viewviews.pyfrom django.shortcuts import render,HttpResponseimport jsondef users(request): user_list = { "name": "tom", "age":27 } return HttpResponse(json.dumps(user_list))urls.pyfro原创 2020-05-17 17:49:27 · 1376 阅读 · 0 评论 -
Django REST 框架详解 03 | 模型建立与表设计
文章目录一、设计表二、表关系1.表关系设置2.断开表关联三、级联操作1.CASCADE2.SET_NULL3.SET_DEFAULT4.DO_NOTHING四、Admin一、设计表假设需求,图书管理系统:Book: name, price, img, authors, publish, is_delete, create_timePublish: name, address, is_delete, create_timeAuthor: name, age, is_delete, create_ti原创 2020-05-17 16:53:19 · 562 阅读 · 0 评论 -
Django REST 框架详解 04 | 序列化与反序列化及二者整合
文章目录一、序列化1.步骤2.模拟场景3.模型构建4.序列化5.视图6.路由7.测试接口二、反序列化与验证1.反序列化2.视图3.测试接口三、序列化与反序列的整合1.视图2.路由3.接口测试一、序列化1.步骤model s.py,定义表与字段,及表关系serializes.py 中序列化与反序列化views.py 中写 get,post 等操作urls.py 定义路由2.模拟场景建立图书管理系统:表Book: name, price, img, authors, publish, is原创 2020-05-17 16:47:29 · 554 阅读 · 0 评论 -
Django REST 框架详解 02 | 设置与模块
一、设置setting.pyimport os# Build paths inside the project like this: os.path.join(BASE_DIR, ...)BASE_DIR = os.path.dirname(os.path.dirname(os.path.abspath(__file__)))# Quick-start development settings - unsuitable for production# See https://docs.dj原创 2020-05-17 16:38:59 · 504 阅读 · 0 评论 -
Django 的脚本化启动
一、脚本在项目中,新建script.py# django 脚本化启动import os, djangoos.environ.setdefault('DJANGO_SETTINGS_MODULE', 'def_proj01.settings')django.setup()二、使用示例一般用来做外部调用或者测试使用# django 脚本化启动import os, djangoos.environ.setdefault('DJANGO_SETTINGS_MODULE', 'def_pro原创 2020-05-17 16:35:19 · 800 阅读 · 0 评论 -
搭建 Python 高效开发环境: Pycharm + Anaconda
文章目录介绍安装 Pycharm安装 Anaconda配置使用其他使用技巧介绍Pycharm 是目前主流的 Python 开发集成开发环境,带有一整套可以帮助用户在使用Python语言开发时提高其效率的工具,比如调试、语法高亮、Project管理、代码跳转、智能提示、自动完成、单元测试、版本控制。总的来说,Pycharm 大大提高了编写 Python 时的效率和体验,用了之后就很难离开它了。...原创 2020-05-03 12:30:20 · 10775 阅读 · 4 评论 -
Pandas 修改单列,多列,Dataframe 数据类型方法汇总
文章目录1.修改单列的数据类型2.修改指定多列的数据类型3.创建dataframe时,修改数据类型4.读取时,修改数据类型5.自动1.修改单列的数据类型import pandas as pdimport numpy as npdf = pd.read_csv('test.csv')df['column_name'] = df['column_name'].astype(np.str)...原创 2020-04-17 11:01:14 · 26638 阅读 · 0 评论 -
Pycharm 中安装及使用 Jupyter (图文详解)
在 Pycharm 中安装及使用 Jupyter (图文详解)文章目录在 Pycharm 中安装及使用 Jupyter (图文详解)一、材料二、安装 Jupyter三、配置 Jupyter四、使用 Jupyter1. 使用 Cell2. 使用 jupyter MarkdownPycharm 更新了对 Jupyter 的功能支持,结合 IntelliJ 的自动补全代码,自动格式化代码,执行调试...原创 2020-03-28 09:15:35 · 59189 阅读 · 22 评论 -
如何在 Pycharm 中高效使用 R 语言 (图文详解)
文章目录一、材料二、安装1.Pycharm 安装2.R 安装3.插件安装三、新建 R 项目四、新建R文件四、R文件头信息设置五、R包管理工具六、使用 R Markdown最新的 Pycharm 大量更新了对 R 的功能支持,在 IntelliJ 的大名加持下,拥有自动补全代码(最新加入了机器学习的新特性),自动格式化代码,版本控制,以及大量的插件支持。让你在高颜值环境下,高效编写代码,同时支持...原创 2020-03-24 11:58:04 · 19707 阅读 · 26 评论 -
Pycharm 自动为脚本文件添加作者信息
如图所示进入设置页面文件头信息设置${PROJECT_NAME} 项目名称${PRODUCT_NAME} IDE的名称${NAME} 文件名称${USER} 用户的登录名${DATE} 日期${TIME} 时间${YEAR} 年${MONTH} 月${DAY} 日${HOUR} 时${MINUTE} 分...原创 2019-11-13 11:02:14 · 1288 阅读 · 0 评论 -
Scrapy中文乱码解决
一、得到html编码方式,一般有:utf-8,GBK,GB2312方法一:查看标签meta中属性charset的值方法二:chardet查看1. 安装chardet:$ pip install chardet2. 代码:chardet.detect(string)二、转换:GBK,GB2312转urf-8gbkContent = response.body.de原创 2017-01-20 10:33:46 · 1810 阅读 · 0 评论 -
Scrapy报错及解决方案集锦
报错:Unable to find vcvarsall.bat原因:缺少VC环境解决:https://www.microsoft.com/en-us/download/confirmation.aspx?id=44266下载安装Microsoft Visual C++ Compiler for Python 2.7报错:'openssl/opensslv.h': No su原创 2017-01-16 10:31:00 · 4332 阅读 · 0 评论 -
Python库文件安装
1. pip安装$ pip install request2. 手动安装由于有墙的原因,有时候pip不灵,解决:进入:http://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/Ctrl + F 找到要安装的whl包,下载修改后缀名whl为zip,解压将里面的内容复制到Python目录下的Lib目录原创 2017-01-17 11:20:24 · 573 阅读 · 0 评论 -
Linux 安装lxml及各种问题的解决
安装系统:CentOS,redHat步骤:1.安装pip,已安装请忽视wget --no-check-certificate https://github.com/pypa/pip/archive/1.5.5.tar.gztar zvxf 1.5.5.tar.gzcd pip-1.5.5/python setup.py install2.安装依赖库,已安装请忽视原创 2016-05-06 10:38:24 · 5480 阅读 · 0 评论 -
Python 字符操作记录
# coding=utf-8string = '''Hi,I`m Tom.Hello,I`m Jerry.'''s1 = "Hi,I`m Tom."s2 = "Hello,I`m Jerry."mlist = ['Hi', 'I`m Boss.']res = ','print "-------------------------------------"print "字符串原创 2016-05-02 10:52:58 · 449 阅读 · 0 评论 -
Python 文件及文件夹操作记录
# coding=utf-8import os, sys# 文件目录的斜杠,使平台无关print os.sep# 回到上级目录print os.path.pardirprint os.path.join(os.path.dirname("__file__"), os.path.pardir)# -----------------------------------------原创 2016-05-02 10:46:40 · 672 阅读 · 0 评论 -
Python 文件读写操作记录
# coding=utf-8import os# 此文件只为记录方法,不可直接执行# read ++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++file_name = "test.txt"file_path = os.getcwd() + os.sep + "data" + os.sep + file_namefile_obj原创 2016-05-02 10:40:07 · 1108 阅读 · 0 评论 -
Python 文件读写
1.open使用open打开文件后一定要记得调用文件对象的close()方法。比如可以用try/finally语句来确保最后能关闭文件。file_object = open('thefile.txt')try: all_the_text = file_object.read( )finally: file_object.close( )转载 2016-04-29 18:53:57 · 552 阅读 · 0 评论 -
Sublime 常用插件包
EncodingHelper显示设置文件编码AllAutocomplete搜索所有打开文件来找匹配提示词Terminal打开当前文件所在目录的CMD,快捷键 Ctrl + Shift + TColorPicker颜色选择器DocBlocker代码注释WebInspector强大的JavaScript调试工具EmmetHTML + CSS 工具原创 2016-03-21 11:25:17 · 1224 阅读 · 0 评论 -
PyCharm自动添加文件头注释
位置:File->settings->Editor->File and Code Templates->Python Script在右上的输入框添加:#!/usr/bin/env python# -*- coding: utf-8 -*-# @Time : ${DATE} ${TIME}# @Author : Baimo# @Site : ${SITE}#原创 2017-01-20 16:14:24 · 849 阅读 · 0 评论 -
Python使用技巧集合
Python使用技巧集合目录Python使用技巧集合enumerate遍历可迭代对象生成器创建列表字典集合强制浮点数除法if 结构简化字符串逆序交换变量enumerate遍历可迭代对象iterable = list('Hello World!')for i, item in enumerate(iterable): print i, item# 同时参数二可以指定开始索引fo原创 2017-10-23 15:12:47 · 502 阅读 · 0 评论 -
Pandas 速查表 (2023版)
数据读写数据创建数据查看数据操作数据提取数据筛选数据统计操作数据表结构数据表合并数据读写 代码 作用 df = pd.DataFrame(pd.read_csv(‘input.csv’,header=1)) 读取csv df = pd.DataFrame(pd.read_excel(‘input.xlsx’)) 读取xlsx...原创 2018-04-06 16:52:25 · 3118 阅读 · 0 评论 -
PyCharm + Git + Github 搭建版本控制环境
安装Git下载https://git-scm.com/download/win安装,这里需要记住安装目录,比如D:\Program Files\Git原创 2019-07-29 10:08:42 · 611 阅读 · 0 评论 -
Conda 安装使用图文详解(2024版)
图文详解 Conda 开源包管理系统和环境管理系统 ,包括多种语言的包安装,运行,更新,删除,最重要的是可以解决包依赖问题支持语言包括 Python,R,Ruby,Lua,Scala,Java,JavaScript,C / C ++,FORTRAN支持在Windows,macOS和Linux上运行Conda可以构建不同的环境,同时可以对环境进行保存,加载和切换操作conda包和环境管理器包含在所有版本的Anaconda和Miniconda中。原创 2019-03-26 19:41:00 · 112160 阅读 · 17 评论 -
Pycharm 远程开发调试环境搭建(图文详解)
文章目录配置远程目录配置远程环境配置Python Console 和 Shell Terminal配置远程目录打开Tools -> Deployment -> Configuration点击左上角+新建一个远程连接填写连接名和连接协议填写远程连接参数设置编码格式UTF-8填写本地与远程目录,需要注意的是这里的远程目录是相对上一步的Root...原创 2019-03-18 11:45:17 · 4109 阅读 · 0 评论 -
生物信息中的Python 03 | 自动化操作NCBI
相信大家在上一文中下载fasta的时候还没有感觉到下载是多么复杂,但是对于分析比对多个序列文件时,这个工作量说多了都是泪。比如,老板让你比对自己测定序列与 NCBI 库中序列,并构建相应的进化树,而这个序列需要大于100条。我想你的心情不会和下载一条序列时那么平静,那么,接下来通过BioPython提供的接口来实现快速的自动化序列下载。一、Entrez 库1.1 Entrez 介绍Entr...原创 2019-03-13 22:12:15 · 5678 阅读 · 1 评论 -
生物信息中的Python 04 | 批量下载基因与文献
相信 Entrez 的强大是有目共睹的,BioPython 将它几乎所有操作都封装为方法,使我们可以更加方便的利用这个强悍工具。对于分析比对多个序列文件时的工作量说多了都是泪。比如,老板让你比对自己测定序列与 NCBI 库中序列,并构建相应的进化树,而这个序列需要大于100条。我想你的心情不会和下载一条序列时那么平静,那么,接下来通过BioPython提供的接口来实现快速的自动化序列下载。一、自...原创 2019-03-13 22:14:05 · 8364 阅读 · 3 评论