R
文章平均质量分 82
R
白墨石
生物信息学在读博士,主要研究生信软件开发及数据库搭建,涉及机器学习,组学流程自动化,序列分析。
联系方式在左栏,欢迎学习交流,咨询提问 ^.^
展开
-
如何在 VSCODE 中高效使用 R 语言 (图文详解)
VSCODE 配置 R一、功能特性展示之前一直在用 Rstudio 来编写 R,也尝试用过 Pycharm 配置 R 环境。但是由于现在需求要同时满足 Python,R 和网站要同时开发,为了避免来回切换不同的IDE,重复配置,还有路径一堆麻烦事。今天我们先介绍在 VSCODE 中配置 R 环境,看看它有什么特性足以让我们更改自己习惯。1、绘图2、查看及搜索数据3、多行输出4、鼠标悬停,显示函数文档5、鼠标悬停,显示变量信息6、格式化代码二、材料vscodeRvscode原创 2021-02-17 20:43:39 · 34716 阅读 · 55 评论 -
R 数据可视化 03 | 圈图
文章目录一、环境需求R 及 Rstudio 的安装配置RCircos安装二、绘制圈图0.载入包1.绘制人染色体圈图2.绘制基因5.绘制折线图6.绘制网络图7.添加和弦图三、导出PDF成品预览:一、环境需求R 及 Rstudio 的安装配置一步一步安装及配置R及Rstudio(详细图文)RCircos安装options()$BioC_mirroroptions(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")options()$BioC_mir原创 2020-07-19 16:33:10 · 3824 阅读 · 2 评论 -
细胞周期预测 | 单细胞转录组(scRNA-seq)分析 03
文章目录一、介绍二、预处理三、获取细胞周期分数四、在数据缩放期间回归出细胞周期得分五、备用工作流程一、介绍前置知识:原创 Seurat 包图文详解 | 单细胞转录组(scRNA-seq)分析02使用Seurat包来运行,主要实现两个功能:通过marker基因计算细胞周期评分基于评分在预处理过程中,减轻单细胞转录组数据中细胞周期异质性影响二、预处理数据来自:http://www.bloodjournal.org/content/early/2016/06/30/blood-2016-05-7原创 2020-06-29 15:17:14 · 6461 阅读 · 1 评论 -
Seurat 包图文详解 | 单细胞转录组(scRNA-seq)分析02
Seurat 学习一、创建 Seurat 对象使用的示例数据集来自10X Genome 测序的 Peripheral Blood Mononuclear Cells (PBMC)。library(dplyr)library(Seurat)# Load the PBMC datasetpbmc.data <- Read10X(data.dir = "../data/pbmc3k/...原创 2019-11-06 21:38:53 · 20830 阅读 · 5 评论 -
如何在 Pycharm 中高效使用 R 语言 (图文详解)
文章目录一、材料二、安装1.Pycharm 安装2.R 安装3.插件安装三、新建 R 项目四、新建R文件四、R文件头信息设置五、R包管理工具六、使用 R Markdown最新的 Pycharm 大量更新了对 R 的功能支持,在 IntelliJ 的大名加持下,拥有自动补全代码(最新加入了机器学习的新特性),自动格式化代码,版本控制,以及大量的插件支持。让你在高颜值环境下,高效编写代码,同时支持...原创 2020-03-24 11:58:04 · 20247 阅读 · 26 评论 -
一步一步安装及配置R及Rstudio(详细图文)
文章目录一、R下载及安装1.下载2.安装二、Rstudio下载及安装1.下载2.安装3.配置一、R下载及安装1.下载https://cran.r-project.org/mirrors.html选择清华的TUNA镜像根据需要选择下载,以windows下载为例选择base点击下载2.安装确定Next选安装目录时候,需要注意没必要安...原创 2019-10-03 18:11:36 · 120748 阅读 · 36 评论 -
R 数据可视化 02 | 火山图
R 数据可视化 02 | 火山图文章目录R 数据可视化 02 | 火山图一. 示例数据准备二. 环境需求三. 绘制火山图1. 火山图2. 标记基因的火山图四. 保存为图片五. 详细参数设置说明1. 设置工作目录2. 载入数据3. 设置阈值4.设置标记基因一. 示例数据准备下载:链接:https://pan.baidu.com/s/1tKR943efKOn7-TW_892KLg提取码:wbk...原创 2019-09-17 09:15:13 · 5630 阅读 · 8 评论 -
R 数据可视化 01 | 聚类热图
文章目录示例数据运行环境绘制聚类热图常规聚类热图绘制无分类信息热图无聚类热图分割聚类树热图多分组聚类热图分组调色显示文本去除描边字体相关调整聚类树高聚类方法选择保存为图片详细参数设置说明设置工作目录载入数据获取数据子集样本分类数据示例数据下载:链接:https://pan.baidu.com/s/1_b8swSkWDqIHZi6UwKaspA提取码:pll7文件说明示例数据,其中数据...原创 2019-09-08 20:49:54 · 21838 阅读 · 6 评论 -
libgomp.so.1: version `GOMP_4.0' not found 或者libstdc++.so.6: version `CXXABI_1.3.8' not found 错误解决
报错/root/miniconda3/envs/chipseq/lib/R/bin/exec/R: /root/miniconda3/envs/chipseq/lib/R/bin/exec/../../lib/../../libgomp.so.1: version `GOMP_4.0' not found (required by /root/miniconda3/envs/chipseq/li...原创 2019-06-25 09:27:00 · 810 阅读 · 0 评论