Nexflow 工作流程系统控制甲基化分析MeRIPseqPipe的相关配置问题

1. Nextflow简介
   nextflow是一个可移植，可扩展，可重复的工作流程，它基于数据流编程模型 （dataflow programming model），简化并行和分布，兼容多个数据平台， 包括 local machine, HPC schedulers, AWS Batch, Azure Batch, Google Cloud Batch, and Kubernetes. 依赖软件环境可用用 Docker, Conda, Spack, Podman, Singularity.
2. 安装配置
   nextflow是一个java 包 (nextflow-22.10.6-all.jar )，需要依赖系统中的 java，根据不同的版本，java版本需要对应，最新的要求是 java version >1.8, JAVA_HOME和CLASSPATH需要配置，用下面的安装方法默认处理好一个可执行文件nextflow，可以用vim查看和修改。

curl -fsSL https://get.nextflow.io | bash                            #  默认安装最新版本
conda install -c bioconda nextflow

3. DSL兼容性问题
   不同版本nextflow的要求DSL语法版本（DSL1和DSL2，ref）,
   如果是安装他人的软件，语法已定，建议修改安装nextflow版本较好，甲基化流程MeRIPseqPipe是DSL1撰写，建议使用nextflow 22.10.6或之前版本**

nextflow版本使用NXF_VER设置，如 NXF_VER=20.04.0 nextflow run hello 运行脚本时直接设置。安装对应版本，需要首先执行，export NXF_VER="20.11.0-edge"； 然后运行

curl -fsSL https://get.nextflow.io | bash
NXF_VER="20.11.0-edge" nextflow run nf-core/rnaseq -profile test,docker -r 3.0 --outdir <OUTDIR>
# 版本更新
export NXF_EDGE=1
nextflow self-update

4. MeRIPseqPipe的相关配置问题
   以docker为例，下载docker镜像：

docker pull kingzhuky/meripseqpipe:dev
git clone https://github.com/canceromics/MeRIPseqPipe.git
nextflow run /path/to/MeRIPseqPipe --help  # //不需要安装

Reference:
6. reference1
7. reference2
8. reference3