Circos入门教程

1 Circos简介

Circos是一个非常酷炫的基因组数据可视化软件，能够将基因组数据映射到环形的基因组坐标上，用相互嵌套的环道来展示基因组数据，还可以通过连接线来呈现基因组区块之间的关系。Circos的开发者是一位加拿大的生物信息学家Martin Krzywinski，值得一提的是，他还是一位专业的摄影师。于是，科学和艺术的交融，催生了Circos这款强大的可视化软件，果真不懂艺术的码农不是好的生物学家。

自从Circos诞生以后，圈图就成了生物信息可视化的明星图形，不时见诸顶尖杂志的文章。尽管有意见认为，圈图表达的信息量太过全面，看似高端但是并没有太多用处，只是用来装门面而已。但是，不得不承认的是，圈图使得丰富多变的基因组数据的呈现，有了一个全景、优雅的解决方案。环形呈现数据的优势在于，它能够在有限的呈现面积上，展示尽可能多的序列属性和关联信息，以有限容纳无限，颇有芥子纳须弥的禅意。因而，Circos的实际应用，已经延伸到生物信息学领域之外，在金融、经济、政治、甚至考古等领域都有很多基于圈图的可视化结果。

2 Circos的安装

2.1 准备工作

由于Circos是基于perl语言开发的，所以perl语言编译器的安装是必须的（建议Perl 5.8.x及以上版本），除此之外还需要很多perl依赖模块，可以通过测试查看缺少哪些模块并安装。详细的准备要求可以见http://circos.ca/software/requirements/。

2.2 下载及解压

在Circos官网的下载页面（http://circos.ca/software/download/），可以找到Circos最新版的下载链接，其中circos-0.69-6.tgz是目前最新版的安装包，而circos-course-2017.tgz则是配套的教程数据。

wget http://circos.ca/distribution/circos-0.69-6.tgz
tar xvfz circos-0.69-6.tgz
cd circos-0.69-6

2.3 测试依赖模块

首先可以列出来Circos需要哪些依赖模块：

cd $PATH/circos-0.69-6/bin #$PATH是解压后circos文件夹的上级全路径
./list.modules

当然，这些依赖模块有些可能已经安装过了，重复安装比较浪费时间，所以可以直接运行一下Circos，看它的报错信息说缺少哪些模块，再一个个安装：

./circos -v

2.4 安装依赖模块

Perl模块的安装方法不再细讲。

2.5 安装GD模块
一般来讲，缺少的模块，大部分安装起来都比较顺利，可能有一个除外，就是GD。GD模块是一个图像相关的源码库，它需要很多前置的依赖包和依赖软件，我这里参考了一篇博文的方法进行安装，详见（http://starsyi.github.io/2016/05/31/%E9%9D%9Eroot%E7%94%A8%E6%88%B7perl-GD%E6%A8%A1%E5%9D%97%E7%9A%84%E5%AE%89%E8%A3%85/）。

2.6 测试
上面这些都安装完毕后，就可以尝试运行一下Circos:

./circos -v

如果不出现报错信息，一般就没有问题了。

3 认识Circos

3.1 Circos的运行

Circos的运行命令非常简单，在准备好输入数据和配置文件后，只需要一行简单的代码，就可以产生结果图，在软件目录$PATH/circos-0.69-4/example下有测试样例，任务执行脚本run中的核心命令是：

$PATH/bin/circos -conf circos.conf

运行一下之后，大约半分钟就会产生结果：

cd $PATH/circos-0.69-4/example
./run

产生的结果图有两个，其中circos.png是用来预览的位图文件，circos.svg是用来出版或者进一步加工的矢量图文件。

是不是看起来很简单？

这么酷炫的效果，当然不是这么容易就能实现的。所以，真正的工作量，都在输入数据的准备和配置文件的设计上。

3.2 Circos的配置结构

圈图中各个环道，是依赖一系列依赖调用的配置文件描述出来的，从底层的颜色等，到更高层的抽象，以及最终的元配置，构成了一个堆叠起来的配置文件金字塔。

Circos的配置文件后缀为.conf，内容是标记性文本格式的，类似于HTML或者XML，每个标签对代表一个配置块，起始标记为，终止标记为。配置块中的基本语法就是：

variable = value

一个简单的配置块：

<plots>
    type = line   #缩进不是必须的，只是方便查看而已
    thickness = 2
    ……
<plot>

每个标签对可以使用多次，或者相互嵌套。因此就像编程中的函数或者循环结构一样，有全局变量和局部变量的区分，高级的或者外层的变量对于层内的所有实例都是有效的，而层内的定义则是优先级最高的。例如，下面配置中的fill_color = blue对于对中所有实例都有效，除非实例内部自己用局部变量进行定义，如内部嵌套的第一个对中的fill_color = red：

<plots>
    fill_color = blue
    ……
    <plot>
        fill_color = red
        ……
    </plot>

    <plot>
        ……
    </plot>
</plots>

一些围绕同一个主题的重要配置块，可以另外单独写到一个配置文件中，再由其他的模块导入调用，所以理论上我们可以把所有的配置写在同一个文件中，也可以把每个配置块都分开到不同的文件中写，最后统一调用。

其中最基本的配置文件都放在$PATH/circos-0.69-4/etc下面，主要是：

Housekeeping.conf