RDKit | 基于RDKit的PandasTools加速数据分析

最新推荐文章于 2022-11-10 15:07:27 发布
最新推荐文章于 2022-11-10 15:07:27 发布
阅读量2k 收藏 7
点赞数 4
分类专栏： RDKit | 化学信息学与AI 文章标签： python RDKit 化学信息学 PandasTools
本文为博主原创文章，未经博主允许不得转载。
本文链接：https://blog.csdn.net/u012325865/article/details/104790363
版权
本文介绍了如何利用RDKit的PandasTools扩展在pandas DataFrames中处理化学数据，包括将Mol对象加载到DataFrame，从SDF和SMILES构造Mol对象，计算描述符，进行子结构搜索，提取Bemis/Murcko骨架，并将数据导出到文件。通过结合RDKit和pandas，可以高效地进行化学信息学分析。
摘要由CSDN通过智能技术生成

       

        从RDKit的基本用法中看到了化学信息学中使用的各种概念。大多数情况下，流程中处理的化合物数据存储在列表或字典类型变量中，该变量是python或numpy数组的基本数据类型。

        另一方面，在使用python进行数据科学和探索性数据分析中，主流是使用pandas Series和DataFrame数据类型。这次，将通过学习如何使用pandas DataFrames处理RDKit Mol对象来填补这一空白。

 

Pandas

        pandas是一个用于处理数据的python库，它是在python数据科学中心提供数据类型以及随之而

了解本专栏 订阅专栏 解锁全文 超级会员免费看
DrugAI
关注
专栏目录
订阅专栏
rdkit读取sdf、mol2 转换图片保存、sdf转smiles；PandasTools AddMoleculeColumnToFrame增加列图像展示及SaveXlsxFromFrame保存到表格
weixin_42357472的博客
10-14 4254
注意： 1、AddMoleculeColumnToFrame产生的格式 molCol='ROMol’不能为空 none不然保存会报错。参考：https://www.jianshu.com/p/c0df2942d8d1。
RDKit|搜索子结构时对侧链进行条件限制
12-21
通过这种方式，RDKit使我们能够灵活地在搜索子结构时加入特定的约束，从而更好地适应化学分析和计算的需求。这不仅提高了搜索的精确度，还为我们提供了更精细的控制，以满足各种复杂的化学问题。
TOOLS_Pandas根据日期列进行分组统计及绘图的使用示例
baby_hua的专栏
11-10 1334
导入所需要的库。
一.pandas的导入&读取
weixin_45371034的博客
09-08 1097
跟着KevinHooSCUT写的使用pandas读取excel学习的 学习pandas要先会导入，读取excel来返回DataFrame：dp.read_exce import pandas as pd import numpy as np #导入pandas库&numpy库 pd.read_excel(io, sheet_name=0, header=0, names=None, index_col=None, usecols=None, sq...
python找不到pandas.tools.plotting
水舞残枫的博客
04-09 6492
今天在写代码的时候，书上的from pandas.tools.plotting import scatter_matrix 一直标红显示没有tools这个包，我一度怀疑我的pandas没装全，于是就想重装一次，然而，可以使用这个from pandas.plotting import scatter_matrix。原来，在pandas0.19之后，把plotting提出来了。 写文...
利用rdkit将smiles转化为原子坐标键数据，并用正则表达式将数据提取
02-26
from rdkit import Chem from rdkit.Chem import AllChem # from rdkit.Chem import Draw import re # 读取 SMILES 字符串 smiles = "CC(=O)OC1=CC=CC=C1C(=O)O" # smiles = "C1=CC=CC=C1" mol = Chem.MolFromSmiles...
rdkit:RDKit库的官方资源
03-26
C ++中的核心数据结构和算法 使用Boost.Python生成的 用SWIG生成的Java和C＃包装器 2D和3D分子操作 用于机器学习的和生成 PostgreSQL分子数据库，支持子结构和相似性搜索以及许多描述符计算器 化学信息学节点 利用...
postgresql与rdkit
03-23
通过RDKit和PostgreSQL结合应用，可以高效地处理和分析化学信息数据，为化学和生物信息学研究提供有力的数据支持。 RDKit还提供了SWIG（Simplified Wrapper and Interface Generator）封装器，使得C++库可以被...
RDKit Documentation Release 2019.09.1.pdf
12-26
RDKit提供各种功能，如不同的化学I/O格式，包括SMILES/SMARTS，结构数据格式（SDF），Thor数据树（TDT），Sybyl线符号（SLN），mol2和蛋白质结构文件（PDB）。子结构搜索; 标准SMILES; 手性支持；化学转化；化学反应...
棉酚的结构衍生及构效关系研究进展
03-02
棉酚的结构衍生及构效关系研究进展，李玲，刘玉秀，棉酚具有广泛的生物活性，如避孕、抗癌、抗病毒等，引起了人们对它的深入研究。本文分为五个方面综述了以棉酚为先导的结构衍生物
RD kit官方指南
03-23
RDkit指南～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～
pandas io tools（使用python处理数据时候经常用到）
热门推荐
overstack的专栏
05-31 2万+
CSV & Text files The two workhorse functions for reading text files (a.k.a. flat files) are read_csv() and read_table(). They both use the same parsing code to intelligently convert tabular data in
RDKit|一站式搞定分子读取、输出、可视化
最会设计的科研狗
04-18 1万+
读取分子：读SMILES、读DataFrame、读取sdf、mol、mol2... 输出分子：输出SMILES、输出sdf、mol、pdb... 可视化：单独可视化、批量可视化、3D可视化...
RDKit | 通过分析活性化合物确定指标阈值
DrugAI
04-17 1425
RDKit | PD/PD-L1抑制活性 化合物指标分析 RDKit | 基于SSSR区分环状化合物和链状化合物
RDKit | 化合物亚结构搜索与结果输出
DrugAI
10-16 1810
环境 Python 3.6 RDKit 2019 方法 假定搜索目标化合物作为Mol字符串包含在称为mols的列表中。 可以在以下流程中执行部分结构搜索，并突出显示匹配化合物的匹配部分结构。 导入库 from rdkit.Chem import AllChem from rdkit.Chem import Draw, Descriptors from rdkit.Chem import...
RDKit | 比较分子之间的相似性
DrugAI
09-11 5405
比较分子之间的相似性 获取结构和数据，将SMILES转换为RDKit分子对象，然后比较相似性。 1.导入python模块 import numpy as np import pandas as pd import seaborn as sns import matplotlib as ...
RDKit | 基于SSSR区分环状化合物和链状化合物
DrugAI
03-31 2169
基于RDKit描述的SSSR概念进行相同的分类。 导入库 from rdkit import rdBase, Chem from rdkit.Chem import AllChem, Draw, Descriptors, PandasTools import pandas as pd 载入数据 df = pd.read_csv('PD1_inhibitor_dataset.csv') ...
RDKit|分子基础操作与药效团查找
最会设计的科研狗
05-23 4224
文章目录分子基础操作与药效团查找1.原子操作2.键操作3.环操作4.手动实现氧族药效团查找 分子基础操作与药效团查找 1.原子操作 在rdkit中，分子中的每一个原子都是对象，可以通过原子对象的属性和函数来获取各种信息。 对原子进行遍历：m.GetAtoms() 获取原子索引：GetIdx() 获取原子序号：GetAtomicNum() 获取原子符号：GetSymbol() 获取原子连接数（受H是否隐藏影响）：GetDegree() 获取原子总连接数（与H是否隐藏无关）：GetTotalDegree()
rdkit | 基于片段的分子生成(骨架a+骨架b
最新发布
04-30
RDKit是一种常用的分子仿真、分析和可视化工具，它可以对化学分子进行多种操作和计算。其中包括基于片段的分子生成，这也是RDKit在药物发现和化学合成中的一个重要应用。 基于片段的分子生成是指根据已知的分子结构...
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包

打赏作者

DrugAI

你的鼓励将是我创作的最大动力

¥1 ¥2 ¥4 ¥6 ¥10 ¥20
扫码支付：¥1
获取中
扫码支付

您的余额不足，请更换扫码支付或充值

打赏作者

实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值