RDKit|分子基础操作与药效团查找

分子基础操作与药效团查找

1.原子操作

在rdkit中，分子中的每一个原子都是对象，可以通过原子对象的属性和函数来获取各种信息。

• 对原子进行遍历：m.GetAtoms()
• 获取原子索引：GetIdx()
• 获取原子序号：GetAtomicNum()
• 获取原子符号：GetSymbol()
• 获取原子连接数（受H是否隐藏影响）：GetDegree()
• 获取原子总连接数（与H是否隐藏无关）：GetTotalDegree()
• 获取原子形式电荷：GetFormalCharge()
• 获取原子杂化方式：GetHybridization()
• 获取原子显式化合价：GetExplicitValence()
• 获取原子隐式化合价：GetImplicitValence()
• 获取原子总的化合价：GetTotalValence()
• …

>>> from rdkit import Chem
>>> m = Chem.MolFromSmiles('C1OC1')
>>> print('\t'.join(['id', 'num', 'symbol', 'degree', 'charge', 'hybrid']))
>>> for atom in m.GetAtoms():
>>>     print(atom.GetIdx(), end='\t')
>>>     print(atom.GetAtomicNum(), end='\t')
>>>     print(atom.GetSymbol(), end='\t')
>>>     print(atom.GetDegree(), end='\t')
>>>     print(atom.GetFormalCharge(), end='\t')
>>>     print(atom.GetHybridization())
id	num	symbol	degree	charge	hybrid
0	6	C		2		0		SP3
1	8	O		2		0		SP3
2	6	C		2		0		SP3

• 也可以通过索引获取原子：GetAtomWithIdx()

>>> print(m.GetAtomWithIdx(0).GetSymbol())
C

• 获取相连的原子：GetNeighbors()

>>> atom = m.GetAtomWithIdx(1)
>>> [x.GetAtomicNum() for x in atom.GetNeighbors()]
[6, 6]

2.键操作

同样，每一个键也都是对象，可以通过属性和函数来获取键的信息。

• 对键进行遍历：m.GetBonds()
• 获取键的索引：GetIdx()
• 获取键的类型：GetGetBondType()
• 以数字形式显示键的类型：GetBondTypeAsDouble()
• 是否为芳香键：GetIsAromatic()
• 是否为共轭键：GetIsConjugated()
• 是否在环中：IsInRing()
• 是否在n元环中：IsInRingSize(n)
• 获取起始原子：GetBeginAtom()
• 获取末尾原子：GetEndAtom()
• …

>>> m = Chem.MolFromSmiles('C=C-C=C')
>>> print('\t'.join(['id', 'type', 'double', 'aromic', 'conjug',