AmberTools25 发布

AmberTools25 于 2025 年 4 月 30 日 正式发布，本次版本包含以下主要模块与功能：

• antechamber 与 MCPB.py：用于构建有机小分子和金属中心的力场参数。

• tleap 与 parmed：Amber 模拟中的基础准备工具。

• sqm 与 Quick：半经验方法、DFTB 和从头算（ab initio）量子化学程序，可独立运行，也可用于 QM/MM 混合计算。

• pbsa：用于求解 Poisson–Boltzmann 模型的数值解。

• 3D-RISM：用于溶剂化的积分方程模型计算。

• sander：Amber 分子动力学模拟的核心程序。

• gem.pmemd：支持高级力场的工具。

• mdgx：扩展 Amber 分子动力学功能的程序，主要用于参数拟合，同时支持可定制虚拟位点与显式溶剂 MD。

• cpptraj 与 pytraj：用于轨迹结构与动力学分析。

• mmpbsa.py：基于能量的分子动力学轨迹分析工具。

• FEW（Free Energy Workbench）：自由能计算工作台，提供多种类型的自由能分析工具。

AmberTools25 可以通过 conda 获取与安装：

https://ambermd.org/GetAmber.php#ambertools

https://anaconda.org/conda-forge/ambertools