如何获取AmberTools23——1

AmberTools 是一个免费、实用的独立软件包，也是安装 Amber 本身的前提条件。
AmberTools 组件是免费的，其大部分组件都根据 GNU 通用公共许可证 (GPL) 发布。其中包含的一些组件属于公共领域，或采用其他开源许可证。libsander 和 libpbsa 库使用 LGPL 许可。

《参考手册》为 pdf 格式（http://ambermd.org/doc12/Amber23.pdf），包含在发行版中。它可以帮助您了解 AmberTools 是否满足您的需求。

选项 1：通过 conda 发布二进制版本
conda 软件包管理系统可以安装串行二进制（预编译）发行版。这应该适用于 Linux 和 MacOS 系统，对于许多用户来说可能已经足够。它提供了一种简单的方法来开始使用 AmberTools，并将其安装到许多工作流程中。它不提供并行或支持 GPU 的选项，如果您希望将 AmberTools 与 Amber 结合使用，则需要完整的源代码发行版。

安装步骤如下：

• 如果您尚未安装 conda，请访问 Miniconda 下载页面。
• 已安装 conda 的用户可能希望创建一个新的 conda “环境”，以避免与已安装的环境冲突。具体方法如下:

conda create --name AmberTools23
conda activate AmberTools23

(请注意，每次在新终端使用 AmberTools23 时都需要执行 "activate conda "步骤；将其添加到启动脚本中可能会比较合适。 如果只在 AmberTools 中使用 conda，则无需创建新环境）。

• 完成后，键入

conda install -c conda-forge ambertools=23

• AmberTools 会不时更新。要使您的 conda 软件包保持最新，请执行以下操作：

conda update -c conda-forge ambertools

感谢 Jaime Rodríguez-Guerra 率先开展这项工作。

选项 2：从 AmberTools22 源代码安装升级
如果您已经安装了 AmberTools22 源代码，请执行此操作：

cd amber22_src
./update_amber --upgrade

然后按照说明重新构建安装。

选项 3：获取 tar 格式的源代码
此路径是 AmberTools 的传统分发方式。AmberTools 以源代码格式发布，必须编译后才能使用。您需要 C、C++ 和 Fortran90 编译器。

要下载第 23 版 AmberTools 发行版，请填写下表并点击 "下载 "按钮。文件大小约为 543 MB，md5sum 为 073deadb3edfa96f86da91e3b070d2bc。

注：安装说明在《Amber 2023 参考手册》第 2 章。有关许多系统的更详细说明，请参阅操作系统特定要求页面。