【Conda】超详细的linux(centos)-conda环境安装教程

1. 前提

1.1 Conda简介

Conda是在Windows、macOS和Linux上运行的开源软件包管理系统和环境管理系统。可以快速安装、运行和更新软件包及其依赖项。可以轻松地在本地计算机上的环境中创建，保存，加载和切换。它是为Python程序创建的，但可以打包和分发适用于任何语言的软件。
  目前conda的发行版本分为anaconda、miniconda两种，安装了ananconda或miniconda的完整版，就默认安装了conda。anaconda会包含一些常用包的版本，miniconda则是精简版，两者安装均可

1.2 Conda作用

conda是一个辅助工具，由于其自带python版本，可主要用来进行python包管理、环境管理，在功能上可以看作是pip 和 vitualenv 的组合，同时也可以对常用的生信软件进行安装、卸载。
  比如，创建不同的环境work、test，你可以方便在不同集群环境中安装、卸载、升级、降级、不同的软件版本。例如把python3 + python2、R2.7 + R3.8分别安装在work、test虚拟环境下，这样你就可以在集群中使用不同版本的软件，即使它们两者之间无法同时存在、或相互冲突。

2. 软件准备

2.1 软件下载

下载地址：https://repo.anaconda.com/archive/index.html
根据自己的需要下载版本，我这里下载的是 Anaconda3-2024.06-1-Linux-x86_64.sh
在linux服务器上执行：wget -c https://repo.anaconda.com/archive/Anaconda3-2024.06-1-Linux-x86_64.sh
之后等待下载完成即可。

2.2 安装conda

在conda文件的目录下输入命令安装，一路回车，直到他要求输入yes，直到出现“Thank you for installing Anaconda3”表示完成。
执行：

bash Anaconda3-2024.06-1-Linux-x86_64.sh

注意：如出现“Press ENTER to confirm the location” 则 按回车键即可。

2.3 设置环境变量

配置环境变量,这里的export PATH填的是conda的bin文件地址，我是安装在home目录的所以是这样，前面一个命令是添加环境变量，后者是刷新bashrc

2.3.1 编辑文件（/etc/profile）

执行：

vim /etc/profile

在文件的末尾添加环境变量：export PATH=~/anaconda3/bin:$PATH

2.3.2 编辑文件（bashrc）

执行：

vim ~/.bashrc

在文件的末尾添加环境变量：export PATH=~/anaconda3/bin:$PATH

2.3.3 刷新环境变量

执行：

source /etc/profile
source ~/.bashrc

2.3.4 查看conda版本

conda -V

![在这里插入图片描述](https://i-blog.csdnimg.cn/direct/108ace7ef6294832b864b0bec5d7005a.png

3. 镜像源配置

3.1 conda配置

执行：

vim ~/.condarc

然后配置镜像，此处用的阿里云的镜像，可做参考：

channels:
  - http://mirrors.aliyun.com/anaconda/cloud/stackless
  - https://mirrors.aliyun.com/anaconda/cloud/simpleitk
  - https://mirrors.aliyun.com/anaconda/cloud/rdkit
  - https://mirrors.aliyun.com/anaconda/cloud/rapidsai
  - https://mirrors.aliyun.com/anaconda/cloud/qiime2
  - https://mirrors.aliyun.com/anaconda/cloud/pyviz
  - https://mirrors.aliyun.com/anaconda/cloud/pytorch3d
  - https://mirrors.aliyun.com/anaconda/cloud/pytorch-test
  - https://mirrors.aliyun.com/anaconda/cloud/pytorch
  - https://mirrors.aliyun.com/anaconda/cloud/psi4
  - https://mirrors.aliyun.com/anaconda/cloud/plotly
  - https://mirrors.aliyun.com/anaconda/cloud/omnia
  - https://mirrors.aliyun.com/anaconda/cloud/ohmeta
  - https://mirrors.aliyun.com/anaconda/cloud/numba
  - https://mirrors.aliyun.com/anaconda/cloud/msys2
  - https://mirrors.aliyun.com/anaconda/cloud/mordred-descriptor
  - https://mirrors.aliyun.com/anaconda/cloud/menpo
  - https://mirrors.aliyun.com/anaconda/cloud/matsci
  - https://mirrors.aliyun.com/anaconda/cloud/intel
  - https://mirrors.aliyun.com/anaconda/cloud/idaholab
  - https://mirrors.aliyun.com/anaconda/cloud/fermi
  - https://mirrors.aliyun.com/anaconda/cloud/fastai
  - https://mirrors.aliyun.com/anaconda/cloud/dglteam
  - https://mirrors.aliyun.com/anaconda/cloud/deepmodeling
  - https://mirrors.aliyun.com/anaconda/cloud/conda-forge
  - https://mirrors.aliyun.com/anaconda/cloud/caffe2
  - https://mirrors.aliyun.com/anaconda/cloud/c4aarch64
  - https://mirrors.aliyun.com/anaconda/cloud/bioconda
  - https://mirrors.aliyun.com/anaconda/cloud/biobakery
  - https://mirrors.aliyun.com/anaconda/cloud/auto
  - https://mirrors.aliyun.com/anaconda/cloud/Paddle
  - https://mirrors.aliyun.com/anaconda/pkgs/r
  - https://mirrors.aliyun.com/anaconda/pkgs/msys2
  - https://mirrors.aliyun.com/anaconda/pkgs/main
  - https://mirrors.aliyun.com/anaconda/pkgs/free
show_channel_urls: true
 
ssl_verify: true
allow_conda_downgrades: true

3.2 pip配置

mkdir ~/.pip
cd ~/.pip/
vim pip.conf

然后配置镜像：

[global] 
index-url = http://mirrors.aliyun.com/pypi/simple/ 
[install] 
trusted-host=mirrors.aliyun.com

此时conda环境已经安装完成！

4. conda使用

4.1 创建虚拟环境

conda create -n testconda python==3.10

4.2 进入创建的环境

conda activate testconda 

4.3 安装项目依赖

pip install -r  requirements.txt

4.4 常用命令

# 创建虚拟环境
conda create -n name python==3.9
 
# 激活环境
conda activate name
 
# 退出环境
conda deactivate
 
# 查看虚拟环境
conda info --envs
 
# 删除虚拟环境
conda remove -n name --all
 
 
# 删除所有的安装包及cache(索引缓存、锁定文件、未使用过的包和tar包)
conda clean -y --all
 
# 删除pip的缓存
rm -rf ~/.cache/pip 

5. 问题解决

评论区有很多同学报404，经热心同学提醒，可以看一下这个处理方式：

conda config --show channels

添加清华镜像源：

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/pytorch/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/msys2/

conda config --set show_channel_urls yes

conda config --set show_channel_urls yes的意思是从channel中安装包时显示channel的url，这样就可以知道包的安装来源了。输入conda config --show channels查看一下是否添加成功。

如果你想要移除已有的channels或者设置search channels，可以使用以下命令：

移除channels：

 conda config --remove channels <channel_name>

查看当前配置：

conda config --show

如果想要恢复conda默认的channels设置，可以使用以下命令：

conda config --remove-key channels

设置search channels：

conda config --set show_channel_urls yes

6. 帮助

6.1 禁止Conda默认进入base环境

执行：conda config --set auto_activate_base false
如果反悔了，还是希望base一直留着，通过conda config --set auto_activate_base true来恢复