mjiansun的专栏

转载 pip安装软件时出现Command "python setup.py egg_info" failed with error code 1 in /tmp/pip-build*的解决方案

pip安装软件时出现：Command "python setup.py egg_info" failed with error code 1 in /tmp/pip-build-*(其中×与要安装的软件有关)比如安装pip install pyparsing==1.5.7出现以下错误： Command "python setup.py egg_info" failed with error c...

原创 【HRnet】High-Resolution Representations for Labeling Pixels and Regions论文及代码理解

目录安装环境下载数据执行训练文件详解训练代码（以下我只讲关键部分，请自行对照源码进行理解）cfg参数解析logger相关设置cuda相关设置创建模型（这里稍后有一段详解，就先一笔带过）tensorboards保存模型这段我也不清楚为什么要这么做(备份嘛？)读取数据损失函数加入损失构筑新模型优化器迭代计数+模型恢复模型训练和验...

转载 【Pytorch】error=63 : OS call failed or operation not supported on this OS

CUDA IPC 业务THCudaCheck FAIL file=torch\csrc\generic\StorageSharing.cpp line=252 error=63 : OS call failed or operation not supported on this OSWindows 不支持此类业务。就像在 CUDA 张量上进行多进程处理一样无法成功，有两种方法可供选择...

转载 【Python】函数式编程apply()

然而，由于目前的Python中，已经可以在函数调用中使用非关键字参数和关键字参数作为可变长参数调用，apply()已经被从Python1.6开始被摒弃淘汰。介绍这两个内建函数主要是为了后面介绍map()和reduce()做准备，其中apply()已经被有效取代，filter()部分可由列表解析list comprehension代替。函数格式为：apply(func,*args,**k...

转载 【PyTorch】torch.cat

1. 字面理解：torch.cat是将两个张量（tensor）拼接在一起，cat是concatnate的意思，即拼接，联系在一起。2. 例子理解>>> import torch>>> A=torch.ones(2,3) #2x3的张量（矩阵） >>> Ate...

原创 yacs的使用

例一新建一个experiment.yaml的文件# my_project/experiment.yamlSYSTEM: NUM_GPUS: 2TRAIN: SCALES: (1, 2)然后新建一个python文件from config import get_cfg_defaults# local variable usage pattern, or:# from...

转载 Focal Loss

Focal Loss 论文：https://arxiv.org/abs/1708.02002Focal Loss论文讲解：https://blog.csdn.net/u014380165/article/details/77019084Focal Loss 的Pytorch 实现以及实验：https://zhuanlan.zhihu.com/p/28527749Focal Loss 的...

转载 CAMELYON乳腺病理组织图像处理方式

参考链接：https://github.com/ilikewind/CAMELYON

转载 Label-Smoothing

论文：Rethinking the Inception Architecture for Computer Vision 个人理解：就是让softmax不那么相信某一类的数据，增强泛化性。主要操作就是，在制作标签的时候，属于那一类就让网络90%相信他，其他10%平均相信其他人。和focalloss的想法不太一样，focalloss是让分错的东西对网络多做点贡献，学的比较...

转载 【Python-Opencv】cv2.fillPoly为非凸任意形状填充，cv2.fillConvexPoly为凸填充

cv2.fillConvexPoly（他只能处理凸的图形）官方文档：The function fillConvexPoly draws a filled convex polygon. This function is much faster than the function fillPoly . It can fill not only convex polygons but any mo...

转载 【Python】OpenCV boundingRect、minAreaRect、minEnclosingCircle、boxPoints、int0、circle、rectangle函数的用法

https://www.cnblogs.com/gengyi/p/10317664.html#_label01 cv2.boundingRect 2 cv2.minAreaRect 2.1 附1 : cv2.boxPoints 2.2 附2：int0 3 cv2.minEnclosingCircle 3.1 附1：cv.circle() 4 cv2.rectangle 5 全代码...

转载 【Python】OpenCV轮廓检测

https://blog.csdn.net/sunny2038/article/details/12889059

转载 【Python】OpenCV形态学处理

定义结构元素形态学处理的核心就是定义结构元素，在OpenCV-Python中，可以使用其自带的getStructuringElement函数，也可以直接使用NumPy的ndarray来定义一个结构元素。首先来看用getStructuringElement函数定义一个结构元素：element = cv2.getStructuringElement(cv2.MORPH_CROSS,(5,5)...

转载 【Python】opencv中的cv2.getStructuringElement()

cv2.getStructuringElement( ) 返回指定形状和尺寸的结构元素。这个函数的第一个参数表示内核的形状，有三种形状可以选择。矩形：MORPH_RECT;交叉形：MORPH_CROSS;椭圆形：MORPH_ELLIPSE;第二和第三个参数分别是内核的尺寸以及锚点的位置。一般在调用erode以及dilate函数之前，先定义一个Mat类型的变量来获得getSt......

转载 【Opencv】二值化的cv2.threshold函数

（一）简单阈值简单阈值当然是最简单，选取一个全局阈值，然后就把整幅图像分成了非黑即白的二值图像了。函数为cv2.threshold()这个函数有四个参数，第一个原图像，第二个进行分类的阈值，第三个是高于（低于）阈值时赋予的新值，第四个是一个方法选择参数，常用的有：• cv2.THRESH_BINARY（黑白二值）如果 src(x,y)>threshold ,dst(x,y) =...

转载 查看已安装tensorflow版本

由于tensorflow版本不同,可能一些函数的调用也有变换,这时候可能需要查看tensorflow版本,可以在终端输入查询命令如下:pythonimport tensorflow as tftf.__version__查询tensorflow安装路径为:tf.__path__查询结果如下:...

转载 免疫组化和HE染色的区别

1、免疫组化染色是用一抗与被检测组织中目的蛋白抗原结合，然后HRP等标记的二抗与一抗进行结合，最后通过DAB显色反应，进而确认所要检测蛋白抗原的定位、半定量等目的。2、HE染色是用苏木素和伊红分别染上胞核和胞浆，可以区分出一般细胞的形态，在实际应用中可以鉴定组织细胞坏死、水肿、变性和炎性细胞浸润等异常病理学改变，在临床上是诊断恶性肿瘤和肿瘤的很好的方法。3、免疫组化染色和HE染色的不同之处可能...

转载 信息量与熵

目录熵和信息的定义信息量获取的三种手段（本质都是正确的调整每个可能情况的概率）相关例子信息的性质相关例子概率和熵的不同无效信息情况易出现的概念偷换熵的由来举例信息熵普遍形式至此，我做一个简单的比较例子，下面所举例子的总前提：一个选择题，他有四个选项，正确答案是C，但小明在做这道选择题时，完全不知道这道题该怎么做，他选择ABCD选项的概...

转载 GAN学习

WGAN,LSGAN,WGAN-GP,BEGAN等https://blog.csdn.net/qq_25737169/article/details/78857788虽然得出的结论是没有明显的证据说明其他GAN比原始GAN好，但是我想说，有本事你用原始GAN生成一个2K的高清图给我看看，此时BEGAN和PG-GAN相视一笑，默默不说话。大部分情况来说，还是wgan-gp用的更多一些。生成高...

原创 Clinical-grade computational pathology using weakly supervised deep learning on whole slide images

论文：链接：https://pan.baidu.com/s/1eUQt4h6lvRYGVfe9QoEQAw提取码：pgte代码：https://github.com/MSKCC-Computational-Pathology/MIL-nature-medicine-2019数据：https://github.com/ThoroughImages/CAMELMIL_train文件...

转载 【Numpy】numpy.lexsort()

numpy.lexsort()numpy.lexsort() 用于对多个序列进行排序。把它想象成对电子表格进行排序，每一列代表一个序列，排序时优先照顾靠后的列。这里举一个应用场景：小升初考试，重点班录取学生按照总成绩录取。在总成绩相同时，数学成绩高的优先录取，在总成绩和数学成绩都相同时，按照英语成绩录取…… 这里，总成绩排在电子表格的最后一列，数学成绩在倒数第二列，英语成绩在倒数第三列。...

转载 【PyTorch】中 tensor.detach() 和 tensor.data 的区别

PyTorch0.4中，.data 仍保留，但建议使用 .detach(), 区别在于 .data 返回和 x 的相同数据 tensor, 但不会加入到x的计算历史里，且require s_grad = False, 这样有些时候是不安全的, 因为 x.data 不能被 autograd 追踪求微分 。 .detach() 返回相同数据的 tensor ,且 requires_grad=False...

转载 【ROC包】分析与可视化ROC——plotROC、pROC

在【r<-绘图|ROC】ROC的计算与绘制这篇文章中我讲了ROC曲线的本质以及如何计算和绘制ROC曲线。注意，我这里谈到的ROC并未曾涉及机器学习模型的拟合与预测，而是指存在一组真实的连续型数值数据设定阈值的不同对响应变量（二分类）的影响（真阳性率、假阳性率）。这一篇文章我们学习两个跟ROC相关的R包：plotROC - Generate ROC Curve Charts for P...

转载 【Python】List extend()方法

描述extend() 函数用于在列表末尾一次性追加另一个序列中的多个值（用新列表扩展原来的列表）。语法extend()方法语法：list.extend(seq)参数seq -- 元素列表。返回值该方法没有返回值，但会在已存在的列表中添加新的列表内容。实例以下实例展示了 extend()函数的使用方法：#!/usr/bin/pythonaList =...

原创 生活中自己思考的关于概率的例子

自己思考的例子：比如英语的完型填空题，一共20个选择题，每个选择题4个选项，只对5个的概率是多少？我的第一反映就是他是一个无序的问题，那么随机从中抽5个正确的，其余都是错误的，那么概率就为其中这个C5（上标）20（下标）的计算方法为（20*19*18*17*16）/（5*4*3*2*1），这个计算方法应该高中就会了。那么正确的不少于5个概率是多少？5个对的概率是上...

转载 数学：全概率公式和贝叶斯公式（先验概率，后验概率）

通常称各“原因”的概率称为先验概率，“结果”B发生的条件下各“原因”的概率称为后验概率，前者往往是根据以往的经验确定的一种主观概率，而后者是在结果B发生之后对原因的重新认识。也就是说，贝叶斯公式就是利用先验概率去求后验概率。...

转载 cmd 出现"The system cannot write to the specified device"问题时如何解决

今天在cmd环境下，执行了最简单的dir命令结果出现了下面的错误The system cannot write to the specified device.百度了一下，说要修改注册表什么的，其实完全没有必要这么费事。出错的原因是因为cmd命令行窗口的编码格式不对使用chcp查询了一下，发现是65001，表明是UTF-8的格式对应方法改成你的系统对...

转载 全视野数字切片（whole slide images, WSIs）的预处理，KFB,SVS,NDPI

https://blog.csdn.net/weixin_41787032/article/details/79782472https://github.com/mjiansun/kfb2svs

转载 【DOS】通过for命令截取字符串

在For命令语句的参数F中，最难理解的就是Delims和Tokens两个选项，本文简单的做一个比较和总结。“For /f”常用来解析文本，读取字符串。分工上，delims负责切分字符串，而tokens负责提取字符串。如果把字符串当作蛋糕，Delims像刀子，用来切蛋糕，tokens像叉子，用来取切好的蛋糕。下面我们用实例来进行理解。把以下内容保存为文本文件“歌曲列表.txt”，注意扩展...

转载 【DOS】接受用户输入参数

echo 请输入创建无线网的用户名 set OP1=set /p OP1=请输入用户名：echo --------------------------------------------echo 请输入创建无线网的密码 set OP2=set /p OP2=请输入密码：echo 请稍候......echo ------------------------------------...

转载 【DOS】echo中文乱码

@echo offREM 声明采用UTF-8编码chcp 65001echo testecho 中文测试pause

转载 【DOS】dir列出文件夹文件名称的方法

总方法显示目录中的文件和子目录列表。DIR [drive:][path][filename] [/A[[:]attributes]] [/B] [/C] [/D] [/L] [/N] [/O[[:]sortorder]] [/P] [/Q] [/R] [/S] [/T[[:]timefield]] [/W] [/X] [/4] [drive:][path][file...

转载 【DOS】批处理dos下获取当前路径命令

echo 当前盘符：%~d0echo 当前盘符和路径：%~dp0echo 当前批处理全路径：%~f0echo 当前盘符和路径的短文件名格式：%~sdp0echo 当前CMD默认目录：%cd%pause

转载 肿瘤的分型、分级和分期

分型：肿瘤从什么细胞变化过来的，就是说我看肿瘤恶性程度的时候，得知道和哪种正常细胞进行比对。分级：就是肿瘤与正常细胞的差异程度，主要就是通过肿瘤细胞的分化程度来决定的，分化越高，恶性程度越低。分级和分型是为了确定用药情况的，因为得知道他是什么细胞过来的，分化到什么程度了（这个分化程度就是分级），如果还知道亚型，就可以进行靶向治疗（就是精准医疗）。为什么需要亚型，因为即使相同分型、分级和分...

转载 肺癌治疗正式开启“免疫时代”

（一）　　昨天(这篇报道发生在2016年10月)，有个“喜大普奔”的好消息：免疫药物，PD1抑制剂Keytruda被FDA批准，用于一线治疗肺癌！　　在我看来，这宣告肺癌治疗正式迈进了“免疫时代”。　　“免疫时代”，并不是说所有肺癌患者都会用免疫疗法，而是指免疫疗法，正式成为和化疗，靶向药物平行的主流选择之一。　　一定要注意，Keytruda一线并不适用于所有肺癌，目前只针对“PD...

转载 免疫疗法PDL1

免疫疗法作为最新的治疗方法，好像大家了解的都不是很多。因为之前打算用免疫，费用确实也比较高的，所以做了一个大致了解，可能有错的地方，多包涵简单科普一下，不管有没有条件用，就当做个了解吧，也可以当后备方案，目前上海很多医院都开始推广了恶性肿瘤要发生，至少需要两个条件，第一是基因突变，第二是免疫逃逸。免疫疗法针对的就是免疫逃逸。大家都知道人体有免疫系统。我们体内出现基因突变的坏细胞，绝大多数会...

转载 数学符号的读法

大写 小写 英文注音 国际音标注音 中文注音 Α α alpha alfa 阿耳法 Β β beta beta 贝塔 Γ γ gamma gamma 伽马 Δ δ deta delta 德耳塔 Ε ε epsilon epsilon 艾...

转载 k阶矩、原点矩、中心距

转载 频率和概率的区别

频率是在一次试验中某一事件出现的次数与试验总数的比值.概率是某一事件所固有的性质.频率是变化的每次试验可能不同,概率是稳定值不变.在一定条件下频率可以近似代替概率.就比如，抛硬币，正面的次数/总的次数=正面出现的频率，当抛得的次数越来越多的时候，频率就可以近似于正面出现的概率。...

转载 独立同分布

(1)独立就是每次抽样之间是没有关系的,不会相互影响就像我抛色子每次抛到几就是几这就是独立的但若我要两次抛的和大于8,其余的不算,那么第一次抛和第二次抛就不独立了,因为第二次抛的时候结果是和第一次相关的(2)同分布的意思就是每次抽样,样本都服从同样的一个分布抛色子每次得到任意点数的概率都是1/6,这就是同分布的但若我第一次抛一个六面的色子,第二次抛一个正12面体的色子,就不再是同分...